More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3157 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_1923  CTP synthetase  56.82 
 
 
542 aa  642    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0447943  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3001  CTP synthase  72.13 
 
 
566 aa  789    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.427451  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0078  CTP synthetase  58.01 
 
 
541 aa  665    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5516  CTP synthetase  54.8 
 
 
535 aa  635    Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00176439  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0969  CTP synthase  73.85 
 
 
546 aa  848    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.538068  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2163  CTP synthetase  54.96 
 
 
536 aa  638    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5468  CTP synthetase  54.98 
 
 
535 aa  636    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.516404  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2990  CTP synthase  78.52 
 
 
563 aa  862    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.781575  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5136  CTP synthetase  54.61 
 
 
535 aa  635    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5187  CTP synthetase  54.61 
 
 
535 aa  635    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.537125  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5038  CTP synthetase  54.61 
 
 
535 aa  635    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0483501  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4844  CTP synthetase  57.99 
 
 
532 aa  651    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00361153  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0608  CTP synthetase  65.07 
 
 
553 aa  749    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.235124  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1135  CTP synthetase  62.85 
 
 
535 aa  678    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1199  CTP synthetase  73.35 
 
 
581 aa  833    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.129574  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2034  CTP synthetase  56.69 
 
 
558 aa  637    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2267  CTP synthetase  57.88 
 
 
545 aa  649    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3141  CTP synthetase  73.78 
 
 
572 aa  853    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.151944  normal  0.766797 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3337  CTP synthetase  57.62 
 
 
531 aa  667    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1487  CTP synthase  78.75 
 
 
558 aa  868    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.883119  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1911  CTP synthetase  70.14 
 
 
581 aa  770    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.115982  hitchhiker  0.000439643 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1743  CTP synthetase  57.81 
 
 
534 aa  651    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4054  CTP synthase  56.81 
 
 
545 aa  638    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.384479  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13730  CTP synthetase  71 
 
 
624 aa  767    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4432  CTP synthase  68.67 
 
 
587 aa  793    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.281255  normal  0.849017 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5411  CTP synthetase  74.59 
 
 
565 aa  796    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5583  CTP synthetase  54.61 
 
 
535 aa  635    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.426963  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11714  CTP synthetase  67.19 
 
 
586 aa  773    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.24232 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0051  CTP synthetase  60.81 
 
 
547 aa  665    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2409  CTP synthetase  59.4 
 
 
537 aa  658    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2836  CTP synthase  76.74 
 
 
559 aa  854    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0206831  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3157  CTP synthetase  100 
 
 
608 aa  1226    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0522365  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0291  CTP synthetase  57.14 
 
 
534 aa  653    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1132  CTP synthetase  73.18 
 
 
558 aa  827    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25420  CTP synthetase  72.78 
 
 
566 aa  818    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.199429 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1754  CTP synthetase  89.53 
 
 
652 aa  1003    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0206256  hitchhiker  0.00103098 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2785  CTP synthetase  56.96 
 
 
538 aa  648    Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.963897  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4064  CTP synthetase  69.5 
 
 
583 aa  805    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.541211  normal  0.525358 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3181  CTP synthetase  58.96 
 
 
533 aa  669    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000127982  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1518  CTP synthetase  70.17 
 
 
587 aa  798    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000885327 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0701  CTP synthetase  56.13 
 
 
533 aa  639    Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.202095  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3670  CTP synthetase  54.81 
 
 
558 aa  635    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2349  CTP synthetase  73.8 
 
 
567 aa  808    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.00181138  normal  0.0174696 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2180  CTP synthetase  59.07 
 
 
540 aa  652    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2944  CTP synthetase  69.06 
 
 
579 aa  788    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1448  CTP synthetase  61.71 
 
 
551 aa  663    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.38964  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14180  CTP synthetase  71.27 
 
 
563 aa  765    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.609851  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18060  CTP synthetase  57.25 
 
 
535 aa  656    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3859  CTP synthetase  55.17 
 
 
535 aa  644    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2472  CTP synthetase  58.5 
 
 
535 aa  667    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2182  CTP synthetase  58.5 
 
 
535 aa  667    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3446  CTP synthetase  58.58 
 
 
531 aa  667    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2201  CTP synthetase  54.96 
 
 
536 aa  638    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3502  CTP synthetase  70.63 
 
