253 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0298 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_0298  siroheme synthase  100 
 
 		 228 aa  447  1e-125  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.27017 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1616  siroheme synthase  67.11 
 
 		 225 aa  287  1e-76  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2023  precorrin-2 dehydrogenase  59.21 
 
 		 225 aa  262  4e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.089983  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0961  siroheme synthase  51.11 
 
 		 234 aa  196  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1463  siroheme synthase  47.09 
 
 		 226 aa  191  9e-48  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.438897  normal  0.104649 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1748  siroheme synthase  46.64 
 
 		 229 aa  188  5e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1588  siroheme synthase  38.27 
 
 		 257 aa  130  2.0000000000000002e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1349  siroheme synthase  39.09 
 
 		 213 aa  121  9e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1261  siroheme synthase  39.17 
 
 		 209 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3282  siroheme synthase  34.91 
 
 		 224 aa  118  6e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3311  hypothetical protein  37.9 
 
 		 226 aa  117  1.9999999999999998e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.17565  normal  0.718248 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1249  siroheme synthase  35.64 
 
 		 213 aa  115  5e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1251  precorrin-2 dehydrogenase  36.02 
 
 		 214 aa  114  1.0000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.264543 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0683  precorrin-2 dehydrogenase / sirohydrochlorin ferrochelatase  34.15 
 
 		 225 aa  113  2.0000000000000002e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000339701  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1283  siroheme synthase  38.68 
 
 		 280 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3236  siroheme synthase  31.82 
 
 		 220 aa  113  3e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0304551  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0405  siroheme synthase  39.46 
 
 		 224 aa  111  9e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00161187  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0321  glutamate-1-semialdehyde-2,1-aminomutase  34.72 
 
 		 626 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00115564  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3581  precorrin-2 dehydrogenase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  35.65 
 
 		 464 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.249196  normal  0.492888 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1123  siroheme synthase  30.05 
 
 		 230 aa  110  1.0000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.967334 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1980  precorrin-2 dehydrogenase  43.29 
 
 		 194 aa  109  3e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00160437  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3344  siroheme synthase  34.26 
 
 		 464 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00903193  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5870  siroheme synthase  35.19 
 
 		 218 aa  108  6e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.115348  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2173  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  35.62 
 
 		 489 aa  108  7.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3617  precorrin-2 dehydrogenase  38.15 
 
 		 212 aa  107  1e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0370108 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3174  uroporphyrin-III C-methyltransferase, C-terminal:siroheme synthase, N-terminal  33.04 
 
 		 464 aa  106  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.108275  normal  0.319321 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2597  siroheme synthase  37.04 
 
 		 465 aa  106  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30340  siroheme synthase  37.04 
 
 		 465 aa  106  4e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0362  siroheme synthase  35.85 
 
 		 249 aa  105  6e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000323001  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1933  uroporphyrin-III C-methyltransferase  31.94 
 
 		 495 aa  104  9e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3356  siroheme synthase  35.88 
 
 		 212 aa  103  2e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0422337  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0652  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  33.64 
 
 		 493 aa  102  7e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28170  Uroporphyrin-III C-methyltransferase  34.43 
 
 		 464 aa  100  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0405  siroheme synthase  40.57 
 
 		 224 aa  101  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2165  siroheme synthase  31.49 
 
 		 190 aa  100  1e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.576163  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0400  siroheme synthase  31.19 
 
 		 212 aa  99.8  3e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1343  uroporphyrin-III C-methyltransferase  32.89 
 
 		 484 aa  98.6  7e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1745  siroheme synthase  30.73 
 
 		 198 aa  98.6  8e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0671  uroporphyrin-III C-methyltransferase  36.53 
 
 		 482 aa  97.1  2e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.523068  normal  0.0127709 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3066  siroheme synthase  34.91 
 
 		 221 aa  95.9  5e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000329039  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2374  precorrin-2 dehydrogenase  33.33 
 
 		 200 aa  95.9  5e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.632481 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2072  siroheme synthase  37.68 
 
 		 235 aa  94.7  9e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.628826  hitchhiker  0.0000044464 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2383  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  34.67 
 
 		 462 aa  94.7  9e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.806488  hitchhiker  0.00704026 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1407  siroheme synthase  38.41 
 
 		 307 aa  94.4  1e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.117036  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3231  precorrin-2 dehydrogenase  37.31 
 
 		 224 aa  94  2e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000236198  normal  0.247587 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3796  siroheme synthase  34.22 
 
 		 457 aa  94  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.01671 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1351  precorrin-2 dehydrogenase  31.5 
 
 		 205 aa  92.4  5e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00349577  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1337  precorrin-2 dehydrogenase  31 
 
 		 205 aa  92  6e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1310  precorrin-2 dehydrogenase  31 
 
 		 205 aa  92  6e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1311  precorrin-2 dehydrogenase  31 
 
 		 205 aa  92  6e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.044561  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1447  precorrin-2 dehydrogenase  31 
 
