134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1448 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3036  YciI-like protein  100 
 
 		 99 aa  201  4e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1448  YciI-like protein  100 
 
 		 99 aa  201  4e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.127682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1514  YciI-like protein  100 
 
 		 99 aa  201  4e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00336778  normal  0.766184 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1504  YciI-like protein  100 
 
 		 99 aa  201  4e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.244911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2417  YciI-like protein  95.96 
 
 		 99 aa  195  2.0000000000000003e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.384464  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2926  YciI-like protein  84.85 
 
 		 99 aa  182  1.0000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0111785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2714  YciI-like protein  88.89 
 
 		 99 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0349915  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2736  YciI-like protein  88.89 
 
 		 99 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000268578  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2815  YciI-like protein  88.89 
 
 		 99 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000129416  normal  0.582702 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1650  YciI-like protein  88.89 
 
 		 99 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000239364  hitchhiker  0.0000000000431009 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2138  YciI-like protein  84.85 
 
 		 99 aa  180  6e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2261  YciI-like protein  84.85 
 
 		 99 aa  180  6e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000337125  normal  0.0746903 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1466  YciI-like protein  83.84 
 
 		 99 aa  176  1e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00060378  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1421  YciI-like protein  80.81 
 
 		 99 aa  171  3.9999999999999995e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.310283  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1669  YciI-like protein  81.82 
 
 		 99 aa  171  3.9999999999999995e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000851056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1639  YciI-like protein  80.81 
 
 		 99 aa  169  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02770  YciI-like protein  73.47 
 
 		 98 aa  159  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1306  YciI-like protein  75.51 
 
 		 98 aa  158  2e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000114962  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3791  YciI-like protein  74.75 
 
 		 99 aa  158  3e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000137608 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1145  YciI-like protein  72.73 
 
 		 100 aa  156  1e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4502  YciI-like protein  74.75 
 
 		 99 aa  155  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.246147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1410  YciI-like protein  74.75 
 
 		 99 aa  155  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0448344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1833  YciI-like protein  75.76 
 
 		 99 aa  154  3e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.855778  normal  0.363784 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1485  YciI-like protein  73.74 
 
 		 99 aa  152  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00728644  normal  0.723827 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003073  protein yciI  70.41 
 
 		 98 aa  152  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.307697  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2019  YCII-related  75.76 
 
 		 99 aa  150  4e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0263294  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1053  YCII-related  69.7 
 
 		 99 aa  149  1e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22780  YciI-like protein  70.71 
 
 		 99 aa  148  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.064842 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1924  YciI-like protein  70.71 
 
 		 99 aa  148  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0914031  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15620  YCII-related domain protein  72.73 
 
 		 99 aa  147  3e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0167748  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1808  hypothetical protein  69.7 
 
 		 99 aa  147  4e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3588  YciI-like protein  69.7 
 
 		 99 aa  147  4e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.324213  normal  0.960338 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1947  YciI-like protein  69.39 
 
 		 98 aa  147  4e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2148  YciI-like protein  69.39 
 
 		 98 aa  147  4e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.432315  normal  0.0347948 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2057  YCII-related  69.39 
 
 		 98 aa  147  4e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.595754  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0586  YciI-like protein  71.72 
 
 		 99 aa  147  5e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1879  YciI-like protein  69.7 
 
 		 99 aa  145  2.0000000000000003e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2684  YCII-related  72.45 
 
 		 98 aa  145  2.0000000000000003e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.112307  hitchhiker  0.00112593 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02294  hypothetical protein  73.96 
 
 		 96 aa  145  2.0000000000000003e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2835  YCII-related  67.68 
 
 		 99 aa  144  5e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0705  YCII-related  66.67 
 
 		 99 aa  143  9e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.436463  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01225  predicted enzyme  70.41 
 
 		 98 aa  142  1e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.953967  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2397  YCII-related protein  70.41 
 
 		 98 aa  142  1e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00577394  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1738  YciI-like protein  70.41 
 
 		 98 aa  142  1e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000940288  normal  0.0139012 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1879  YCII-related  67.68 
 
 		 100 aa  142  1e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0718  YciI-like protein  68.69 
 
 		 99 aa  142  1e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.532819  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01235  hypothetical protein  70.41 
 
 		 98 aa  142  1e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.947238  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2376  YciI-like protein  70.41 
 
 		 98 aa  142  1e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115625  hitchhiker  0.0000012139 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1881  YciI-like protein  70.41 
 
 		 98 aa  142  1e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000387987 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1399  YciI-like protein  69.39 
 
 		 98 aa  142  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.278686  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2316  YCII-related domain-containing protein  63.64 
 
