68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0916 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0916  YciI-like protein  100 
 
 		 100 aa  198  1.9999999999999998e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1054  YciI-like protein  71.43 
 
 		 98 aa  141  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.104845  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1641  YciI-like protein  68.82 
 
 		 95 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.378355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2132  YciI-like protein  69.89 
 
 		 96 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1734  YciI-like protein  66.67 
 
 		 97 aa  126  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.864642  normal  0.504516 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6359  YciI-like protein  66.67 
 
 		 97 aa  126  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.783486  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1642  YciI-like protein  66.67 
 
 		 95 aa  126  8.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0849048  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1720  YciI-like protein  66.67 
 
 		 97 aa  126  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1540  YciI-like protein  64.52 
 
 		 95 aa  122  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.498361 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1952  YciI-like protein  68.37 
 
 		 98 aa  121  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.452412  normal  0.569612 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2076  YciI-like protein  68.82 
 
 		 96 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.377924  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2312  YciI-like protein  69.15 
 
 		 96 aa  108  3e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2399  YciI-like protein  61.11 
 
 		 92 aa  107  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1854  YciI-like protein  58.89 
 
 		 96 aa  107  5e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5012  YciI-like protein  63.27 
 
 		 97 aa  107  6e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.307921  normal  0.177279 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2487  YciI-like protein  58.89 
 
 		 92 aa  106  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.194042  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1461  YciI-like protein  60 
 
 		 92 aa  105  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1100  YciI-like protein  52.53 
 
 		 100 aa  96.3  1e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1698  YciI-like protein  54.44 
 
 		 93 aa  93.6  8e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000232188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1029  YciI-like protein  54.55 
 
 		 100 aa  92.4  2e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.393563  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2283  YCII-related domain superfamily protein  55.56 
 
 		 89 aa  92  2e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.295956  n/a   
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_32655  predicted protein  42.53 
 
 		 100 aa  67.8  0.00000000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000150208  normal  0.391035 
 
 
-
 
NC_011683  PHATRDRAFT_47865  predicted protein  35.48 
 
 		 159 aa  57.4  0.00000006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.467405  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1540  YCII-related protein  36.08 
 
 		 97 aa  54.7  0.0000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.217439  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1899  YCII-related protein  33.7 
 
 		 90 aa  54.7  0.0000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4908  YCII-related protein  38.37 
 
 		 92 aa  52  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.171688 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1953  YCII-related protein  39.24 
 
 		 96 aa  48.5  0.00003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2848  YCII-related protein  33.33 
 
 		 128 aa  47.8  0.00004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.413874  normal  0.43618 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0705  YCII-related  33.67 
 
 		 99 aa  47.8  0.00006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.436463  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1415  YCII-related  35.16 
 
 		 97 aa  47.4  0.00006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000050169 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2288  YciI-like protein  34.02 
 
 		 98 aa  46.6  0.0001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.896099  normal  0.716838 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2386  hypothetical protein  32.65 
 
 		 99 aa  46.2  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2112  YCII-related  32.65 
 
 		 101 aa  45.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000414842  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3696  YciI-like protein  32.58 
 
 		 97 aa  44.3  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4078  YCII-related  32.53 
 
 		 90 aa  44.3  0.0006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.225729 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1053  YCII-related  30.61 
 
 		 99 aa  43.9  0.0007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20150  hypothetical protein  37.18 
 
 		 95 aa  43.9  0.0007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.407801 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1912  YCII-related  31.82 
 
 		 94 aa  43.5  0.0009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00925332  decreased coverage  0.000215371 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2180  YCII-related protein  33.71 
 
 		 98 aa  42.7  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3379  YCII-related  31.18 
 
 		 103 aa  42.4  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.614146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1342  YCII-related  31.58 
 
 		 94 aa  42.4  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000378288 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2671  hypothetical protein  38.89 
 
 		 79 aa  42.7  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2262  YciI-like protein  32.65 
 
 		 99 aa  42.4  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.147649  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5217  YCII-related  31.18 
 
 		 103 aa  42.7  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.967881  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2195  YCII-related protein  29.35 
 
 		 94 aa  42  0.003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3205  YciI-like protein  29.03 
 
 		 98 aa  41.6  0.003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.173506  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1399  YciI-like protein  31.96 
 
 		 98 aa  41.6  0.004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.278686  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1865  YciI-like protein  29.9 
 
 		 98 aa  41.2  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.270927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1928  YciI-like protein  29.9 
 
 		 98 aa  41.2  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00489615 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1871  YciI-like protein  29.9 
 
 		 98 aa  41.2  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.737215  normal  0.822939 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0544  YciI-like protein  32.53 
 
 		 89 aa  41.6  0.004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1408  YciI-like protein  29.9 
 
 		 98 aa  41.2  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.278228  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1590  YciI-like protein  29.9 
 
 		 98 aa  41.2  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.818061 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0586  YciI-like protein  32.65 
 
 		 99 aa  41.6  0.004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1040  yciL protein  26.53 
 
 		 192 aa  41.2  0.005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2445  hypothetical protein  25 
 
 		 94 aa  41.2  0.005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1360  YciI-like protein  31.96 
 
 		 98 aa  41.2  0.005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000273614  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2397  YCII-related protein  31.96 
 
 		 98 aa  40.8  0.006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00577394  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01235  hypothetical protein  31.96 
 
 		 98 aa  40.8  0.006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.947238  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1738  YciI-like protein  31.96 
 
 		 98 aa  40.8  0.006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000940288  normal  0.0139012 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1881  YciI-like protein  31.96 
 
 		 98 aa  40.8  0.006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000387987 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2376  YciI-like protein  31.96 
 
 		 98 aa  40.8  0.006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115625  hitchhiker  0.0000012139 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6069  YCII-related protein  30.11 
 
 		 103 aa  40.8  0.006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.127481  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01225  predicted enzyme  31.96 
 
 		 98 aa  40.8  0.006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.953967  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1420  YciI-like protein  31.96 
 
 		 98 aa  40.8  0.007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0374625  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2057  YCII-related  28.87 
 
 		 98 aa  40.4  0.007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.595754  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2148  YciI-like protein  28.87 
 
 		 98 aa  40.4  0.007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.432315  normal  0.0347948 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1947  YciI-like protein  28.87 
 
 		 98 aa  40.4  0.007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>