110 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_0672 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007517  Gmet_0672  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  100 
 
 
87 aa  180  5.0000000000000004e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.534446 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2804  ferredoxin family protein  92.94 
 
 
87 aa  169  9e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1203  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  86.21 
 
 
87 aa  165  2e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0168328  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2079  ferredoxin III, nif-specific  86.05 
 
 
87 aa  160  4.0000000000000004e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2139  ferredoxin III, nif-specific  86.05 
 
 
87 aa  160  4.0000000000000004e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480151 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3489  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  75.29 
 
 
87 aa  142  2e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0632  ferredoxin III, nif-specific  69.88 
 
 
87 aa  129  1.0000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.531149  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3025  ferredoxin III 4(4Fe-4S) nif-specific  65.12 
 
 
87 aa  123  1e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3208  ferredoxin III, nif-specific  61.63 
 
 
87 aa  121  3e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.478664  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2102  ferredoxin family protein  58.62 
 
 
87 aa  116  9.999999999999999e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0633  ferredoxin III, nif-specific  55.17 
 
 
89 aa  96.7  1e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2104  ferredoxin III, nif-specific  40.62 
 
 
97 aa  86.7  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000996016 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1510  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  43.18 
 
 
89 aa  84.7  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1230  ferredoxin III, nif-specific  40.62 
 
 
102 aa  84.3  4e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000308557 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4259  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  38.95 
 
 
98 aa  82  0.000000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0534  putative dimeric ferredoxin (FdIII)  41.24 
 
 
100 aa  82  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.165776  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2186  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  41.24 
 
 
100 aa  82  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0900342 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1512  ferredoxin  39.58 
 
 
102 aa  82.4  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.560047  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1253  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  40.82 
 
 
101 aa  81.3  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.908705  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0445  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  40 
 
 
97 aa  79  0.00000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.16262 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4805  ferredoxin III, nif-specific  38.14 
 
 
98 aa  79  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.866548 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2282  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  39.58 
 
 
101 aa  77.4  0.00000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1885  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  37.11 
 
 
99 aa  77  0.00000000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.464709  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1191  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  38.83 
 
 
105 aa  77  0.00000000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000682014 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1802  ferredoxin III, nif-specific  40 
 
 
97 aa  76.3  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1830  ferredoxin III, nif-specific  40 
 
 
97 aa  76.3  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7733  ferredoxin III, nif-specific  43.02 
 
 
100 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2643  ferredoxin III  36.96 
 
 
97 aa  71.6  0.000000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.405945  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2320  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  40 
 
 
102 aa  70.1  0.000000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00672555  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0238  ferredoxin, 4Fe-4S  34.48 
 
 
102 aa  68.6  0.00000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.194696  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0481  ferredoxin III, nif-specific  37.21 
 
 
103 aa  68.6  0.00000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.92658  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3989  ferredoxin III, nif-specific  36.63 
 
 
179 aa  68.2  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0809121  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1475  hypothetical protein  39.08 
 
 
101 aa  67.8  0.00000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000320737 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1055  ferredoxin III, nif-specific  38.36 
 
 
86 aa  67.8  0.00000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0977  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  36.05 
 
 
103 aa  67  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.316671 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6219  ferredoxin III 4(4Fe-4S) nif-specific  37.93 
 
 
105 aa  65.9  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4902  ferredoxin III, nif-specific  38.64 
 
 
97 aa  65.5  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.147996  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5917  ferredoxin-3 (ferredoxin III) (FdIII)  31.11 
 
 
95 aa  64.7  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.228089  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3542  ferredoxin III, nif-specific  33.66 
 
 
104 aa  64.7  0.0000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.923414  hitchhiker  0.00998746 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0096  ferredoxin III 4(4Fe-4S) nif-specific  34.94 
 
 
98 aa  63.9  0.0000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.418618  normal  0.870899 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1354  ferredoxin III, nif-specific  33.33 
 
 
102 aa  63.9  0.0000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1081  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  34.48 
 
 
104 aa  63.5  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3624  ferredoxin III, nif-specific  34.09 
 
 
105 aa  63.2  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.182851 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4455  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  34.48 
 
 
104 aa  61.6  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5093  ferredoxin III, nif-specific  34.88 
 
 
103 aa  61.6  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1562  ferredoxin III, nif-specific  33.73 
 
 
94 aa  58.5  0.00000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2418  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.95 
 
 
652 aa  51.2  0.000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1226  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  33.8 
 
 
432 aa  48.1  0.00004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2754  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  25.35 
 
