73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1954 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1954  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  100 
 
 		 445 aa  873    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2250  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  97.3 
 
 		 445 aa  832    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.280391  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2256  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  86.29 
 
 		 455 aa  777    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.23514  hitchhiker  0.000139154 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2662  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  47.82 
 
 		 423 aa  392  1e-108  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000135742  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2981  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  46.84 
 
 		 423 aa  387  1e-106  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000155452  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2009  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  46.84 
 
 		 419 aa  373  1e-102  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000139362  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0780  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  45.43 
 
 		 457 aa  372  1e-102  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0622255  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1437  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  44.15 
 
 		 418 aa  371  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000156476  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1546  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  44.15 
 
 		 418 aa  371  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000111048  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1148  putative sugar-specific permease SgaT/UlaA  46.17 
 
 		 449 aa  370  1e-101  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0344  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  43.9 
 
 		 418 aa  369  1e-101  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000119572  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3366  putative sugar-specific permease SgaT/UlaA  45.8 
 
 		 457 aa  368  1e-100  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20180  putative sugar-specific permease SgaT/UlaA  44.04 
 
 		 421 aa  362  5.0000000000000005e-99  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2055  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  43.55 
 
 		 418 aa  360  2e-98  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.244888 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3550  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  45.26 
 
 		 419 aa  361  2e-98  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0198  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  46.39 
 
 		 451 aa  357  1.9999999999999998e-97  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2844  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  43.82 
 
 		 465 aa  355  6.999999999999999e-97  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00523394  normal  0.505448 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000773  putative integral membrane protein  42.93 
 
 		 418 aa  353  2.9999999999999997e-96  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0378  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  44.24 
 
 		 448 aa  349  5e-95  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0388  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  44.24 
 
 		 448 aa  349  5e-95  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2583  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  43.82 
 
 		 463 aa  345  7e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2528  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  43.82 
 
 		 463 aa  345  7e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.544769  normal  0.25931 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2483  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  43.82 
 
 		 463 aa  345  8.999999999999999e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00516243  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2571  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  43.82 
 
 		 463 aa  345  8.999999999999999e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.813648 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2691  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  43.82 
 
 		 463 aa  345  1e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.432486 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1466  putative sugar-specific permease SgaT/UlaA  42.58 
 
 		 422 aa  333  3e-90  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1735  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  41.81 
 
 		 466 aa  327  2.0000000000000001e-88  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0824  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  41.63 
 
 		 418 aa  323  6e-87  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.268648  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0633  putative PTS system, sugar-specific IIC component  38.93 
 
 		 462 aa  286  5e-76  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.2305 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0170  putative sugar-specific permease SgaT/UlaA  39.56 
 
 		 489 aa  280  3e-74  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.253864  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1264  PTS system, IIBC component family protein  40.09 
 
 		 510 aa  273  7e-72  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00313074 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2931  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  37.59 
 
 		 431 aa  270  2.9999999999999997e-71  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1410  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  36.64 
 
 		 431 aa  264  3e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2489  putative sugar-specific permease SgaT/UlaA  36.73 
 
 		 440 aa  259  6e-68  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0238  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  35.44 
 
 		 424 aa  258  2e-67  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3190  putative sugar-specific permease SgaT/UlaA  38.08 
 
 		 424 aa  254  2.0000000000000002e-66  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1284  putative sugar-specific permease SgaT/UlaA  34.39 
 
 		 435 aa  247  3e-64  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.788956 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1785  putative sugar-specific permease, SgaT/UlaA  34.06 
 
 		 425 aa  225  1e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0113984 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2087  putative sugar-specific permease SgaT/UlaA  33.09 
 
 		 425 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0590  PTS system ascorbate-specific transporter subunits IICB  36.36 
 
 		 602 aa  219  7.999999999999999e-56  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0503  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  31.93 
 
 		 423 aa  199  7e-50  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0491  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  31.02 
 
 		 423 aa  197  3e-49  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl643  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  31.42 
 
 		 502 aa  188  2e-46  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0132  putative sugar-specific permease SgaT/UlaA  28.68 
 
 		 443 aa  159  1e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4437  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  29.44 
 
 		 465 aa  149  8e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04060  ascorbate-specific PTS system enzyme IIC  29.18 
 
 		 465 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04022  hypothetical protein  29.18 
 
 		 465 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4753  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  29.18 
 
 		 465 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4801  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  29.18 
 
 		 465 aa  149  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4664  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  29.18 
 
 		 465 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4651  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  29.18 
 
 		 465 aa  149  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3820  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  29.18 
 
 		 465 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00675829 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4780  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  28.91 
 
 		 465 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.259071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4661  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  28.91 
 
 		 465 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4744  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  29.3 
 
 		 465 aa  147  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3800  putative sugar-specific permease SgaT/UlaA  28.91 
 
 		 465 aa  147  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5709  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  28.65 
 
 		 465 aa  143  6e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0118  PTS system ascorbate-specific transporter subunits IICB  26.12 
 
 		 587 aa  134  3e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.3499  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1016  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  27.32 
 
 		 447 aa  134  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.279058 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0921  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  26.7 
 
 		 447 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.433229  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0956  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  26.7 
 
 		 447 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1018  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  26.7 
 
 		 447 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.857489  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1037  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  26.7 
 
 		 447 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0289  PTS system ascorbate-specific transporter subunits IICB  24.78 
 
 		 581 aa  131  3e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.227893  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0988  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  26.46 
 
 		 447 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.779064  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0983  PTS system ascorbate-specific transporter subunits IICB  25.13 
 
 		 586 aa  127  4.0000000000000003e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0124  putative sugar-specific permease SgaT/UlaA  26 
 
 		 471 aa  127  5e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0142  putative sugar-specific permease SgaT/UlaA  25.83 
 
 		 474 aa  122  1.9999999999999998e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.010128  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0645  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  24.05 
 
 		 488 aa  107  5e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.354005  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1323  putative sugar-specific permease SgaT/UlaA  23.87 
 
 		 485 aa  105  2e-21  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1815  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  24.55 
 
 		 479 aa  92.4  2e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00193674  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0326  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  24.26 
 
 		 503 aa  87.8  3e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1996  PTS system ascorbate-specific transporter subunit IIC  23.96 
 
 		 503 aa  79.3  0.0000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>