More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcHS_A4104 on replicon NC_009800
Organism: Escherichia coli HS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010468  EcolC_4139  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  100 
 
 
292 aa  589  1e-167  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.510708  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4104  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  100 
 
 
292 aa  589  1e-167  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4104  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  72.6 
 
 
298 aa  435  1e-121  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4267  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  72.26 
 
 
298 aa  435  1e-121  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5329  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase family protein  72.26 
 
 
298 aa  435  1e-121  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.478364 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4405  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  72.26 
 
 
298 aa  434  1e-121  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03767  predicted oxidoreductase with NAD(P)-binding Rossmann-fold domain  72.26 
 
 
298 aa  431  1e-120  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4411  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase family protein  71.58 
 
 
298 aa  431  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03716  hypothetical protein  72.26 
 
 
298 aa  431  1e-120  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4300  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase family  71.58 
 
 
298 aa  431  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4255  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase family  71.58 
 
 
298 aa  431  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4346  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase family  71.58 
 
 
298 aa  431  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.62907  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4233  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase family  71.23 
 
 
298 aa  428  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2161  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  37.5 
 
 
299 aa  202  7e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00387864 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1682  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  37.29 
 
 
300 aa  181  9.000000000000001e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1500  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  38.26 
 
 
300 aa  176  3e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2851  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  38.26 
 
 
300 aa  176  3e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000128399 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1494  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  38.26 
 
 
300 aa  176  3e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1530  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  38.26 
 
 
300 aa  176  3e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1923  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  38.28 
 
 
296 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000000238794  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1402  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  37.76 
 
 
300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1380  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  37.37 
 
 
301 aa  169  5e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0240977 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4901  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  39.04 
 
 
300 aa  169  7e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0315002  normal  0.105454 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3424  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  38.1 
 
 
296 aa  169  7e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0751599  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4382  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  39.04 
 
 
300 aa  169  7e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.128 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0717  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  38.36 
 
 
299 aa  167  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.396436  normal  0.333993 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4089  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  39.38 
 
 
297 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.772372  normal  0.24894 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3976  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  39.38 
 
 
297 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3659  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  38.36 
 
 
299 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.881887 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4960  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  38.01 
 
 
299 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.247948 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5326  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  38.01 
 
 
299 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.012022  normal  0.0232804 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3407  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  38.01 
 
 
299 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.373946  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1343  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  38.59 
 
 
299 aa  165  9e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.383496  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1800  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  37.46 
 
 
298 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3441  tartronate semialdehyde reductase  37.86 
 
 
296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4259  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  37.16 
 
 
297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.597  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3438  tartronate semialdehyde reductase  37.86 
 
 
296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001550  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  36.54 
 
 
301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3607  tartronate semialdehyde reductase  37.86 
 
 
296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.680577  normal  0.959534 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3546  tartronate semialdehyde reductase  37.86 
 
 
296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.370176  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3510  tartronate semialdehyde reductase  37.86 
 
 
296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.900889  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02990  tartronate semialdehyde reductase  38.21 
 
 
296 aa  163  3e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0580  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  38.21 
 
 
296 aa  163  3e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2129  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  37.76 
 
 
295 aa  163  3e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0853416  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0261  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  35.29 
 
 
305 aa  163  3e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0646517 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0575  tartronate semialdehyde reductase  38.21 
 
 
296 aa  163  3e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02941  hypothetical protein  38.21 
 
 
296 aa  163  3e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4437  tartronate semialdehyde reductase  38.21 
 
 
294 aa  163  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.211957 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3314  tartronate semialdehyde reductase  38.21 
 
 
294 aa  163  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3420  tartronate semialdehyde reductase  38.21 
 
 
294 aa  163  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3603  tartronate semialdehyde reductase  38.21 
 
 
294 aa  163  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3233  tartronate semialdehyde reductase  38.21 
 
 
294 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0845  tartronate semialdehyde reductase  39.64 
 
 
294 aa  162  6e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3575  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  36.64 
 
 
297 aa  162  6e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05487  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  37.21 
 
 
301 aa  162  7e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3990  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  35.64 
 
 
303 aa  162  8.000000000000001e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1173  tartronate semialdehyde reductase  36.21 
 
 
296 aa  161  9e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2766  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  38.44 
 
 
300 aa  161  9e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0829  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  37.11 
 
 
298 aa  161  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.601203  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2181  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  37.11 
 
 
298 aa  161  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0921  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  37.11 
 
 
298 aa  161  1e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2852  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  37.16 
 
 
297 aa  161  1e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0134215  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2592  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  38.78 
 
 
300 aa  161  1e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00101214 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2659  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  38.78 
 
 
300 aa  161  1e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0234954  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3126  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  36.33 
 
 
300 aa  160  2e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0554322 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5129  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  35.49 
 
 
297 aa  160  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.468786 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0811  tartronate semialdehyde reductase  39.64 
 
 
294 aa  159  4e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0555  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  37.37 
 
 
299 aa  159  4e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2034  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  38.78 
 
 
296 aa  159  5e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.026377  normal  0.170516 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1714  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  37.16 
 
 
309 aa  159  5e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.280932  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0223  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  36.91 
 
 
296 aa  159  7e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.681241  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3393  tartronate semialdehyde reductase  40.71 
 
 
294 aa  159  7e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10700  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  38.72 
 
 
297 aa  157  2e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.694075  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0245  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  36.9 
 
 
298 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2778  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  34.44 
 
 
309 aa  157  2e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.104386  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3343  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  33.91 
 
 
303 aa  156  5.0000000000000005e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0696  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  35.93 
 
 
295 aa  155  7e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0647  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  40.41 
 
 
296 aa  155  7e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.020642  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2389  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein  36.08 
 
 
289 aa  154  1e-36  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0690  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  35.14 
 
 
295 aa  154  1e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2900  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  37.37 
 
 
296 aa  154  2e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.287224  hitchhiker  0.0000517661 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3553  tartronate semialdehyde reductase  41.07 
 
 
294 aa  154  2e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5647  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  37.67 
 
 
304 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.373454  normal  0.924081 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1575  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  37.91 
 
 
298 aa  153  4e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.880265  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1087  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  37.33 
 
 
301 aa  152  4e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.27752  decreased coverage  0.00698053 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2516  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  37.89 
 
 
292 aa  153  4e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1672  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  33.89 
 
 
299 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.715505  hitchhiker  0.000314937 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5817  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  35.91 
 
 
293 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0885665 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2614  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  37.5 
 
 
300 aa  152  5.9999999999999996e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0783  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  34.45 
 
 
296 aa  152  7e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1870  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  35.67 
 
 
296 aa  152  7e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0768  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  35.35 
 
 
295 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.600561 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3864  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  35.71 
 
 
297 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0721878  normal  0.335239 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3624  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  35.71 
 
 
297 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0722  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  36.81 
 
 
296 aa  151  1e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0615  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  35.93 
 
 
295 aa  150  2e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.789024  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0699  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  35 
 
 
286 aa  150  2e-35  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000621245 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18140  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  37.91 
 
 
298 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000370  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  35.57 
 
 
298 aa  150  3e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.81552  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1101  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  35.25 
 
 
290 aa  149  4e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>