More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3166 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_1093  major facilitator superfamily MFS_1  94.33 
 
 
406 aa  727    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0159699 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3166  major facilitator superfamily MFS_1  100 
 
 
406 aa  800    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0806  major facilitator transporter  47.42 
 
 
396 aa  333  3e-90  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.674294 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0773  multidrug resistance protein, putative  47.7 
 
 
399 aa  318  7.999999999999999e-86  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0095  major facilitator superfamily MFS_1  46.15 
 
 
395 aa  309  5.9999999999999995e-83  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0894  major facilitator superfamily MFS_1  42.31 
 
 
403 aa  284  2.0000000000000002e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0552  major facilitator transporter  42.5 
 
 
407 aa  273  4.0000000000000004e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.929363 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2873  major facilitator transporter  29.4 
 
 
395 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.896526  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1135  major facilitator transporter  27.43 
 
 
407 aa  115  1.0000000000000001e-24  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.579458  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2757  major facilitator superfamily MFS_1  28.99 
 
 
409 aa  109  1e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.444506 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1430  major facilitator transporter  27.76 
 
 
410 aa  100  3e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2155  major facilitator transporter  25.13 
 
 
384 aa  100  7e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.490773  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2186  major facilitator family transporter  25.67 
 
 
381 aa  97.4  3e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0494381  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2346  major facilitator family transporter  25.67 
 
 
381 aa  97.4  3e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3012  major facilitator family transporter  24.8 
 
 
399 aa  97.4  4e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.372037 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0502  major facilitator transporter  26.54 
 
 
387 aa  97.4  4e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2365  major facilitator family transporter  25.4 
 
 
381 aa  95.5  1e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2123  GlpT transporter; quinolone resistence NorA protein  25.4 
 
 
381 aa  95.9  1e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2313  major facilitator family transporter  24.46 
 
 
381 aa  95.1  2e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2448  major facilitator family transporter  24.73 
 
 
381 aa  95.5  2e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0753672  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0284  hypothetical protein  26.36 
 
 
391 aa  94.4  3e-18  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2109  GlpT transporter; quinolone resistence protein  24.73 
 
 
381 aa  94  4e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.273955  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2372  major facilitator family transporter  24.93 
 
 
381 aa  94  5e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0128612  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4171  major facilitator superfamily MFS_1  24.64 
 
 
415 aa  90.5  4e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1951  major facilitator superfamily transporter  25.71 
 
 
440 aa  89  1e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1853  major facilitator superfamily MFS_1  28.7 
 
 
387 aa  89.4  1e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000358317  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0640  multidrug resistance protein  23.82 
 
 
390 aa  86.7  6e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0674  multidrug resistance protein  23.82 
 
 
390 aa  86.7  6e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00116506  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0729  putative multidrug resistance protein  23.82 
 
 
392 aa  86.7  7e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.97646e-50 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15980  arabinose efflux permease family protein  25.81 
 
 
402 aa  86.3  8e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000235485 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0741  multidrug resistance protein, putative  24.56 
 
 
390 aa  85.9  0.000000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0188639  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0584  multidrug ABC transporter  24.56 
 
 
390 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0583  multidrug ABC transporter  24.56 
 
 
390 aa  85.1  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2678  major facilitator superfamily MFS_1  26.97 
 
 
408 aa  85.5  0.000000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2106  major facilitator transporter  24.87 
 
 
399 aa  85.1  0.000000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00044461  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0094  major facilitator transporter  28.07 
 
 
429 aa  84.7  0.000000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  unclonable  0.0000112737 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0588  major facilitator transporter  24.27 
 
 
384 aa  84.7  0.000000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0912003  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0801  putative multidrug resistance protein  24.27 
 
 
390 aa  84.3  0.000000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000590572  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0704  bicyclomycin resistance protein  24.27 
 
 
384 aa  84  0.000000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0412703  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0422  major facilitator transporter  24.87 
 
 
397 aa  83.6  0.000000000000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.186179  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4632  bicyclomycin resistance protein  24.27 
 
 
384 aa  83.6  0.000000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000966537  hitchhiker  0.00000000000000156092 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2658  major facilitator superfamily protein  23.86 
 
 
409 aa  83.2  0.000000000000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.605129  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0566  major facilitator transporter  23.68 
 
 
384 aa  82.8  0.00000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000941679  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5050  general substrate transporter  25.32 
 
 
465 aa  80.5  0.00000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0243206 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1459  major facilitator superfamily MFS_1  28.76 
 
 
411 aa  79.7  0.00000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.135074  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1098  major facilitator transporter  24.93 
 
 
385 aa  79  0.0000000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3626  major facilitator superfamily MFS_1  28.57 
 
 
414 aa  79  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1085  major facilitator transporter  26.45 
 
 
454 aa  79  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.107795  hitchhiker  0.00000502867 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0296  arabinose efflux permease-like protein  27.27 
 
