60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0397 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0397  major facilitator transporter  100 
 
 		 415 aa  833    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2940  sugar efflux transporter A  25.25 
 
 		 393 aa  82.4  0.00000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3539  sugar efflux transporter  25.25 
 
 		 393 aa  82.8  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3409  sugar efflux transporter A  25.25 
 
 		 393 aa  82.4  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1233  major facilitator transporter  26.05 
 
 		 381 aa  81.6  0.00000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0103633  normal  0.340559 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3234  sugar efflux transporter  27.65 
 
 		 409 aa  80.9  0.00000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000446244 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00906  major facilitator family protein  30.24 
 
 		 359 aa  80.1  0.00000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0618  sugar efflux transporter  24.16 
 
 		 392 aa  79.3  0.0000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.145544 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2427  sugar efflux transporter  26.86 
 
 		 393 aa  79.3  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2330  sugar efflux transporter  24.87 
 
 		 392 aa  77.4  0.0000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.99673  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2764  sugar efflux transporter  25.57 
 
 		 393 aa  75.9  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.846637  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1922  sugar efflux transporter  26.44 
 
 		 392 aa  75.1  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0164772  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03542  predicted sugar efflux system  25 
 
 		 394 aa  73.2  0.000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03484  hypothetical protein  25 
 
 		 394 aa  73.2  0.000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0046  sugar efflux transporter  25 
 
 		 394 aa  73.6  0.000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4166  sugar efflux transporter C  25 
 
 		 394 aa  73.2  0.000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3871  sugar efflux transporter C  25 
 
 		 394 aa  73.2  0.000000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0041  sugar efflux transporter  25 
 
 		 394 aa  73.2  0.000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1651  sugar efflux transporter  26.53 
 
 		 392 aa  72  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0566929  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4014  sugar efflux transporter C  24.74 
 
 		 394 aa  71.2  0.00000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4114  sugar efflux transporter C  25.5 
 
 		 344 aa  69.7  0.0000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.741083  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00072  broad specificity sugar efflux system  23.58 
 
 		 392 aa  68.2  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0740  sugar efflux transporter  25.61 
 
 		 399 aa  67.8  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.797465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0075  sugar efflux transporter A  23.58 
 
 		 392 aa  68.2  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3587  sugar efflux transporter  23.58 
 
 		 392 aa  68.2  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000416053 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00071  hypothetical protein  23.58 
 
 		 392 aa  68.2  0.0000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1478  sugar efflux transporter  24.75 
 
 		 393 aa  67.4  0.0000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000191341  hitchhiker  0.0000212529 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02099  lactose/glucose efflux system  24.75 
 
 		 393 aa  67.4  0.0000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.131835  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02058  hypothetical protein  24.75 
 
 		 393 aa  67.4  0.0000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.175397  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2308  sugar efflux transporter B  24.75 
 
 		 393 aa  67.4  0.0000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000102092  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1488  sugar efflux transporter  24.75 
 
 		 393 aa  67.4  0.0000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116753  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2468  sugar efflux transporter B  24.75 
 
 		 393 aa  67.4  0.0000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000203316  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0073  major facilitator superfamily sugar transporter  23.3 
 
 		 392 aa  67  0.0000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2319  sugar efflux transporter B  24.49 
 
 		 393 aa  66.6  0.0000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000297031  hitchhiker  0.00120871 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0792  sugar efflux transporter B  24.49 
 
 		 393 aa  66.6  0.0000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000601589  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3528  sugar efflux transporter  23.3 
 
 		 392 aa  66.6  0.0000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3308  sugar efflux transporter B  24.24 
 
 		 393 aa  65.9  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000181486  normal  0.0175789 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2547  major facilitator transporter  24.88 
 
 		 402 aa  65.5  0.000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1192  MFS permease  27.24 
 
 		 445 aa  63.9  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.879235  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0009  major facilitator transporter  25.82 
 
 		 392 aa  63.5  0.000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.665186 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2445  sugar efflux transporter B  24.05 
 
 		 393 aa  63.2  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.190665  hitchhiker  0.000000169528 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2401  sugar efflux transporter B  24.05 
 
 		 393 aa  62.4  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0487824  hitchhiker  0.0000630797 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2447  sugar efflux transporter B  24.05 
 
 		 393 aa  62.4  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.018902  normal  0.791409 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2559  sugar efflux transporter B  24.05 
 
 		 393 aa  62.4  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0168132  hitchhiker  0.000108533 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2356  sugar efflux transporter B  24.05 
 
 		 393 aa  61.6  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000027927  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3834  sugar efflux transporter  22.63 
 
 		 371 aa  57.4  0.0000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0880  hypothetical protein  22.92 
 
 		 404 aa  54.7  0.000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00224194  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0064  sugar efflux transporter A  29.31 
 
 		 360 aa  52.4  0.00001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0329  sugar efflux transporter, putative  24.16 
 
 		 402 aa  50.4  0.00006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2089  major facilitator transporter  21.37 
 
 		 386 aa  50.4  0.00006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.30932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1243  major facilitator superfamily MFS_1  22.5 
 
 		 385 aa  49.3  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1922  major facilitator transporter  29.24 
 
 		 382 aa  47.4  0.0005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2508  major facilitator superfamily MFS_1  24.71 
 
 		 388 aa  46.2  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00018254  hitchhiker  0.00122667 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1027  hypothetical protein  30.77 
 
 		 160 aa  45.4  0.002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0911644  hitchhiker  0.0000959225 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2537  major facilitator superfamily MFS_1  21.13 
 
 		 411 aa  44.7  0.003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.224335  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31250  Major Facilitator Superfamily transporter  27.22 
 
 		 392 aa  44.7  0.003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.229188  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3166  major facilitator superfamily MFS_1  20.75 
 
 		 406 aa  43.9  0.006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0194  major facilitator transporter  27.78 
 
 		 405 aa  43.5  0.006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5291  major facilitator superfamily MFS_1  26.44 
 
 		 397 aa  43.5  0.007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1537  major facilitator transporter  21.84 
 
 		 385 aa  43.1  0.01  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>