More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4224 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4224  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 440 aa  880    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.189228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3791  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  98.18 
 
 		 440 aa  866    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.467629 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3549  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  94.76 
 
 		 440 aa  812    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1639  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  98.86 
 
 		 440 aa  871    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3934  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  69.4 
 
 		 441 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.753143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32570  two-component sensor  66.97 
 
 		 440 aa  476  1e-133  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.389083 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2758  two-component sensor  66.97 
 
 		 440 aa  475  1e-133  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2792  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  47.03 
 
 		 444 aa  333  4e-90  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2595  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  43.4 
 
 		 441 aa  310  2.9999999999999997e-83  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.580815  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1359  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.67 
 
 		 452 aa  270  4e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.166082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2383  histidine kinase A-like protein  39.11 
 
 		 362 aa  235  1.0000000000000001e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00184355  hitchhiker  0.0000213821 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2432  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.21 
 
 		 486 aa  223  6e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.830278 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4238  histidine kinase  38.03 
 
 		 514 aa  223  8e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0372163  normal  0.26211 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1413  histidine kinase  37.42 
 
 		 486 aa  210  5e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4227  hypothetical protein  96.08 
 
 		 156 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.675009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0137  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.79 
 
 		 438 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0470  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.22 
 
 		 453 aa  181  2.9999999999999997e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0125  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.63 
 
 		 438 aa  179  9e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0421257 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3251  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.13 
 
 		 446 aa  179  9e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3491  sensor protein QseC  33.56 
 
 		 449 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4335  sensor protein QseC  33.33 
 
 		 449 aa  174  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3315  sensor protein QseC  33.33 
 
 		 449 aa  172  9e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0769555 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02898  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with QseB  33.33 
 
 		 449 aa  172  1e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.760394  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0674  histidine kinase  33.33 
 
 		 449 aa  172  1e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3204  sensor protein QseC  33.33 
 
 		 449 aa  172  1e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02848  hypothetical protein  33.33 
 
 		 449 aa  172  1e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.684564  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0671  sensor protein QseC  33.33 
 
 		 449 aa  172  1e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0679985 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4140  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.44 
 
 		 438 aa  171  2e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4905  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.18 
 
 		 445 aa  172  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.121062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3460  sensor protein QseC  33.11 
 
 		 449 aa  170  4e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4242  ATP-binding region, ATPase-like  30.75 
 
 		 463 aa  170  6e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.450059 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3431  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.48 
 
 		 450 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.039017  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2065  putative periplasmic sensor signal transduction histidine kinase, QseC  33.33 
 
 		 467 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.278967 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3076  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.26 
 
 		 450 aa  164  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.483241  normal  0.593918 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4358  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.09 
 
 		 446 aa  163  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.66153  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3529  sensor protein QseC  34.47 
 
 		 449 aa  163  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3363  sensor protein QseC  34.24 
 
 		 449 aa  163  7e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.987162 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3434  sensor protein QseC  34.24 
 
 		 449 aa  162  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3359  sensor protein QseC  34.24 
 
 		 449 aa  162  9e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3428  sensor protein QseC  34.24 
 
 		 449 aa  162  9e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.561258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3681  hypothetical protein  32.16 
 
 		 455 aa  161  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.740643 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3355  histidine kinase  30.92 
 
 		 455 aa  157  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.326313  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2385  histidine kinase  33.92 
 
 		 442 aa  157  4e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.247211  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1076  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.52 
 
 		 444 aa  155  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.72241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6336  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.58 
 
 		 450 aa  155  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.337613  normal  0.66239 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1893  sensor histidine kinase  35.76 
 
 		 457 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1254  hypothetical protein  29.5 
 
 		 471 aa  153  5.9999999999999996e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3512  sensor histidine kinase  36.1 
 
 		 457 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2198  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.55 
 
 		 467 aa  152  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1536  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.14 
 
 		 449 aa  151  2e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1253  hypothetical protein  29.43 
 
