182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3977 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_3977  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  100 
 
 
283 aa  581  1.0000000000000001e-165  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0765  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  62.4 
 
 
282 aa  327  1.0000000000000001e-88  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0779  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  62.4 
 
 
282 aa  327  1.0000000000000001e-88  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.548467 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0759  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  62.4 
 
 
282 aa  327  1.0000000000000001e-88  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0532  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  55.64 
 
 
266 aa  300  2e-80  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3780  hypothetical protein  51.72 
 
 
262 aa  263  4e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.443365  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0320  hypothetical protein  50.97 
 
 
262 aa  258  8e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00988497  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0310  hypothetical protein  50.39 
 
 
261 aa  254  8e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0288  hypothetical protein  49.22 
 
 
260 aa  254  1.0000000000000001e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0650  hypothetical protein  49.22 
 
 
260 aa  254  1.0000000000000001e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0570  hypothetical protein  49.22 
 
 
260 aa  254  1.0000000000000001e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4284  hypothetical protein  49.03 
 
 
260 aa  252  4.0000000000000004e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3622  hypothetical protein  51.15 
 
 
262 aa  252  4.0000000000000004e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3440  hypothetical protein  49.62 
 
 
262 aa  251  8.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3447  hypothetical protein  49.24 
 
 
262 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3370  hypothetical protein  49.24 
 
 
276 aa  250  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3451  hypothetical protein  50 
 
 
262 aa  250  2e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0386955 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3542  hypothetical protein  49.24 
 
 
262 aa  250  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3375  hypothetical protein  49.24 
 
 
262 aa  249  3e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.62567 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02911  predicted dioxygenase  49.04 
 
 
271 aa  244  8e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0662  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  49.04 
 
 
271 aa  244  8e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02861  hypothetical protein  49.04 
 
 
271 aa  244  8e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0659  hypothetical protein  49.04 
 
 
271 aa  244  8e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.300797 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3471  hypothetical protein  49.04 
 
 
271 aa  244  8e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000602519  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3216  hypothetical protein  49.04 
 
 
271 aa  244  8e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000450029  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3336  hypothetical protein  49.04 
 
 
262 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4352  hypothetical protein  49.04 
 
 
271 aa  243  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000625396  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3503  hypothetical protein  49.04 
 
 
271 aa  243  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116395  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0122  hypothetical protein  46.74 
 
 
289 aa  230  2e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000186184 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4445  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  46.92 
 
 
292 aa  228  1e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0359597  normal  0.141802 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1802  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  49.15 
 
 
265 aa  226  3e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.411096  normal  0.0181188 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3243  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  45.99 
 
 
296 aa  225  6e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4269  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  45.83 
 
 
275 aa  225  7e-58  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3641  hypothetical protein  48.02 
 
 
289 aa  223  4e-57  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1200  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  45.38 
 
 
260 aa  218  8.999999999999998e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.656979  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1095  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  46.92 
 
 
310 aa  217  2e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00721185  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3194  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  44.79 
 
 
275 aa  214  9.999999999999999e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0476  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  44.14 
 
 
259 aa  213  3.9999999999999995e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.622661  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3853  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  42.64 
 
 
276 aa  210  2e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2374  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  46.15 
 
 
284 aa  209  4e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.440484  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3123  hypothetical protein  42.64 
 
 
273 aa  209  5e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1704  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  46.96 
 
 
245 aa  209  5e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3451  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  41.8 
 
 
253 aa  206  4e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.00000670941  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1336  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  41.8 
 
 
259 aa  199  3e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000105627 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2174  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  44.7 
 
 
284 aa  199  3.9999999999999996e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.804117  normal  0.209302 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0409  hypothetical protein  43.24 
 
 
257 aa  199  6e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2686  hypothetical protein  41.22 
 
 
257 aa  194  2e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.0000991963  normal  0.169882 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2339  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  43.08 
 
 
285 aa  194  2e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.70741  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1634  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  45.08 
 
 
284 aa  193  3e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0983  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  39.3 
 
 
263 aa  192  4e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.793849 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4315  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  40.91 
 
 
257 aa  186  4e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0993  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  43.73 
 
 
264 aa  175  8e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00681173  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0990  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  43.73 
 
 
264 aa  175  8e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.189754  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1138  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  39.55 
 
 
273 aa  174  9.999999999999999e-43  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.281449  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0933  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  42.97 
 
 
264 aa  171  1e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0679  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  35.74 
 
 
266 aa  160  2e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000247428  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0432  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  36.56 
 
 
313 aa  155  9e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6127  putative extradiol ring-cleavage dioxygenase  37.83 
 
 
270 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.105622 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2416  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  33.07 
 
 
253 aa  149  6e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000936465  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1700  oxidoreductase  32.94 
 
 
253 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2953  catalytic LigB subunit of aromatic ring-opening dioxygenase  37.07 
 
 
277 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.66937  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3986  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  35.41 
 
 
255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1146  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  32.8 
 
 
240 aa  147  2.0000000000000003e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3482  oxidoreductase  33.33 
 
 
253 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.361889 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1444  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  36.58 
 
 
255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0945438  normal  0.379054 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1675  oxidoreductase  32.55 
 
 
253 aa  146  3e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0492632  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2316  hypothetical protein  35.77 
 
 
256 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.467811  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1860  oxidoreductase  32.55 
 
 
253 aa  145  5e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1723  oxidoreductase  32.55 
 
 
253 aa  145  6e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1859  oxidoreductase  32.55 
 
 
253 aa  145  6e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3618  catalytic LigB subunit of aromatic ring-opening dioxygenase  34.62 
 
 
255 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.461583 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1897  oxidoreductase  32.55 
 
 
253 aa  145  9e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1944  oxidoreductase  32.55 
 
 
253 aa  144  1e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1975  oxidoreductase  32.16 
 
 
253 aa  144  1e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1776  hypothetical protein  35.02 
 
 
255 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2171  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  36.22 
 
 
255 aa  144  2e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3846  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  35.41 
 
 
255 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.167723  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1869  hypothetical protein  35.14 
 
 
264 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.858581  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2634  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  36.19 
 
 
258 aa  143  3e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2526  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  35.52 
 
 
255 aa  143  3e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.854892  normal  0.357361 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2305  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  36.74 
 
 
289 aa  143  4e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00348966 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1478  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  35.02 
 
 
255 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.637793  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3607  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  35.54 
 
 
262 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2934  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  35.14 
 
 
262 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27390  hypothetical protein  36.54 
 
 
256 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3594  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  35.54 
 
 
262 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3618  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  35.54 
 
 
262 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1717  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  31.76 
 
 
253 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.145802  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1765  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  32.8 
 
 
256 aa  141  9.999999999999999e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.304474 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1456  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  31.76 
 
 
253 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.216401  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2275  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  42.94 
 
 
265 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.994054 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0500  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  34.71 
 
 
262 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0680  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  34.71 
 
 
262 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0976  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  34.71 
 
 
262 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.262372  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1947  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  34.71 
 
 
262 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0432  putative 4,5-extradiol aromatic ring fission dioxygenase, DodA/LigB-like  34.07 
 
 
261 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.584853  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0478  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  34.87 
 
 
263 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.836702  normal  0.589534 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2599  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  34.87 
 
 
263 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0506  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  34.87 
 
 
263 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0436  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  34.45 
 
 
263 aa  137  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.387117  normal  0.164124 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>