111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1642 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_1642  YciI-like protein  100 
 
 		 95 aa  194  5.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0849048  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1641  YciI-like protein  96.84 
 
 		 95 aa  190  7e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.378355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6359  YciI-like protein  94.68 
 
 		 97 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.783486  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1720  YciI-like protein  94.68 
 
 		 97 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1734  YciI-like protein  94.68 
 
 		 97 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.864642  normal  0.504516 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1540  YciI-like protein  88.42 
 
 		 95 aa  175  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.498361 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5012  YciI-like protein  91.49 
 
 		 97 aa  161  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.307921  normal  0.177279 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2132  YciI-like protein  74.19 
 
 		 96 aa  142  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2076  YciI-like protein  74.19 
 
 		 96 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.377924  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1054  YciI-like protein  67.74 
 
 		 98 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.104845  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0916  YciI-like protein  66.67 
 
 		 100 aa  126  9.000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2312  YciI-like protein  73.12 
 
 		 96 aa  122  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2399  YciI-like protein  63.33 
 
 		 92 aa  115  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2487  YciI-like protein  62.22 
 
 		 92 aa  115  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.194042  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1698  YciI-like protein  64.77 
 
 		 93 aa  114  6.9999999999999995e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000232188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1461  YciI-like protein  62.22 
 
 		 92 aa  113  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1952  YciI-like protein  66.67 
 
 		 98 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.452412  normal  0.569612 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1854  YciI-like protein  57.78 
 
 		 96 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2283  YCII-related domain superfamily protein  58.89 
 
 		 89 aa  99  2e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.295956  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1100  YciI-like protein  52.13 
 
 		 100 aa  94.7  3e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1029  YciI-like protein  48.94 
 
 		 100 aa  80.1  0.000000000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.393563  n/a   
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_32655  predicted protein  47.13 
 
 		 100 aa  79  0.00000000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000150208  normal  0.391035 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2386  hypothetical protein  39.8 
 
 		 99 aa  62.4  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1899  YCII-related protein  35.56 
 
 		 90 aa  60.8  0.000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4908  YCII-related protein  40.7 
 
 		 92 aa  57.4  0.00000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.171688 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1053  YCII-related  34.69 
 
 		 99 aa  57  0.00000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0586  YciI-like protein  36.73 
 
 		 99 aa  55.1  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3398  YCII-related  38.14 
 
 		 101 aa  53.1  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000326779  normal  0.427283 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2019  YCII-related  37.76 
 
 		 99 aa  51.2  0.000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0263294  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0705  YCII-related  33.67 
 
 		 99 aa  50.8  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.436463  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2112  YCII-related  36.73 
 
 		 101 aa  50.8  0.000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000414842  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4078  YCII-related  37.04 
 
 		 90 aa  49.3  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.225729 
 
 
-
 
NC_011683  PHATRDRAFT_47865  predicted protein  34.38 
 
 		 159 aa  48.9  0.00002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.467405  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1879  YCII-related  34.74 
 
 		 100 aa  48.5  0.00003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0718  YciI-like protein  33.67 
 
 		 99 aa  48.5  0.00003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.532819  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2848  YCII-related protein  28.95 
 
 		 128 aa  48.9  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.413874  normal  0.43618 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2688  YCII-related  37.93 
 
 		 99 aa  48.1  0.00004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0544  YciI-like protein  34.21 
 
 		 89 aa  47.8  0.00005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2316  YCII-related domain-containing protein  31.63 
 
 		 100 aa  47.4  0.00006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5221  YCII-related  31.52 
 
 		 97 aa  47.4  0.00006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2261  YciI-like protein  32.65 
 
 		 99 aa  47.8  0.00006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000337125  normal  0.0746903 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1879  YciI-like protein  31.63 
 
 		 99 aa  47.4  0.00007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1010  YCII-related  30.61 
 
 		 100 aa  47  0.00008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000895007  normal  0.607301 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1729  YCII-related protein  38.14 
 
 		 98 aa  47  0.00008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2835  YCII-related  32.98 
 
 		 99 aa  47  0.00009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1953  YCII-related protein  35.06 
 
 		 96 aa  46.6  0.0001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5217  YCII-related  36.25 
 
 		 103 aa  46.6  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.967881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2288  YciI-like protein  34.02 
 
 		 98 aa  46.6  0.0001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.896099  normal  0.716838 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1833  YciI-like protein  35.71 
 
 		 99 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.855778  normal  0.363784 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2262  YciI-like protein  35.79 
 
