53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_3035 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_3035  hypothetical protein  100 
 
 		 104 aa  205  2e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.119748 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3259  hypothetical protein  98.04 
 
 		 102 aa  197  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.564168 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3226  hypothetical protein  79.27 
 
 		 119 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5547  hypothetical protein  59.15 
 
 		 111 aa  70.5  0.000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.860855 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5089  porin  43.21 
 
 		 531 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.238119  normal  0.0432586 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4747  porin  43.21 
 
 		 551 aa  57.4  0.00000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0264  porin  35.29 
 
 		 559 aa  57.4  0.00000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.991116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5088  porin  42.86 
 
 		 550 aa  56.2  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0701101  normal  0.0428662 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0925  porin  36.56 
 
 		 491 aa  55.8  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.245538  normal  0.1817 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0703  porin  41.18 
 
 		 522 aa  55.5  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0818214 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3381  porin  38.96 
 
 		 553 aa  54.7  0.0000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3510  porin  38.96 
 
 		 553 aa  54.3  0.0000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.694103 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1311  porin  36.56 
 
 		 553 aa  54.3  0.0000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3186  porin  38.96 
 
 		 553 aa  54.3  0.0000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4437  porin  39.47 
 
 		 560 aa  54.3  0.0000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.380251 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3429  porin  36.71 
 
 		 547 aa  54.3  0.0000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.418777 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0221  porin  33.62 
 
 		 533 aa  54.3  0.0000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0131958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3960  porin  39.47 
 
 		 554 aa  53.9  0.0000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0553818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4328  porin  39.47 
 
 		 554 aa  53.9  0.0000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.569329 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3110  porin  38.16 
 
 		 547 aa  53.5  0.0000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.427716  normal  0.162976 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1479  porin  40 
 
 		 527 aa  52.8  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.326089  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4187  porin  39.19 
 
 		 107 aa  52  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.278261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0447  porin family protein  28.07 
 
 		 406 aa  50.8  0.000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.720414  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4954  porin  38.75 
 
 		 565 aa  50.8  0.000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000125633 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3475  porin  35.63 
 
 		 546 aa  50.4  0.000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473909  normal  0.623034 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0323  putative Omp2b porin  33.05 
 
 		 488 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.163163  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1427  outer membrane protein  32.91 
 
 		 344 aa  44.7  0.0004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.019713  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1139  porin  28.21 
 
 		 335 aa  44.3  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.509463  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2312  porin  29.49 
 
 		 340 aa  43.9  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0447  porin  33.33 
 
 		 379 aa  43.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.407755  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4698  porin precursor domain-containing protein  33.33 
 
 		 519 aa  43.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195117  normal  0.0883861 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0539  porin  27.59 
 
 		 484 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2414  putative Omp2b porin  33.03 
 
 		 482 aa  43.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0118669  normal  0.0261895 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2646  porin  33.33 
 
 		 355 aa  42.7  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1873  porin  32.14 
 
 		 516 aa  42.4  0.002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.239305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3824  porin  33.33 
 
 		 447 aa  42  0.003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.161718  normal  0.96246 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0628  porin  25.17 
 
 		 529 aa  42  0.003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.163596  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1428  outer membrane protein  30.49 
 
 		 348 aa  42  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0784054  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0634  porin  31.71 
 
 		 391 aa  41.6  0.003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.784834  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0639  porin Omp2a  32.93 
 
 		 375 aa  41.6  0.004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.979561  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3326  porin  23.6 
 
 		 347 aa  41.2  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.453092 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2075  porin  25 
 
 		 342 aa  40.8  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0986  porin  25 
 
 		 337 aa  40.8  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.418914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4696  porin precursor domain-containing protein  33.33 
 
 		 521 aa  40.8  0.006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3136  hypothetical protein  37.97 
 
 		 495 aa  40.8  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.181766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3036  putative Omp2b porin  32.11 
 
 		 480 aa  40.8  0.006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.246228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2265  putative porin  35.9 
 
 		 506 aa  40.8  0.007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2221  porin  30.97 
 
 		 372 aa  40.4  0.007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0939  porin  27.38 
 
 		 401 aa  40.4  0.008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  unclonable  0.0000000762578  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2891  putative Omp2b porin  31.19 
 
 		 506 aa  40.4  0.008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0130237  normal  0.0599133 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2915  hypothetical protein  32.81 
 
 		 386 aa  40  0.01  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.106715  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3909  porin  34.18 
 
 		 499 aa  40  0.01  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2645  porin  27.91 
 
 		 372 aa  40  0.01  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.249514  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>