More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1296 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1296  ABC transporter, permease protein  100 
 
 
468 aa  951    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2346  fructose-bisphosphate aldolase  45.14 
 
 
464 aa  387  1e-106  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.261832  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1880  fructose-bisphosphate aldolase  45.36 
 
 
462 aa  381  1e-104  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000105643  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1442  maltose ABC transporter, permease protein  43.97 
 
 
456 aa  365  1e-100  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00962141  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0220  ABC-type sugar transport system, permease component  41.19 
 
 
451 aa  334  2e-90  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000665755  hitchhiker  0.00000000142762 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1854  ABC-type sugar transport system, permease component  41.54 
 
 
452 aa  332  7.000000000000001e-90  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.633345  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0702  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.22 
 
 
447 aa  285  2.0000000000000002e-75  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16180  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34 
 
 
436 aa  247  3e-64  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0238407  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.73 
 
 
442 aa  246  8e-64  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00309195  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0696  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.56 
 
 
426 aa  236  8e-61  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00161324  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1512  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.19 
 
 
426 aa  235  2.0000000000000002e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34 
 
 
433 aa  233  4.0000000000000004e-60  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00611933  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4063  maltosaccharide ABC transporter, permease protein  33.63 
 
 
433 aa  232  1e-59  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.373141  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3753  maltosaccharide ABC transporter, permease  33.63 
 
 
433 aa  232  1e-59  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.274172  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3769  maltosaccharide ABC transporter, permease  33.63 
 
 
433 aa  232  1e-59  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4137  maltosaccharide ABC transporter, permease protein  33.63 
 
 
433 aa  232  1e-59  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.355627  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4031  maltosaccharide ABC transporter, permease protein  33.63 
 
 
433 aa  232  1e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1121  maltosaccharide ABC transporter, permease protein  34.23 
 
 
433 aa  232  1e-59  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00971383  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.15 
 
 
435 aa  231  3e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0176794  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0915  ABC maltose/maltodextrin transporter, permease subunit  35.15 
 
 
435 aa  231  3e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.251124  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3884  maltose/maltodextrin ABC transporter permease  35.15 
 
 
435 aa  231  3e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.290467 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4118  maltosaccharide ABC transporter, permease protein  33.33 
 
 
433 aa  230  5e-59  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0141097  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3921  maltosaccharide ABC transporter permease  33.41 
 
 
433 aa  229  6e-59  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4228  maltosaccharide ABC transporter permease protein  33.41 
 
 
433 aa  229  6e-59  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1277  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.69 
 
 
435 aa  229  7e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00078522  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2713  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.55 
 
 
433 aa  228  2e-58  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.301051  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0200  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.38 
 
 
422 aa  224  2e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.13111  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0206  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.38 
 
 
422 aa  224  2e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2153  Fructose-bisphosphate aldolase  32.03 
 
 
451 aa  221  1.9999999999999999e-56  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.216937  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.24 
 
 
434 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0805194  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.45 
 
 
434 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.321856  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2872  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.96 
 
 
321 aa  213  5.999999999999999e-54  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04130  permease component of ABC-type sugar transporter  31.59 
 
 
470 aa  203  4e-51  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.346323  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2134  maltose/maltodextrin ABC transporter, permease protein MalF  33.18 
 
 
429 aa  202  8e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.825882  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0131  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.69 
 
 
676 aa  195  1e-48  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0428  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.87 
 
 
672 aa  184  2.0000000000000003e-45  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1263  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.24 
 
 
309 aa  185  2.0000000000000003e-45  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.156586  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1182  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.1 
 
 
306 aa  177  4e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0308376  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2578  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.17 
 
 
302 aa  172  2e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000715095  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0711  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39 
 
 
505 aa  167  5e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.97 
 
 
577 aa  161  2e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0464786  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1553  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.97 
 
 
577 aa  161  3e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00117262  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1437  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.45 
 
 
584 aa  161  3e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.111059  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.17 
 
 
577 aa  160  5e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.441279  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0967  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.17 
 
 
577 aa  159  8e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000132782  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2173  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.18 
 
 
546 aa  159  1e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.192646  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2337  maltose ABC transporter, permease protein  32.62 
 
 
317 aa  159  1e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2651  putative maltose/maltodextrin ABC transporter, permease protein  32.97 
 
 
317 aa  157  5.0000000000000005e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0855  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.93 
 
 
575 aa  153  7e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.762963  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03800  permease component of ABC-type sugar transporter  33.46 
 
 
525 aa  148  2.0000000000000003e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.279765  normal  0.023133 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2161  Fructose-bisphosphate aldolase  32.94 
 
