More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_413 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002936  DET0470  30S ribosomal protein S12  100 
 
 		 144 aa  293  6e-79  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000814349  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_413  ribosomal protein S12  100 
 
 		 144 aa  293  6e-79  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000235971  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0447  30S ribosomal protein S12  99.31 
 
 		 144 aa  292  1e-78  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.000000000945225  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4031  30S ribosomal protein S12  78.47 
 
 		 144 aa  229  9e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000129313  hitchhiker  0.0000334928 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1190  30S ribosomal protein S12  78.47 
 
 		 144 aa  229  9e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0609738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3275  30S ribosomal protein S12  75.17 
 
 		 146 aa  223  7e-58  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000000846161  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3030  30S ribosomal protein S12  77.78 
 
 		 151 aa  217  5e-56  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000363453  hitchhiker  0.0000189693 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0235  30S ribosomal protein S12  74.82 
 
 		 140 aa  209  1e-53  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000000397858  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0807  30S ribosomal protein S12  72.6 
 
 		 145 aa  206  1e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000025178  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0417  30S ribosomal protein S12  70.8 
 
 		 140 aa  203  7e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000726978  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0106  30S ribosomal protein S12  74.1 
 
 		 140 aa  203  7e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000499342  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0710  ribosomal protein S12  73.05 
 
 		 141 aa  202  9e-52  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0457  ribosomal protein S12  74.07 
 
 		 135 aa  202  1e-51  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.0000000000930962  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0099  30S ribosomal protein S12  73.38 
 
 		 140 aa  201  2e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000814574  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0315  30S ribosomal protein S12  72.73 
 
 		 142 aa  202  2e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000000451595  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0287  30S ribosomal protein S12  73.53 
 
 		 135 aa  200  6e-51  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  8.37447e-16  hitchhiker  0.00000000000000939126 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0105  30S ribosomal protein S12  72.66 
 
 		 140 aa  199  8e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000000168481  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0105  30S ribosomal protein S12  72.66 
 
 		 140 aa  199  8e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000228293  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0101  30S ribosomal protein S12  72.66 
 
 		 140 aa  199  8e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  3.6494e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0099  30S ribosomal protein S12  72.66 
 
 		 140 aa  199  8e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000147316  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0105  30S ribosomal protein S12  72.66 
 
 		 140 aa  199  8e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000155228  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0117  30S ribosomal protein S12  72.66 
 
 		 140 aa  199  8e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0136  30S ribosomal protein S12  72.66 
 
 		 140 aa  199  8e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000243353  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2727  30S ribosomal protein S12  76.92 
 
 		 142 aa  197  3e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000000304201  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2716  ribosomal protein S12  72.26 
 
 		 137 aa  197  3e-50  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0495747  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0126  30S ribosomal protein S12  71.33 
 
 		 140 aa  197  3.9999999999999996e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000151619  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0100  30S ribosomal protein S12  71.33 
 
 		 140 aa  197  3.9999999999999996e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000459587  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5200  30S ribosomal protein S12  71.33 
 
 		 140 aa  197  3.9999999999999996e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000425498  unclonable  1.01821e-25 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2597  30S ribosomal protein S12  73.19 
 
 		 137 aa  197  3.9999999999999996e-50  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000786434  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2069  30S ribosomal protein S12  68.31 
 
 		 128 aa  196  7.999999999999999e-50  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000594982  normal  0.793383 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1488  30S ribosomal protein S12  74.45 
 
 		 139 aa  195  2.0000000000000003e-49  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000142047  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl624  30S ribosomal protein S12  72.26 
 
 		 137 aa  194  3e-49  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0175  30S ribosomal protein S12  67.83 
 
 		 129 aa  194  4.0000000000000005e-49  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  unclonable  0.000000000018595  normal  0.463989 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0151  30S ribosomal protein S12  71.74 
 
 		 139 aa  193  5.000000000000001e-49  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1771  30S ribosomal protein S12  72.99 
 
 		 137 aa  193  7e-49  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000038493  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0102  30S ribosomal protein S12  74.24 
 
 		 140 aa  193  7e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2428  30S ribosomal protein S12  67.35 
 
 		 135 aa  193  8.000000000000001e-49  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0584234  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1764  30S ribosomal protein S12  72.99 
 
 		 137 aa  192  9e-49  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.0000016487  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2719  30S ribosomal protein S12  72.99 
 
 		 126 aa  192  1e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0011677  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2405  30S ribosomal protein S12  72.99 
 
 		 126 aa  192  1e-48  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000879391  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2263  30S ribosomal protein S12  69.34 
 
 		 123 aa  192  2e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.12469  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0260  30S ribosomal protein S12  68.31 
 
 		 135 aa  191  2e-48  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000200867  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0582  30S ribosomal protein S12  71.74 
 