 
426 aa  47  0.00008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.964993  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3050  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  33.8 
 
 
432 aa  46.6  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0468  signal-transduction protein  32.79 
 
 
326 aa  45.4  0.0002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.125396  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2823  electron transport complex, B subunit  36.76 
 
 
182 aa  45.1  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.915701  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0815  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  36.36 
 
 
186 aa  45.4  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.783937 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0864  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  33.33 
 
 
665 aa  45.1  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3563  aldo/keto reductase  37.04 
 
 
315 aa  45.1  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000709753  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01510  nitrogen fixation (4Fe-4S) ferredoxin-like protein  40 
 
 
51 aa  45.1  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.41732  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0943  pyruvate-formate lyase-activating enzyme  31.88 
 
 
318 aa  44.7  0.0004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0115559  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0559  glutamate synthase (NADPH)  30 
 
 
501 aa  44.7  0.0004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1181  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  34.94 
 
 
94 aa  45.1  0.0004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16300  Glutamate synthase (NADPH)  31.82 
 
 
500 aa  44.7  0.0004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0221938  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0879  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  32.05 
 
 
381 aa  44.3  0.0005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2170  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  36.67 
 
 
221 aa  43.1  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.211409 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1309  dihydropyrimidine dehydrogenase  38.6 
 
 
432 aa  43.1  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1836  electron transport complex protein RnfB  32.5 
 
 
192 aa  43.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.912519  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1474  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  32.84 
 
 
77 aa  43.5  0.001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1571  electron transport complex protein RnfB  32.5 
 
 
192 aa  43.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.144341  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1817  electron transport complex protein RnfB  32.5 
 
 
192 aa  43.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0338518  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2340  electron transport complex protein RnfB  32.5 
 
 
192 aa  43.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.297329  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2709  Glutamate synthase (NADPH)  28.36 
 
 
502 aa  43.5  0.001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0334  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  34.62 
 
 
377 aa  43.5  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01598  electron transport complex protein RnfB  32.5 
 
 
192 aa  42.7  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000941545  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2013  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  32.5 
 
 
192 aa  42.7  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000144398  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0090  heterodisulfide reductase subunit  30.86 
 
 
665 aa  42.7  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.078699  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1292  glutamate synthase (NADPH) GltB2 subunit  35 
 
 
502 aa  42.4  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00363747 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2557  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  32.26 
 
 
369 aa  42.7  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.75783  normal  0.24962 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0149  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  30.86 
 
 
665 aa  42.4  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3583  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  30.86 
 
 
665 aa  42.4  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1704  electron transport complex protein RnfB  32.5 
 
 
192 aa  42.7  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0578538  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2001  electron transport complex protein RnfB  32.5 
 
 
192 aa  42.7  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000498524  normal  0.338717 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1300  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  31.25 
 
 
102 aa  42.4  0.002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0030  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  30.86 
 
 
665 aa  42.7  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01588  hypothetical protein  32.5 
 
 
192 aa  42.7  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00124747  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0029  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  30.86 
 
 
665 aa  42.7  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0551  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.54 
 
 
425 aa  42.4  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0919  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.03 
 
 
281 aa  42  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1794  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  34.33 
 
 
576 aa  42  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1604  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  32.81 
 
 
77 aa  42  0.003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0720  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  29.85 
 
 
681 aa  42  0.003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.340491  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1546  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  33.33 
 
 
377 aa  41.6  0.003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0523  glutamate synthase (NADPH)  26.76 
 
 
507 aa  41.6  0.003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.55997  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0537  glutamate synthase (NADPH)  26.76 
 
 
507 aa  41.6  0.003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2894  electron transport complex protein RnfB  29.11 
 
 
178 aa  41.6  0.004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3534  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  36.67 
 
 
950 aa  41.6  0.004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.93778  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1608  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  40.74 
 
 
61 aa  41.6  0.004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.55229  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0546  Glutamate synthase (NADPH)  25.71 
 
 
507 aa  41.6  0.004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0113147 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2360  Glutamate synthase (NADPH)  30.56 
 
 
502 aa  41.6  0.004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.235602  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0685  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.91 
 
 
133 aa  41.2  0.005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0032  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  33.82 
 
 
61 aa  41.2  0.005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2731  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  28.38 
 
 
95 aa  40.8  0.006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.535435  normal  0.574158 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1080  ferredoxin (flavodoxin) oxidoreductase  25.84 
 
 
1190 aa  40.8  0.007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>