 
585 aa  781    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.676775  normal  0.111203 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5435  CTP synthetase  74.18 
 
 
589 aa  798    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00181043  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12400  CTP synthetase  70.06 
 
 
553 aa  759    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.023708  normal  0.233507 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2418  CTP synthetase  55.74 
 
 
542 aa  661    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00522161  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1762  CTP synthetase  55.95 
 
 
533 aa  641    Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.55526  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2377  CTP synthase  70.51 
 
 
581 aa  735    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0054  CTP synthetase  57.75 
 
 
536 aa  654    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000543339  hitchhiker  0.00121166 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1920  CTP synthetase  67.91 
 
 
581 aa  773    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.270417 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2823  CTP synthase  69.74 
 
 
578 aa  794    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.267203  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1519  CTP synthetase  67.19 
 
 
597 aa  796    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.154813  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1664  CTP synthase  73.24 
 
 
553 aa  805    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.210101  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2959  CTP synthetase  69.06 
 
 
579 aa  788    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.736461 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1243  CTP synthetase  74.87 
 
 
558 aa  832    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0811753  normal  0.94922 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0563  CTP synthetase  57.99 
 
 
547 aa  653    Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5431  CTP synthetase  54.61 
 
 
535 aa  635    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.6711200000000003e-24 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2485  CTP synthetase  71.91 
 
 
569 aa  818    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.996454  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2988  CTP synthetase  69.06 
 
 
579 aa  788    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.705391  normal  0.156372 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3283  CTP synthetase  69.84 
 
 
583 aa  790    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1347  CTP synthase  72.19 
 
 
560 aa  816    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.543908  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22080  CTP synthase  74.72 
 
 
554 aa  830    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.202828  normal  0.968992 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2304  CTP synthetase  57.84 
 
 
533 aa  651    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0258787  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0382  CTP synthase  66.24 
 
 
560 aa  758    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0141  CTP synthetase  55.76 
 
 
533 aa  636    Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.226323  normal  0.0230809 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0546  CTP synthetase  57.99 
 
 
547 aa  653    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5491  CTP synthetase  54.43 
 
 
535 aa  633  1e-180  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000497505  unclonable  2.37661e-25 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5022  CTP synthetase  54.43 
 
 
535 aa  634  1e-180  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2963  CTP synthetase  58.77 
 
 
555 aa  632  1e-180  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000435948  hitchhiker  0.0000264859 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1954  CTP synthetase  57.84 
 
 
546 aa  632  1e-180  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5461  CTP synthetase  54.43 
 
 
535 aa  634  1e-180  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000119534  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3115  CTP synthetase  58.77 
 
 
557 aa  631  1e-179  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.00000124409  hitchhiker  0.00148298 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0433  CTP synthetase  56.25 
 
 
550 aa  628  1e-179  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0589327 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2598  CTP synthetase  57.94 
 
 
549 aa  629  1e-179  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0553655  normal  0.17839 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1387  CTP synthetase  56.96 
 
 
549 aa  628  1e-179  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21631  CTP synthetase  56.45 
 
 
555 aa  625  1e-178  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.397558 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1734  CTP synthetase  54.14 
 
 
535 aa  625  1e-178  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0461926  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2872  CTP synthetase  54.23 
 
 
571 aa  627  1e-178  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0537097 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18211  CTP synthetase  55.84 
 
 
555 aa  625  1e-178  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2075  CTP synthetase  55.11 
 
 
557 aa  625  1e-178  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.138589  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1743  CTP synthetase  58.5 
 
 
547 aa  628  1e-178  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0432346  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2887  CTP synthetase  55.47 
 
 
537 aa  622  1e-177  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.691762 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1291  CTP synthetase  56.26 
 
 
555 aa  623  1e-177  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0174  CTP synthetase  53.33 
 
 
542 aa  622  1e-177  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.472124  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0475  CTP synthetase  57.3 
 
 
549 aa  623  1e-177  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.984094 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0028  CTP synthetase  54.09 
 
 
534 aa  623  1e-177  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.23296  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29581  CTP synthetase  57.01 
 
 
558 aa  621  1e-177  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0193  CTP synthetase  54.63 
 
 
534 aa  619  1e-176  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0420117  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0107  CTP synthetase  53.99 
 
 
534 aa  615  1e-175  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0171408  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>