76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3216 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3216  hypothetical protein  100 
 
 		 202 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.460975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2513  cysteine dioxygenase type I  78.71 
 
 		 202 aa  330  1e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.214184  normal  0.364663 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30440  putative enzyme  71.64 
 
 		 201 aa  296  1e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30970  cysteine dioxygenase type I protein  70.44 
 
 		 202 aa  281  6.000000000000001e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.494343  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1793  hypothetical protein  68.98 
 
 		 204 aa  263  1e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4463  cysteine dioxygenase type I  65.1 
 
 		 219 aa  261  4.999999999999999e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.621561 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4597  cysteine dioxygenase type I  65.1 
 
 		 219 aa  261  4.999999999999999e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.459567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5045  cysteine dioxygenase type I  66.15 
 
 		 207 aa  261  6e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1548  cysteine dioxygenase type I  62 
 
 		 202 aa  256  1e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3601  hypothetical protein  68.82 
 
 		 203 aa  257  1e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.030671  normal  0.187039 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2216  cysteine dioxygenase type I  64.55 
 
 		 206 aa  250  8.000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0100364  normal  0.246765 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3544  cysteine dioxygenase type I  63.49 
 
 		 224 aa  250  1e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.272534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1752  double-stranded beta helix superfamily protein  65.05 
 
 		 188 aa  244  8e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.188529  normal  0.108052 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3683  cysteine dioxygenase type I  66.3 
 
 		 188 aa  244  9e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3875  cysteine dioxygenase type I  62.43 
 
 		 207 aa  242  3e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4156  cysteine dioxygenase type I  64.52 
 
 		 188 aa  242  3e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.793001  normal  0.481367 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4107  cysteine dioxygenase type I  65.05 
 
 		 188 aa  242  3e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289142  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4259  cysteine dioxygenase type I  65.05 
 
 		 188 aa  242  3e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00114989  normal  0.276008 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3258  cysteine dioxygenase type I  64.52 
 
 		 188 aa  240  7.999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2664  cysteine dioxygenase type I  62.96 
 
 		 207 aa  240  1e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.000978077  normal  0.382452 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4331  cysteine dioxygenase type I  64.52 
 
 		 188 aa  235  3e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.282889  normal  0.173506 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5233  cysteine dioxygenase type I  59.47 
 
 		 198 aa  235  3e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.184796  normal  0.220688 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3618  cysteine dioxygenase type I  61.62 
 
 		 188 aa  216  2e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.233874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2674  cysteine dioxygenase type I  58.82 
 
 		 201 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3576  cysteine dioxygenase type I  55.61 
 
 		 224 aa  211  4.9999999999999996e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1914  hypothetical protein  53.33 
 
 		 193 aa  206  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2159  hypothetical protein  55.38 
 
 		 196 aa  205  5e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.244968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1341  hypothetical protein  49.2 
 
 		 192 aa  196  2.0000000000000003e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1712  cysteine dioxygenase type I  55.68 
 
 		 194 aa  192  2e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0862  hypothetical protein  56.98 
 
 		 188 aa  189  2e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.186079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0608  hypothetical protein  56.74 
 
 		 143 aa  162  2.0000000000000002e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1493  hypothetical protein  37.43 
 
 		 203 aa  117  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5454  hypothetical protein  31.52 
 
 		 188 aa  94  1e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1987  cysteine dioxygenase type I  40.65 
 
 		 181 aa  80.1  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.935049 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5442  cysteine dioxygenase type I  33.07 
 
 		 181 aa  78.6  0.00000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.124892  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0527  hypothetical protein  30.37 
 
 		 189 aa  76.6  0.0000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0551  hypothetical protein  29.32 
 
 		 189 aa  76.3  0.0000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1508  metal-dependent protein of the double-stranded beta helix superfamily-like protein  30.43 
 
 		 171 aa  72.8  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.221048 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1882  cysteine dioxygenase type I  27.61 
 
 		 192 aa  72.8  0.000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0884885  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0396  cysteine dioxygenase type I  32.74 
 
 		 184 aa  71.6  0.000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0149847 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2415  hypothetical protein  29.17 
 
 		 192 aa  67.8  0.0000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.045523  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2667  hypothetical protein  28.48 
 
 		 192 aa  66.6  0.0000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0160743 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0454  cysteine dioxygenase type I  31.58 
 
 		 184 aa  67  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2507  cysteine dioxygenase type I  33.33 
 
 		 192 aa  66.6  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0215877  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2378  hypothetical protein  31.78 
 
 		 194 aa  65.9  0.0000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2657  hypothetical protein  29.09 
 
 		 192 aa  65.9  0.0000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2701  hypothetical protein  31.78 
 
 		 192 aa  65.5  0.0000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.463079  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2651  hypothetical protein  31.01 
 
 		 192 aa  64.7  0.0000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000207337 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2453  hypothetical protein  31.01 
 
 		 192 aa  64.7  0.0000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00159574  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2633  hypothetical protein  31.01 
 
 		 192 aa  64.7  0.0000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2660  hypothetical protein  30.23 
 
 		 192 aa  62.8  0.000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000212284  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2632  cupin region  26.92 
 
 		 203 aa  62  0.000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1656  cysteine dioxygenase type I  27.85 
 
 		 189 aa  61.6  0.000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.691436 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0450  cupin region  26.75 
 
 		 203 aa  58.5  0.00000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0601879 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3973  hypothetical protein  30.72 
 
 		 196 aa  58.5  0.00000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.450102  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0275  hypothetical protein  30.52 
 
 		 226 aa  57  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4137  hypothetical protein  32.85 
 
 		 196 aa  57  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0744352 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1609  cysteine dioxygenase type I  25.15 
 
 		 222 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2860  metal-dependent protein  26.17 
 
 		 191 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.589893 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1374  putative cysteine dioxygenase, type I  36.54 
 
 		 218 aa  55.1  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0544764  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1507  cysteine dioxygenase type I family protein  36.54 
 
 		 218 aa  55.1  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.530658  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1378  putative cysteine dioxygenase, type I  36.54 
 
 		 218 aa  55.1  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2309  cysteine dioxygenase type I  26.09 
 
 		 173 aa  53.1  0.000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.54991  normal  0.0277582 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2860  cysteine dioxygenase type I family protein  34.75 
 
 		 218 aa  53.1  0.000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0476515  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1753  cysteine dioxygenase type I  28.85 
 
 		 210 aa  52.4  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.612269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2042  hypothetical protein  30.77 
 
 		 195 aa  51.6  0.000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0184713 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1178  cysteine dioxygenase type I family protein  39.44 
 
 		 171 aa  49.3  0.00004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0692  hypothetical protein  39.44 
 
 		 171 aa  49.3  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0347117  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3934  hypothetical protein  28.15 
 
 		 194 aa  48.9  0.00005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3954  cupin 2 domain-containing protein  27.74 
 
 		 206 aa  48.5  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.219855  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0030  cysteine dioxygenase type I  28.45 
 
 		 218 aa  47.8  0.0001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.174778  hitchhiker  0.0000000079419 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1475  cupin region  24.84 
 
 		 203 aa  45.1  0.0007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0656  cupin 2 domain-containing protein  20.57 
 
 		 211 aa  43.5  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_43654  cysteine dioxygenase  32.14 
 
 		 225 aa  43.1  0.003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.277874 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0676  metal-dependent protein of the double-stranded beta helix superfamily  20.57 
 
 		 211 aa  42.7  0.004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.12656  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3194  hypothetical protein  24.42 
 
 		 220 aa  41.6  0.008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>