 		 100 aa  140  4e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1928  YciI-like protein  68.37 
 
 		 98 aa  140  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00489615 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1530  hypothetical protein  70.71 
 
 		 100 aa  141  4e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0321161 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1871  YciI-like protein  68.37 
 
 		 98 aa  140  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.737215  normal  0.822939 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1865  YciI-like protein  68.37 
 
 		 98 aa  140  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.270927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1590  YciI-like protein  68.37 
 
 		 98 aa  140  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.818061 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1408  YciI-like protein  68.37 
 
 		 98 aa  140  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.278228  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3398  YCII-related  67.68 
 
 		 101 aa  140  6e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000326779  normal  0.427283 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1360  YciI-like protein  69.39 
 
 		 98 aa  140  6e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000273614  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1233  YCII-related  66.67 
 
 		 99 aa  140  7e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000791191  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1945  YCII-related  68.37 
 
 		 98 aa  140  7e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2688  YCII-related  67.68 
 
 		 99 aa  139  9.999999999999999e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1010  YCII-related  67.68 
 
 		 100 aa  139  9.999999999999999e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000895007  normal  0.607301 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2288  YciI-like protein  67.35 
 
 		 98 aa  139  9.999999999999999e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.896099  normal  0.716838 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1420  YciI-like protein  69.39 
 
 		 98 aa  139  9.999999999999999e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0374625  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2112  YCII-related  64.65 
 
 		 101 aa  138  1.9999999999999998e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000414842  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1716  YciI-like protein  66.67 
 
 		 99 aa  139  1.9999999999999998e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2186  YCII-related  69.39 
 
 		 98 aa  139  1.9999999999999998e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.054491  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4008  YciI-like protein  75.76 
 
 		 99 aa  137  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.594692  hitchhiker  0.000000962466 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2904  YCII-related  63.64 
 
 		 100 aa  134  4e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.087124  normal  0.332831 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1645  hypothetical protein  64.65 
 
 		 100 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.290819  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2294  YCII-related protein  65.31 
 
 		 98 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.724266  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1729  YCII-related protein  66.33 
 
 		 98 aa  131  3e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1994  YCII-related protein  63.27 
 
 		 98 aa  128  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2386  hypothetical protein  57.58 
 
 		 99 aa  127  4.0000000000000003e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1269  YciI-like protein  58.16 
 
 		 98 aa  126  1.0000000000000001e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0666  YCII-related domain protein  60.2 
 
 		 109 aa  120  4e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0815  YCII-related  60.2 
 
 		 100 aa  120  5e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2262  YciI-like protein  56.57 
 
 		 99 aa  120  5e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.147649  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1040  yciL protein  50.51 
 
 		 192 aa  110  7.000000000000001e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1987  YciI-like protein  51.55 
 
 		 100 aa  98.6  2e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000630595 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0304  hypothetical protein  47 
 
 		 100 aa  98.6  3e-20  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0779794  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00874  protein YciI  66.28 
 
 		 86 aa  98.6  3e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.527512  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1459  YCII-related protein  46.81 
 
 		 109 aa  89.7  1e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1975  YciI-like protein  47.42 
 
 		 109 aa  89  2e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1699  YciI-like protein  47.42 
 
 		 109 aa  88.2  4e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4017  YciI-like protein  36.73 
 
 		 97 aa  62.8  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.450546 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3205  YciI-like protein  38.78 
 
 		 98 aa  61.6  0.000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.173506  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3696  YciI-like protein  36.73 
 
 		 97 aa  61.2  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2848  YCII-related protein  34.69 
 
 		 128 aa  60.5  0.000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.413874  normal  0.43618 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1511  YciI-like protein  38.04 
 
 		 90 aa  58.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0163  YciI-like protein  38.04 
 
 		 90 aa  58.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.439465 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4078  YCII-related  36.73 
 
 		 90 aa  58.5  0.00000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.225729 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2916  YciI-like protein  36.96 
 
 		 90 aa  57.8  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0990544  normal  0.0892164 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0863  YciI-like protein  36.36 
 
 		 99 aa  56.2  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.235827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2936  YCII-related  36.73 
 
 		 97 aa  55.8  0.0000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.366062 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3413  YCII-related domain protein  37.76 
 
 		 90 aa  55.8  0.0000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.138381  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2831  YciI-like protein  33.67 
 
 		 90 aa  54.7  0.0000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1115  YciI-like protein  35.05 
 
 		 101 aa  51.6  0.000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.176684  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2963  YciI-like protein  36.73 
 
 		 97 aa  52  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>