 		 471 aa  151  2e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3690  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.87 
 
 		 456 aa  151  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000509903  normal  0.82327 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3308  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.53 
 
 		 454 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0576  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.67 
 
 		 458 aa  150  5e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.176736 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3018  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.95 
 
 		 454 aa  150  6e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2623  histidine kinase  31.34 
 
 		 519 aa  149  8e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1696  histidine kinase  33.25 
 
 		 506 aa  149  9e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0769699 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2327  histidine kinase  31.02 
 
 		 467 aa  149  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.205174 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0767  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.44 
 
 		 461 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000842214  hitchhiker  0.00217616 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1580  sensor histidine kinase  30.67 
 
 		 462 aa  147  3e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0943053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3989  sensor protein QseC  31.43 
 
 		 452 aa  147  5e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.302589  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4241  sensor protein QseC  30.65 
 
 		 449 aa  146  6e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2714  sensor histidine kinase  37.45 
 
 		 454 aa  145  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.107203  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02109  transmembrane two-component sensor kinase transcription regulator protein  33.83 
 
 		 438 aa  144  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.620741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4925  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.02 
 
 		 455 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000806381  normal  0.0598737 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3038  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.96 
 
 		 454 aa  145  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0504  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.84 
 
 		 450 aa  144  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3442  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.02 
 
 		 455 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000282703  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6227  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.07 
 
 		 462 aa  144  4e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.89546  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5362  histidine kinase  33.02 
 
 		 455 aa  144  4e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0042038  normal  0.08787 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1338  sensor histidine kinase  33.63 
 
 		 452 aa  143  6e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.117372  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3430  sensor protein QseC  34.64 
 
 		 448 aa  142  9.999999999999999e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1373  sensor protein qseC  33.03 
 
 		 478 aa  141  1.9999999999999998e-32  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000622972  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1184  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.87 
 
 		 480 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4874  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.31 
 
 		 458 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000686699  hitchhiker  0.00000000293708 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1313  sensor protein  33.03 
 
 		 478 aa  141  1.9999999999999998e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.00000254318  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4357  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.07 
 
 		 458 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000114485  unclonable  0.00000640449 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6232  histidine kinase  35.14 
 
 		 459 aa  141  3e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1422  histidine kinase  30.33 
 
 		 499 aa  141  3e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0306642  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3675  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.39 
 
 		 466 aa  140  3e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2755  sensor protein qseC  31.41 
 
 		 454 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.276799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0812  sensor histidine kinase  31.58 
 
 		 518 aa  140  7e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3106  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.02 
 
 		 450 aa  140  7e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.119049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0808  sensor histidine kinase  31.58 
 
 		 523 aa  139  7e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0643  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.45 
 
 		 413 aa  140  7e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1938  sensor histidine kinase  34.49 
 
 		 441 aa  139  1e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5325  sensor histidine kinase  30.61 
 
 		 444 aa  139  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.769735  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4531  sensor protein QseC  32.02 
 
 		 449 aa  139  1e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0682388  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0970  two-component sensor kinase transcriptional regulatory protein  31.58 
 
 		 817 aa  138  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.862903  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3963  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.36 
 
 		 475 aa  138  2e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0019  sensor histidine kinase  31.34 
 
 		 505 aa  138  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2406  sensor histidine kinase  31.34 
 
 		 505 aa  138  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.451511  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0270  sensor histidine kinase  31.06 
 
 		 505 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.258994  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2670  sensor histidine kinase  31.06 
 
 		 505 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0681  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.55 
 
 		 448 aa  136  8e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.953793  normal  0.661096 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2537  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.99 
 
 		 445 aa  136  9e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.246285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0430  sensor histidine kinase  29.84 
 
 		 501 aa  136  9.999999999999999e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00032493 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1766  sensor histidine kinase  33.23 
 
 		 449 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00053599  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0641  sensor histidine kinase  31.59 
 
 		 517 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2189  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.48 
 
 		 454 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>