 
541 aa  147  3e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.218415  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0745  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.21 
 
 
557 aa  147  5e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.105965  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22440  permease component of ABC-type sugar transporter  35.25 
 
 
544 aa  146  6e-34  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0833814  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0941  maltose transporter membrane protein  34.06 
 
 
506 aa  147  6e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1526  Fructose-bisphosphate aldolase  32.03 
 
 
534 aa  146  7.0000000000000006e-34  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.24006  normal  0.935201 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0780  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.77 
 
 
587 aa  146  8.000000000000001e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000276782  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0693  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.58 
 
 
535 aa  145  2e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.328257 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0595  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.62 
 
 
568 aa  145  2e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0222673  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3078  Fructose-bisphosphate aldolase  31.73 
 
 
546 aa  144  3e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.295752  normal  0.807756 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0831  multiple sugar transport system permease protein  35.13 
 
 
536 aa  144  5e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4685  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.2 
 
 
531 aa  144  5e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1782  Fructose-bisphosphate aldolase  33.46 
 
 
534 aa  144  5e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4495  maltose transporter membrane protein  33.05 
 
 
514 aa  143  7e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.654176  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03905  maltose transporter subunit  33.05 
 
 
514 aa  143  8e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3963  Fructose-bisphosphate aldolase  33.05 
 
 
514 aa  143  8e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3996  maltose transporter membrane protein  33.05 
 
 
514 aa  143  8e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0600719  normal  0.596443 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03865  hypothetical protein  33.05 
 
 
514 aa  143  8e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5514  maltose transporter membrane protein  33.05 
 
 
514 aa  143  8e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.957845 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4273  maltose transporter membrane protein  33.05 
 
 
514 aa  143  8e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4584  maltose transporter membrane protein  33.05 
 
 
514 aa  143  8e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1885  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  33.89 
 
 
317 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.44963 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0237  maltose transporter membrane protein  32.94 
 
 
514 aa  141  1.9999999999999998e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.686373 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05215  maltose transporter membrane protein  33.46 
 
 
524 aa  142  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0295  maltose transporter membrane protein  31.82 
 
 
524 aa  140  3.9999999999999997e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.334179  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2109  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
312 aa  140  4.999999999999999e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.376983 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13870  permease component of ABC-type sugar transporter  32 
 
 
535 aa  140  6e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4622  maltose transporter membrane protein  33.48 
 
 
514 aa  138  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.116999 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4570  maltose transporter membrane protein  33.48 
 
 
514 aa  138  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.880617 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4485  maltose transporter membrane protein  33.48 
 
 
514 aa  139  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4473  maltose transporter membrane protein  28.97 
 
 
525 aa  138  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4571  maltose transporter membrane protein  33.48 
 
 
514 aa  138  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0143691 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1169  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.55 
 
 
451 aa  137  5e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.202514  normal  0.445118 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1484  Fructose-bisphosphate aldolase  32.96 
 
 
541 aa  136  7.000000000000001e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.497856  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4420  maltose transporter membrane protein  33.05 
 
 
514 aa  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00307246 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3131  maltose transporter membrane protein  32.2 
 
 
520 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0994344  decreased coverage  0.00445018 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3915  maltose transporter membrane protein  28.66 
 
 
525 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.684328  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001329  maltose/maltodextrin ABC transporter permease protein MalF  30.99 
 
 
515 aa  134  3e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.848385  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1112  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.57 
 
 
450 aa  134  3.9999999999999996e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.642628  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0377  maltose transporter membrane protein  28.66 
 
 
525 aa  134  3.9999999999999996e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0305  maltose transporter membrane protein  28.66 
 
 
525 aa  134  3.9999999999999996e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000152908  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5855  Fructose-bisphosphate aldolase  36.07 
 
 
518 aa  133  6e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.333892  normal  0.223629 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1681  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.95 
 
 
316 aa  129  1.0000000000000001e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.130846  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1501  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.41 
 
 
474 aa  129  1.0000000000000001e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5154  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.72 
 
 
622 aa  127  3e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5890  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.34 
 
 
510 aa  124  3e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.421958 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3340  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.87 
 
 
338 aa  124  4e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.781064  normal  0.179396 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0349  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.37 
 
 
305 aa  123  6e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20460  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.9 
 
 
321 aa  123  7e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000522199  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3326  maltose transporter membrane protein  34.73 
 
 
512 aa  122  9.999999999999999e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.203761 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.51 
 
 
345 aa  120  3.9999999999999996e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>