 		 99 aa  46.6  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.147649  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3588  YciI-like protein  32.65 
 
 		 99 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.324213  normal  0.960338 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20150  hypothetical protein  33.7 
 
 		 95 aa  46.2  0.0002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.407801 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3379  YCII-related  36.25 
 
 		 103 aa  45.4  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.614146  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1808  hypothetical protein  32.65 
 
 		 99 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1716  YciI-like protein  31.63 
 
 		 99 aa  45.4  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3205  YciI-like protein  29.79 
 
 		 98 aa  45.4  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.173506  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15620  YCII-related domain protein  35.71 
 
 		 99 aa  45.4  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0167748  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1912  YCII-related  33.8 
 
 		 94 aa  45.4  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00925332  decreased coverage  0.000215371 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2026  YCII-like protein  30.26 
 
 		 89 aa  45.1  0.0004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02294  hypothetical protein  34.83 
 
 		 96 aa  44.7  0.0004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3696  YciI-like protein  29.79 
 
 		 97 aa  44.7  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1421  YciI-like protein  30.61 
 
 		 99 aa  44.3  0.0005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.310283  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3433  YCII-related  36.25 
 
 		 103 aa  43.9  0.0007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3791  YciI-like protein  31.63 
 
 		 99 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000137608 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2736  hypothetical protein  35 
 
 		 103 aa  43.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0209633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1233  YCII-related  30.61 
 
 		 99 aa  43.1  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000791191  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2714  YciI-like protein  30.61 
 
 		 99 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0349915  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2736  YciI-like protein  30.61 
 
 		 99 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000268578  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1639  YciI-like protein  28.57 
 
 		 99 aa  43.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2815  YciI-like protein  30.61 
 
 		 99 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000129416  normal  0.582702 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6069  YCII-related protein  35 
 
 		 103 aa  43.5  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.127481  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1040  yciL protein  27.72 
 
 		 192 aa  43.5  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4084  YCII-related  36.25 
 
 		 103 aa  43.5  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.117979  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1650  YciI-like protein  30.61 
 
 		 99 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000239364  hitchhiker  0.0000000000431009 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2294  YCII-related protein  30.93 
 
 		 98 aa  43.5  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.724266  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1511  YciI-like protein  34.41 
 
 		 90 aa  42.7  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1466  YciI-like protein  28.57 
 
 		 99 aa  42.4  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00060378  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0163  YciI-like protein  34.41 
 
 		 90 aa  42.7  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.439465 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4017  YciI-like protein  28.72 
 
 		 97 aa  42.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.450546 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22780  YciI-like protein  34.69 
 
 		 99 aa  42  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.064842 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1924  YciI-like protein  34.69 
 
 		 99 aa  42  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0914031  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1865  YciI-like protein  33.72 
 
 		 98 aa  42  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.270927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1928  YciI-like protein  33.72 
 
 		 98 aa  42  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00489615 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1871  YciI-like protein  33.72 
 
 		 98 aa  42  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.737215  normal  0.822939 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1408  YciI-like protein  33.72 
 
 		 98 aa  42  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.278228  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1590  YciI-like protein  33.72 
 
 		 98 aa  42  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.818061 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1145  YciI-like protein  26.53 
 
 		 100 aa  42  0.003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1994  YCII-related protein  31.96 
 
 		 98 aa  42  0.003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2916  YciI-like protein  33.33 
 
 		 90 aa  41.2  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0990544  normal  0.0892164 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5625  YCII-related  32.5 
 
 		 103 aa  41.2  0.004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.161599 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1360  YciI-like protein  33.72 
 
 		 98 aa  41.2  0.005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000273614  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1399  YciI-like protein  32.56 
 
 		 98 aa  41.2  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.278686  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0666  YCII-related domain protein  28.87 
 
 		 109 aa  41.2  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1485  YciI-like protein  31.63 
 
 		 99 aa  40.8  0.006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00728644  normal  0.723827 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0815  YCII-related  28.87 
 
 		 100 aa  40.8  0.006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1945  YCII-related  30.93 
 
 		 98 aa  40.8  0.006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1448  YciI-like protein  29.59 
 
 		 99 aa  40.8  0.007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.127682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1514  YciI-like protein  29.59 
 
 		 99 aa  40.8  0.007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00336778  normal  0.766184 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2376  YciI-like protein  33.72 
 
 		 98 aa  40.8  0.007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115625  hitchhiker  0.0000012139 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1738  YciI-like protein  33.72 
 
 		 98 aa  40.8  0.007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000940288  normal  0.0139012 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>