60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6219 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_6219  ferredoxin III 4(4Fe-4S) nif-specific  100 
 
 		 105 aa  213  5e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4902  ferredoxin III, nif-specific  63 
 
 		 97 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.147996  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0977  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  56.86 
 
 		 103 aa  122  2e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.316671 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3989  ferredoxin III, nif-specific  64.08 
 
 		 179 aa  120  6e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0809121  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3624  ferredoxin III, nif-specific  58.1 
 
 		 105 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.182851 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3542  ferredoxin III, nif-specific  63.11 
 
 		 104 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.923414  hitchhiker  0.00998746 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4455  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  57.84 
 
 		 104 aa  116  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1081  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  55.88 
 
 		 104 aa  114  5e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5093  ferredoxin III, nif-specific  54.9 
 
 		 103 aa  107  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2282  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  51.02 
 
 		 101 aa  105  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5917  ferredoxin-3 (ferredoxin III) (FdIII)  56.7 
 
 		 95 aa  94.7  4e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.228089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0481  ferredoxin III, nif-specific  54.26 
 
 		 103 aa  94.7  4e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.92658  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2104  ferredoxin III, nif-specific  49.41 
 
 		 97 aa  92.4  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000996016 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0096  ferredoxin III 4(4Fe-4S) nif-specific  54.26 
 
 		 98 aa  90.5  6e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.418618  normal  0.870899 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2186  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  46.53 
 
 		 100 aa  89.4  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0900342 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0534  putative dimeric ferredoxin (FdIII)  46.53 
 
 		 100 aa  89.4  2e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.165776  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7733  ferredoxin III, nif-specific  44.09 
 
 		 100 aa  88.2  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1354  ferredoxin III, nif-specific  44.9 
 
 		 102 aa  86.3  1e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1562  ferredoxin III, nif-specific  56.38 
 
 		 94 aa  85.9  2e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1253  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  47.42 
 
 		 101 aa  85.9  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.908705  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1512  ferredoxin  39.18 
 
 		 102 aa  84.7  4e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.560047  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1230  ferredoxin III, nif-specific  39.18 
 
 		 102 aa  84  7e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000308557 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0633  ferredoxin III, nif-specific  45.05 
 
 		 89 aa  81.3  0.000000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1191  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  39.39 
 
 		 105 aa  80.5  0.000000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000682014 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2320  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  41.49 
 
 		 102 aa  79.7  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00672555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1885  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  41.84 
 
 		 99 aa  79.7  0.00000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.464709  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0238  ferredoxin, 4Fe-4S  42.11 
 
 		 102 aa  79  0.00000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.194696  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1475  hypothetical protein  42.27 
 
 		 101 aa  77.4  0.00000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000320737 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1830  ferredoxin III, nif-specific  42.39 
 
 		 97 aa  76.3  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1802  ferredoxin III, nif-specific  42.39 
 
 		 97 aa  76.3  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2079  ferredoxin III, nif-specific  40.66 
 
 		 87 aa  75.1  0.0000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2139  ferredoxin III, nif-specific  40.66 
 
 		 87 aa  75.1  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480151 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2643  ferredoxin III  42.71 
 
 		 97 aa  73.6  0.0000000000009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.405945  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4805  ferredoxin III, nif-specific  42.39 
 
 		 98 aa  71.6  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.866548 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0445  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  44.57 
 
 		 97 aa  70.9  0.000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.16262 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4259  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  42.39 
 
 		 98 aa  70.9  0.000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2102  ferredoxin family protein  43.02 
 
 		 87 aa  70.1  0.000000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0632  ferredoxin III, nif-specific  40.21 
 
 		 87 aa  69.7  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.531149  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1510  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  40 
 
 		 89 aa  69.3  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3489  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  39.33 
 
 		 87 aa  69.3  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0672  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  37.93 
 
 		 87 aa  65.9  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.534446 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1203  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  36.78 
 
 		 87 aa  63.9  0.0000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0168328  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2804  ferredoxin family protein  35.63 
 
 		 87 aa  62  0.000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1055  ferredoxin III, nif-specific  36.96 
 
 		 86 aa  60.5  0.000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3208  ferredoxin III, nif-specific  35.23 
 
 		 87 aa  57.4  0.00000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.478664  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3025  ferredoxin III 4(4Fe-4S) nif-specific  34.78 
 
 		 87 aa  56.6  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01510  nitrogen fixation (4Fe-4S) ferredoxin-like protein  45.45 
 
 		 51 aa  43.9  0.0007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.41732  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0806  pyruvate flavodoxin/ferredoxin oxidoreductase domain-containing protein  29.63 
 
 		 1185 aa  42.4  0.002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0120918 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0866  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  28.57 
 
 		 359 aa  42  0.003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.161905  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06362  oxidoreductase  34.21 
 
 		 1412 aa  42  0.003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1081  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  28.57 
 
 		 359 aa  42  0.003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1595  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  28.57 
 
 		 359 aa  42  0.003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.502541  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1695  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  52.94 
 
 		 67 aa  41.6  0.004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0398493  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1095  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  28.21 
 
 		 358 aa  41.6  0.004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0386  formate dehydrogenase, alpha subunit  24.27 
 
 		 917 aa  41.6  0.004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.118073  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0694  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  31.51 
 
 		 267 aa  41.2  0.005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.600892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0774  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.59 
 
 		 394 aa  40.8  0.006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.290777  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1575  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  35.53 
 
 		 429 aa  40.8  0.007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0236  hydrogenase, Fe-only  33.33 
 
 		 586 aa  40.4  0.008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.660897  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2239  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  27.63 
 
 		 371 aa  40.4  0.009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000624735 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>