28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1188 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1188  Rubrerythrin  100 
 
 		 161 aa  323  5e-88  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.20623  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3086  Rubrerythrin  95.03 
 
 		 161 aa  310  6.999999999999999e-84  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2291  rubrerythrin  45.91 
 
 		 161 aa  145  2.0000000000000003e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.683509  normal  0.317377 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2193  hypothetical protein  44.03 
 
 		 161 aa  138  3.9999999999999997e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0430  rubrerythrin  45.28 
 
 		 161 aa  132  3e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00579708  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1897  hypothetical protein  42.86 
 
 		 159 aa  124  4.0000000000000003e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00778692  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1315  hypothetical protein  34.52 
 
 		 171 aa  80.5  0.00000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.155182  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2967  hypothetical protein  31.9 
 
 		 163 aa  71.2  0.000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0468  rubrerythrin  27.95 
 
 		 161 aa  70.9  0.000000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0818206  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2914  Rubrerythrin  30 
 
 		 159 aa  62  0.000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1311  Rubrerythrin  30.46 
 
 		 159 aa  60.1  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000177343 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2114  Rubrerythrin  26.35 
 
 		 151 aa  52.4  0.000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1807  rubrerythrin  32.19 
 
 		 151 aa  52  0.000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0765  rubrerythrin  29.68 
 
 		 151 aa  51.2  0.000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  hitchhiker  0.000572509  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0416  rubrerythrin  30 
 
 		 185 aa  49.3  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1323  rubrerythrin  28.38 
 
 		 149 aa  47.8  0.00006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.116816  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3220  rubrerythrin  27.4 
 
 		 164 aa  47.8  0.00007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.580262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3150  rubrerythrin  26.97 
 
 		 150 aa  46.6  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.138111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1085  hypothetical protein  25 
 
 		 162 aa  46.2  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.265267 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2304  Rubrerythrin  25 
 
 		 161 aa  45.8  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000648386  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1536  rubrerythrin  26.35 
 
 		 151 aa  44.7  0.0005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00146194  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0797  rubrerythrin  25.36 
 
 		 173 aa  44.3  0.0007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0378  Rhodanese domain protein  23.97 
 
 		 284 aa  43.1  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.656719  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1783  hypothetical protein  30 
 
 		 151 aa  42  0.003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.127386  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3242  rubrerythrin  26.21 
 
 		 163 aa  42  0.003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000412048  hitchhiker  0.000706309 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3260  rubrerythrin  32.81 
 
 		 318 aa  41.6  0.004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0034  rubrerythrin  27.43 
 
 		 159 aa  40.8  0.008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.475045  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4072  rubrerythrin  31.39 
 
 		 327 aa  40.4  0.009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.662924  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>