79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3907 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3907  PadR family transcriptional regulator  100 
 
 		 207 aa  397  9.999999999999999e-111  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.222073  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3145  PadR-like family transcriptional regulator  46.32 
 
 		 184 aa  120  9.999999999999999e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1177  transcriptional regulator, PadR-like family  41.72 
 
 		 186 aa  110  2.0000000000000002e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0592255  hitchhiker  0.00870551 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1942  transcriptional regulator, PadR-like family  36.78 
 
 		 190 aa  81.3  0.000000000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.649518  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3692  transcriptional regulator, PadR-like family  38.1 
 
 		 176 aa  67  0.0000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.466556 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1493  PadR family transcriptional regulator  23.27 
 
 		 204 aa  60.5  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.170448  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4863  transcriptional regulator, PadR-like family  34.48 
 
 		 186 aa  60.1  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.149571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1892  PadR-like family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 176 aa  57.4  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.481903  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05461  hypothetical protein  35.96 
 
 		 178 aa  56.6  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.797488  normal  0.144264 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4818  transcriptional regulator, PadR-like family  33.33 
 
 		 179 aa  56.6  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.683048  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3741  transcriptional regulator, PadR-like family  33.33 
 
 		 179 aa  56.6  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002309  predicted transcriptional regulator  34.69 
 
 		 179 aa  55.5  0.0000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1345  transcriptional regulator, PadR-like family  31.37 
 
 		 190 aa  55.1  0.0000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1257  transcriptional regulator  31.98 
 
 		 174 aa  55.1  0.0000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.287326 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00046  transcriptional regulator  34.69 
 
 		 201 aa  54.7  0.0000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2628  transcriptional regulator, PadR-like family  30.19 
 
 		 183 aa  54.7  0.000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0916  PadR-like family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 171 aa  54.3  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2017  Transcriptional regulator PadR-like protein  32.17 
 
 		 181 aa  53.9  0.000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00625751  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0225  transcriptional regulator, PadR-like family  30.86 
 
 		 187 aa  53.1  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0079  PadR-like family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 184 aa  53.9  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0979  transcriptional regulator PadR family protein  31.58 
 
 		 191 aa  53.9  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.334428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2223  hypothetical protein  33.67 
 
 		 179 aa  53.1  0.000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000756416  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3007  MarR family transcriptional regulator  39.76 
 
 		 182 aa  52.8  0.000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5591  PadR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 196 aa  52.4  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3673  PadR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 189 aa  52.4  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1322  PadR-like family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 183 aa  52  0.000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.704884 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1343  PadR-like family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 202 aa  52  0.000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0862  PadR-like family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 202 aa  52  0.000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0144  transcriptional regulator, PadR-like family  24.44 
 
 		 179 aa  51.6  0.000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0154267  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0010  PadR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 216 aa  50.8  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.341135  normal  0.976075 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4271  PadR-like family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 179 aa  50.8  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0469605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4576  PadR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 181 aa  50.1  0.00003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4476  PadR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 192 aa  49.7  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.949846  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26090  predicted transcriptional regulator  29.52 
 
 		 194 aa  49.3  0.00004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1076  PadR-like family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 182 aa  49.3  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.973287 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1415  transcriptional regulator, PadR-like family  34.17 
 
 		 194 aa  49.3  0.00004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0975835  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5461  PadR-like family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 175 aa  48.5  0.00007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.399504 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5734  transcriptional regulator, PadR-like family  34.91 
 
 		 172 aa  48.5  0.00007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.667437 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0615  PadR-like family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 212 aa  48.5  0.00007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.169768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2867  PadR-like family transcriptional regulator  24.59 
 
 		 215 aa  48.5  0.00008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.435148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1272  transcriptional regulator  31.3 
 
 		 185 aa  48.1  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.546135  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0095  PadR-like family regulatory protein  31.3 
 
 		 196 aa  48.1  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6303  transcriptional regulator, PadR-like family  37.35 
 
 		 188 aa  47.8  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113883  normal  0.109812 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1561  transcriptional regulator, PadR-like family  39.78 
 
 		 187 aa  47.8  0.0001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1517  PadR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 196 aa  48.1  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.178756  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1600  PadR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 185 aa  48.1  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.797294  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0838  transcriptional regulator, PadR-like family  25.66 
 
 		 305 aa  47.4  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0779  transcriptional regulator, PadR-like family  25.74 
 
 		 184 aa  47  0.0002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.125594  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0298  PadR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 248 aa  47  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.432439 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2808  PadR-like family transcriptional regulator  23.73 
 
 		 180 aa  47.4  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1923  transcriptional regulator, PadR-like family  25.16 
 
 		 184 aa  47  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.870316 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0288  PadR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 248 aa  47  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.716542  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0279  PadR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 221 aa  47  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2496  transcriptional regulator, PadR-like family  33.56 
 
 		 177 aa  45.8  0.0004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0617263  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0613  transcriptional regulator, PadR-like family  32.23 
 
 		 185 aa  45.4  0.0005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.121754  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2505  Transcriptional regulator PadR-like protein  35.78 
 
 		 195 aa  45.8  0.0005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.774349  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4747  transcriptional regulator PadR family protein  36.36 
 
 		 252 aa  45.4  0.0005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1371  transcriptional regulator, PadR-like family  32.63 
 
 		 182 aa  45.1  0.0008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0218081  normal  0.0807721 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6039  PadR-like family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 181 aa  44.7  0.0009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.258534  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1267  transcriptional regulator, PadR-like family  24.43 
 
 		 185 aa  44.3  0.001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2248  PadR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 183 aa  43.9  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0137325  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8052  transcriptional regulator protein-like protein  29.36 
 
 		 175 aa  43.9  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.440354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10046  hypothetical protein  34.44 
 
 		 180 aa  43.9  0.002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2179  PadR-like family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 186 aa  43.9  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00487663 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5238  PadR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 173 aa  43.9  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4959  PadR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 173 aa  43.9  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13740  predicted transcriptional regulator  27.71 
 
 		 196 aa  43.5  0.002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4870  PadR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 173 aa  43.9  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4568  PadR-like family transcriptional regulator  23.73 
 
 		 227 aa  42.7  0.003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.167049 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8548  PadR family transcriptional regulator  49.02 
 
 		 117 aa  42.7  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1864  hypothetical protein  29.29 
 
 		 148 aa  42.7  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00461724  normal  0.158626 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3551  transcriptional regulator, PadR-like family  31.4 
 
 		 210 aa  42  0.006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4160  transcriptional regulator, PadR-like family  32.54 
 
 		 222 aa  42.4  0.006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.354182  normal  0.0431624 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6781  transcriptional regulator, PadR-like family  30.06 
 
 		 174 aa  42  0.007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3110  transcriptional regulator, PadR-like family  24.37 
 
 		 325 aa  41.6  0.007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000271029  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0943  transcriptional regulator, PadR-like family  38.27 
 
 		 166 aa  41.6  0.008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0680  PadR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 179 aa  41.6  0.009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4791  transcriptional regulator, PadR-like family  53.06 
 
 		 113 aa  41.2  0.01  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0813  PadR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 195 aa  41.6  0.01  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.403384 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>