57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1838 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1838  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  100 
 
 		 262 aa  523  1e-148  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.999311  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01930  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  67.24 
 
 		 241 aa  293  2e-78  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.472382 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2006  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  52.16 
 
 		 240 aa  253  2.0000000000000002e-66  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.103811 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1673  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  46.12 
 
 		 233 aa  172  5e-42  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0763  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  41.77 
 
 		 262 aa  168  7e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2720  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  43.32 
 
 		 267 aa  166  4e-40  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1375  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  39.37 
 
 		 294 aa  153  2e-36  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1353  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  37.7 
 
 		 243 aa  148  1.0000000000000001e-34  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0840  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  41.67 
 
 		 235 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.351261 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1420  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  39.24 
 
 		 243 aa  146  3e-34  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.437364 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1882  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  40.08 
 
 		 243 aa  145  6e-34  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.737915  normal  0.562517 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1435  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  39.13 
 
 		 241 aa  144  1e-33  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.654028  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1302  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  40.59 
 
 		 250 aa  143  2e-33  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0854069 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0101  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  34.89 
 
 		 243 aa  129  6e-29  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.937724  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0498  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  34.89 
 
 		 245 aa  125  9e-28  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1007  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  41.2 
 
 		 237 aa  124  1e-27  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2976  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  34.01 
 
 		 246 aa  116  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.971287  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2980  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  29.24 
 
 		 245 aa  92.4  7e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1123  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  34.65 
 
 		 186 aa  76.3  0.0000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1082  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  29.7 
 
 		 186 aa  70.1  0.00000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1179  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  30.95 
 
 		 189 aa  55.5  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00819244  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3313  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  32.53 
 
 		 195 aa  52.4  0.000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0716599  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0910  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  32.33 
 
 		 197 aa  50.4  0.00003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1099  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  38.96 
 
 		 185 aa  49.3  0.00006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000408688  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4088  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  36.13 
 
 		 214 aa  49.3  0.00006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0857  5,10-methenyltetrahydrofolate synthetase  27.59 
 
 		 198 aa  48.1  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000142389  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0860  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  27.59 
 
 		 198 aa  48.1  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00252487  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3824  5,10-methenyltetrahydrofolate synthetase  27.59 
 
 		 198 aa  47.4  0.0002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000174678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1896  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  36.05 
 
 		 201 aa  47.4  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.665904  normal  0.149663 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4377  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  30.38 
 
 		 197 aa  46.6  0.0004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.710446  normal  0.650107 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4291  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  30.38 
 
 		 197 aa  46.6  0.0004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0372  hypothetical protein  36.47 
 
 		 214 aa  45.4  0.0008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0967  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  30.59 
 
 		 191 aa  45.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00139952  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0477  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase-like  30 
 
 		 238 aa  45.1  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000127258  hitchhiker  0.0000923392 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3294  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  31.18 
 
 		 191 aa  45.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4669  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  35.29 
 
 		 197 aa  45.1  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.226399  normal  0.606728 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23890  5,10-methenyltetrahydrofolate synthetase  31.25 
 
 		 198 aa  45.1  0.001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3269  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  32.95 
 
 		 186 aa  44.7  0.002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1682  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  26.81 
 
 		 182 aa  44.7  0.002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2140  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  31.49 
 
 		 202 aa  44.3  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.818693 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1062  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  38.36 
 
 		 201 aa  44.7  0.002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.849255  normal  0.0474843 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3331  putative ligase  28.32 
 
 		 198 aa  43.5  0.003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000278914  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1246  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  34.57 
 
 		 212 aa  43.9  0.003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.188109  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1136  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase family protein  37.97 
 
 		 187 aa  43.5  0.003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.42595  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30570  5,10-methenyltetrahydrofolate synthetase  32.14 
 
 		 211 aa  43.5  0.003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.657455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0627  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  30.65 
 
 		 188 aa  43.5  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03206  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  34.15 
 
 		 229 aa  43.1  0.004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.20586  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3690  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  33.33 
 
 		 208 aa  43.1  0.005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0480146  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32680  5,10-methenyltetrahydrofolate synthetase  32.94 
 
 		 223 aa  42.7  0.006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.607571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3499  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  30.86 
 
 		 197 aa  42.7  0.006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000370866  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3239  putative ligase  29.14 
 
 		 182 aa  42.4  0.008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000176162  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0904  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  36.11 
 
 		 208 aa  42.4  0.009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.215572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2443  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  34.21 
 
 		 199 aa  42  0.009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4205  putative ligase  29.14 
 
 		 200 aa  42  0.01  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000113142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4834  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  33.33 
 
 		 202 aa  42  0.01  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0781  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  29.14 
 
 		 200 aa  42  0.01  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000326158  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0798  putative ligase  29.14 
 
 		 200 aa  42  0.01  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000314962  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>