 
411 aa  79  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000135127 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1324  major facilitator superfamily MFS_1  27.78 
 
 
403 aa  78.6  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.654344  normal  0.651678 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0775  major facilitator superfamily MFS_1  25.91 
 
 
385 aa  78.2  0.0000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0674  major facilitator superfamily protein  26.36 
 
 
394 aa  77.8  0.0000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.522408  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0477  inner membrane transport protein YajR  25.74 
 
 
454 aa  77.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0511  transporter, major facilitator family  25.07 
 
 
454 aa  77  0.0000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.905004  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1318  major facilitator transporter  21.84 
 
 
406 aa  77.4  0.0000000000005  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00375  predicted transporter  25.07 
 
 
454 aa  77  0.0000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0349  transporter, major facilitator family  25.07 
 
 
454 aa  77  0.0000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0459  major facilitator transporter  25.07 
 
 
454 aa  77  0.0000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0463  major facilitator transporter  25.07 
 
 
454 aa  77  0.0000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0848  major facilitator transporter  25.07 
 
 
383 aa  77  0.0000000000006  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.589458  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0499  major facilitator transporter  25.07 
 
 
454 aa  77  0.0000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3897  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  30.41 
 
 
518 aa  77  0.0000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0429353 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00379  hypothetical protein  25.07 
 
 
454 aa  77  0.0000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.859371  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3182  major facilitator superfamily MFS_1  25.07 
 
 
454 aa  76.6  0.0000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.565255  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1824  major facilitator superfamily MFS_1  28.76 
 
 
385 aa  76.6  0.0000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000433141  normal  0.0989924 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3398  general substrate transporter  23.97 
 
 
411 aa  76.6  0.0000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0177815  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3206  major facilitator transporter  25.07 
 
 
454 aa  76.6  0.0000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000090157 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1037  major facilitator superfamily MFS_1  24.94 
 
 
454 aa  76.6  0.0000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0538  inner membrane transport protein YajR  25.49 
 
 
454 aa  75.5  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.342738  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1230  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  30.43 
 
 
474 aa  75.5  0.000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.0992498 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1765  major facilitator transporter  26.63 
 
 
376 aa  75.9  0.000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4519  major facilitator transporter  26.3 
 
 
464 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.301476  normal  0.140313 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2294  major facilitator family transporter  26.17 
 
 
458 aa  75.9  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.843575  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0483  inner membrane transport protein YajR  25.49 
 
 
454 aa  75.5  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.121319 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0603  major facilitator superfamily MFS_1  25.32 
 
 
391 aa  75.1  0.000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000645746  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3306  efflux PumP antibiotic resistance protein  26.57 
 
 
492 aa  75.1  0.000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.403535  normal  0.0962569 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0475  inner membrane transport protein YajR  25.25 
 
 
454 aa  75.1  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0894  major facilitator transporter  24.69 
 
 
453 aa  74.7  0.000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.298012  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2729  drug resistance transporter, putative  23.72 
 
 
469 aa  74.3  0.000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.781327  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3022  major facilitator transporter  26.6 
 
 
472 aa  73.9  0.000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.358015  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09090  arabinose efflux permease family protein  28.69 
 
 
434 aa  73.6  0.000000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0241408  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0496  inner membrane transport protein YajR  25 
 
 
454 aa  73.6  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3086  quinolone resistence protein NorA  24.35 
 
 
399 aa  73.2  0.000000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.388424  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1927  major facilitator family transporter  24.35 
 
 
399 aa  73.2  0.000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.644574 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3100  major facilitator family transporter  24.35 
 
 
399 aa  73.2  0.000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.085117  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2997  quinolone resistence protein  24.35 
 
 
399 aa  73.2  0.000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0116888  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3345  major facilitator family transporter  24.35 
 
 
399 aa  73.2  0.000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3322  major facilitator family transporter  24.35 
 
 
399 aa  73.2  0.000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4405  major facilitator transporter  25.06 
 
 
421 aa  73.2  0.000000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.9798  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1255  major facilitator superfamily MFS_1  27.78 
 
 
385 aa  72.8  0.000000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3013  major facilitator transporter  24.35 
 
 
399 aa  72.8  0.000000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0363665  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0323  major facilitator transporter  30.9 
 
 
472 aa  72.8  0.000000000009  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2744  major facilitator family transporter  28.81 
 
 
393 aa  72.8  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3309  major facilitator family transporter  24.09 
 
 
399 aa  72.4  0.00000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0380  major facilitator family transporter  26.32 
 
 
408 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0423  major facilitator family transporter  26.32 
 
 
413 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1224  major facilitator family transporter  26.32 
 
 
413 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2864  major facilitator family transporter  26.32 
 
 
413 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3305  major facilitator family transporter  24.35 
 
 
399 aa  72.4  0.00000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.649407  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1569  major facilitator family transporter  26.32 
 
 
413 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>