 		 205 aa  92  6e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.17371  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1519  precorrin-2 dehydrogenase  31 
 
 		 205 aa  92  6e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.71349e-22 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1483  precorrin-2 dehydrogenase  28.77 
 
 		 204 aa  91.7  9e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.060186  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3379  siroheme synthase  36.59 
 
 		 197 aa  91.7  9e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000292655  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2089  ferrochelatase  38.86 
 
 		 474 aa  90.9  1e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0691041  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0572  precorrin-3B C17-methyltransferase  40.65 
 
 		 800 aa  91.3  1e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1111  uroporphyrin-III C-methyltransferase  33.02 
 
 		 482 aa  90.1  2e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3861  precorrin-2 dehydrogenase  28.3 
 
 		 204 aa  89.7  3e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.458104  hitchhiker  0.00000126508 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3871  siroheme synthase  33.02 
 
 		 459 aa  89.4  4e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.560083  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3090  siroheme synthase  34.69 
 
 		 498 aa  89  6e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.000482671  normal  0.0254521 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1551  precorrin-2 dehydrogenase  30 
 
 		 205 aa  88.6  7e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.710428  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11590  siroheme synthase, N-terminal domain protein  34.12 
 
 		 246 aa  88.2  9e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03219  fused siroheme synthase 1,3-dimethyluroporphyriongen III dehydrogenase and siroheme ferrochelatase/uroporphyrinogen methyltransferase  32.29 
 
 		 457 aa  87.4  1e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0344  uroporphyrin-III C-methyltransferase  32.29 
 
 		 457 aa  87.4  1e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0344  siroheme synthase  32.29 
 
 		 457 aa  87.4  1e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.898093 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03171  hypothetical protein  32.29 
 
 		 457 aa  87.4  1e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3650  siroheme synthase  32.29 
 
 		 457 aa  87.4  1e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000355794 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3564  siroheme synthase  32.29 
 
 		 457 aa  87.4  1e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1669  siroheme synthase  30.52 
 
 		 247 aa  87.8  1e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0465114  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4679  siroheme synthase  32.29 
 
 		 457 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.839222 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3403  uroporphyrin-III C-methyltransferase  35.68 
 
 		 464 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.242571 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2188  precorrin-2 dehydrogenase  29.08 
 
 		 203 aa  87.4  2e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3656  uroporphyrin-III C-methyltransferase  35.15 
 
 		 470 aa  87.4  2e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3846  siroheme synthase  32.11 
 
 		 457 aa  87  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.130759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3749  siroheme synthase  32.11 
 
 		 457 aa  87  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.848215 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3675  siroheme synthase  32.11 
 
 		 459 aa  87  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1698  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  29.96 
 
 		 458 aa  87.4  2e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0715064 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3784  siroheme synthase  32.57 
 
 		 457 aa  86.7  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2635  precorrin-2 dehydrogenase  32.54 
 
 		 197 aa  87.4  2e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.917436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2755  siroheme synthase  26.98 
 
 		 314 aa  87  2e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.600217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1834  uroporphyrin-III C-methyltransferase  35.21 
 
 		 463 aa  87  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000289405 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3604  uroporphyrin-III C-methyltransferase  34.74 
 
 		 463 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.556509 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1589  precorrin-2 dehydrogenase  30 
 
 		 205 aa  86.3  3e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000991009  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1476  siroheme synthase  33.11 
 
 		 303 aa  85.9  5e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.154904  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3999  uroporphyrin-III C-methyltransferase  34.74 
 
 		 463 aa  85.9  5e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.426226  hitchhiker  0.00756787 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1679  precorrin-2 dehydrogenase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  33.5 
 
 		 481 aa  85.9  5e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3838  siroheme synthase  31.84 
 
 		 457 aa  85.1  7e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6615  siroheme synthase  34.9 
 
 		 193 aa  85.5  7e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.027684 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0232  siroheme synthase  29.91 
 
 		 473 aa  85.1  8e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3959  siroheme synthase  29.91 
 
 		 473 aa  85.1  8e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3744  siroheme synthase  31.39 
 
 		 457 aa  84.3  0.000000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4598  siroheme synthase  33.94 
 
 		 467 aa  84.3  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12390  siroheme synthase, N-terminal domain protein  30.95 
 
 		 255 aa  84.7  0.000000000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4048  siroheme synthase  34.32 
 
 		 459 aa  84.7  0.000000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1150  precorrin-2 dehydrogenase  28.28 
 
 		 205 aa  84.7  0.000000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.225032  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3675  siroheme synthase  34.12 
 
 		 457 aa  84.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0854  siroheme synthase  30.52 
 
 		 221 aa  83.6  0.000000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.819849  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0580  siroheme synthase  32.47 
 
 		 226 aa  83.6  0.000000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0861  uroporphyrin-III C-methyltransferase  36.53 
 
 		 472 aa  84  0.000000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.402872  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1453  siroheme synthase  36.67 
 
 		 303 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00644756  hitchhiker  0.00961472 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>