48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3294 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3294  LrgA  100 
 
 		 125 aa  240  3.9999999999999997e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1793  LrgA  36.21 
 
 		 127 aa  68.2  0.00000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0411  LrgA family protein  39.44 
 
 		 125 aa  61.2  0.000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.305812  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3105  LrgA  36.17 
 
 		 119 aa  57.8  0.00000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1205  LrgA  31.37 
 
 		 122 aa  53.9  0.0000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00283313  normal  0.0677491 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1939  LrgA  28.28 
 
 		 122 aa  53.5  0.0000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0887  LrgA family protein  31.31 
 
 		 123 aa  53.5  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0425  LrgA family protein  29.79 
 
 		 116 aa  51.6  0.000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0197927 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1269  LrgA family protein  31.63 
 
 		 121 aa  51.2  0.000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1947  lrgA family protein  31.36 
 
 		 125 aa  48.9  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5838  LrgA family protein  29.67 
 
 		 123 aa  48.1  0.00004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.809167 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2235  lrgA family protein  30.51 
 
 		 125 aa  47.4  0.00006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.601171  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0158  LrgA family protein  25.64 
 
 		 117 aa  47.4  0.00007  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3734  LrgA family protein  42.86 
 
 		 169 aa  47.4  0.00007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.249575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3577  putative integral membrane protein  33.33 
 
 		 125 aa  47.4  0.00007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2557  LrgA family protein  31.65 
 
 		 117 aa  47  0.00009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0686612  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0129  LrgA family protein  27.27 
 
 		 121 aa  45.8  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2298  LrgA family protein  27.78 
 
 		 133 aa  45.4  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2905  LrgA family protein  28.43 
 
 		 125 aa  45.4  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2930  LrgA  27.27 
 
 		 128 aa  45.8  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2460  hypothetical protein  30.28 
 
 		 135 aa  44.3  0.0005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4336  LrgA family protein  31.36 
 
 		 162 aa  44.7  0.0005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.616789  normal  0.455064 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2404  LrgA family protein  30.77 
 
 		 124 aa  44.3  0.0005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3025  hypothetical protein  30.28 
 
 		 135 aa  44.3  0.0005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.318626  normal  0.0401094 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2559  hypothetical protein  30.28 
 
 		 135 aa  44.3  0.0005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.22344  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2976  LrgA family protein  30.77 
 
 		 124 aa  44.7  0.0005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.952939  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3750  LrgA family protein  32.95 
 
 		 113 aa  44.3  0.0006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0899  LrgA  30.53 
 
 		 128 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1230  LrgA family protein  31.96 
 
 		 126 aa  43.9  0.0007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.807913  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1414  LrgA family protein  27.59 
 
 		 116 aa  43.5  0.0009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.375061  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2669  hypothetical protein  27.18 
 
 		 125 aa  43.1  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.293278  normal  0.241183 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3065  LrgA family protein  34.94 
 
 		 126 aa  43.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.348494  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5344  LrgA family protein  34.55 
 
 		 123 aa  43.5  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.631803 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1570  hypothetical protein  27.56 
 
 		 135 aa  43.5  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2794  LrgA  27.27 
 
 		 130 aa  42.7  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2426  LrgA  35.62 
 
 		 138 aa  43.5  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1237  LrgA family protein  30.09 
 
 		 138 aa  42.4  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.783024  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1323  LrgA family protein  32.35 
 
 		 163 aa  42  0.003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2255  putative transmembrane protein  31 
 
 		 117 aa  41.6  0.003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.837001  normal  0.471476 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00870  putative effector of murein hydrolase LrgA  27.87 
 
 		 248 aa  41.2  0.004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2682  putative murein hydrolase exporter LrgA(holin) like  36.08 
 
 		 119 aa  41.2  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0020  LrgA family protein  30.93 
 
 		 124 aa  41.2  0.005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2117  LrgA family protein  26.53 
 
 		 130 aa  41.2  0.005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00374978  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2499  LrgA family protein  27.36 
 
 		 129 aa  41.2  0.005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.694502 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1358  LrgA family protein  24.14 
 
 		 115 aa  40.8  0.007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000290916  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1854  LrgA family protein  35.64 
 
 		 123 aa  40.8  0.007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.310348  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1009  LrgA family protein  30 
 
 		 118 aa  40.4  0.009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3767  LrgA family protein  26.8 
 
 		 124 aa  40.4  0.009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.58563  normal  0.0600127 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>