 		 137 aa  191  2e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000131582  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0568  30S ribosomal protein S12  71.74 
 
 		 137 aa  191  2e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.0000132236  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2301  30S ribosomal protein S12  66.9 
 
 		 128 aa  191  3e-48  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.000000703033  decreased coverage  0.000703335 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0284  30S ribosomal protein S12  67.35 
 
 		 136 aa  190  4e-48  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000309063  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2234  30S ribosomal protein S12  68.89 
 
 		 135 aa  189  8e-48  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000995166  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0075  30S ribosomal protein S12  68.61 
 
 		 123 aa  189  9e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.392906 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1856  30S ribosomal protein S12  68.31 
 
 		 137 aa  189  1e-47  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0880493  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0186  30S ribosomal protein S12  70.8 
 
 		 137 aa  188  2e-47  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000101911  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3469  ribosomal protein S12  70.07 
 
 		 124 aa  189  2e-47  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.329977  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0322  30S ribosomal protein S12  70.07 
 
 		 123 aa  188  2e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0874299  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4339  30S ribosomal protein S12  67.11 
 
 		 137 aa  188  2e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.681919  normal  0.587181 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1143  ribosomal protein S12  66.67 
 
 		 135 aa  188  2e-47  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.584147  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0492  30S ribosomal protein S12  70.07 
 
 		 123 aa  188  2e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00450059  hitchhiker  0.000000284598 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0301  30S ribosomal protein S12  69.57 
 
 		 124 aa  188  2e-47  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000933242 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1047  30S ribosomal protein S12  68.84 
 
 		 124 aa  188  2.9999999999999997e-47  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000671738  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4009  ribosomal protein S12  69.34 
 
 		 123 aa  187  2.9999999999999997e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0866702  normal  0.990626 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03930  30S ribosomal protein S12  68.84 
 
 		 124 aa  188  2.9999999999999997e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4512  ribosomal protein S12  68.84 
 
 		 124 aa  187  4e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0189  30S ribosomal protein S12  69.12 
 
 		 122 aa  187  4e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000258978  decreased coverage  0.00196301 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3806  ribosomal protein S12  69.85 
 
 		 123 aa  187  4e-47  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.800192  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1316  30S ribosomal protein S12  70.8 
 
 		 137 aa  187  4e-47  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.000000011083  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3925  30S ribosomal protein S12  69.57 
 
 		 124 aa  187  4e-47  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0862  30S ribosomal protein S12  71.53 
 
 		 133 aa  187  5e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000541183  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5078  30S ribosomal protein S12  68.84 
 
 		 124 aa  187  5.999999999999999e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.621439  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1279  30S ribosomal protein S12  68.84 
 
 		 124 aa  187  5.999999999999999e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.236845  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0984  30S ribosomal protein S12  68.12 
 
 		 124 aa  186  7e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1002  30S ribosomal protein S12  68.12 
 
 		 124 aa  186  7e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.612737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1012  30S ribosomal protein S12  68.12 
 
 		 124 aa  186  7e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.411543 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4000  ribosomal protein S12  69.34 
 
 		 124 aa  186  8e-47  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.00000000197086  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29810  SSU ribosomal protein S12P  68.12 
 
 		 124 aa  186  9e-47  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.378005 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4320  30S ribosomal protein S12  67.39 
 
 		 124 aa  186  9e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00391297 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3928  30S ribosomal protein S12  67.39 
 
 		 124 aa  186  9e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.418026  normal  0.366347 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2651  30S ribosomal protein S12  68.61 
 
 		 123 aa  186  1e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.31223  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0795  30S ribosomal protein S12  68.84 
 
 		 124 aa  185  1e-46  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.182051  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3148  ribosomal protein S12  68.61 
 
 		 124 aa  186  1e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.914306  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1115  ribosomal protein S12  67.39 
 
 		 124 aa  185  1e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2664  ribosomal protein S12  69.12 
 
 		 122 aa  186  1e-46  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0582  ribosomal protein S12  68.84 
 
 		 124 aa  186  1e-46  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.114557  normal  0.106054 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2338  30S ribosomal protein S12  70.07 
 
 		 125 aa  186  1e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.00000000575958  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3809  30S ribosomal protein S12  66.19 
 
 		 126 aa  185  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2637  30S ribosomal protein S12  66.19 
 
 		 126 aa  185  2e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.419489  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6619  30S ribosomal protein S12  68.12 
 
 		 124 aa  185  2e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3782  30S ribosomal protein S12  66.19 
 
 		 126 aa  185  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00172098  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0271  30S ribosomal protein S12  66.19 
 
 		 126 aa  185  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.635943 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3442  30S ribosomal protein S12  66.19 
 
 		 126 aa  185  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000394059  normal  0.236546 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2465  30S ribosomal protein S12  68.61 
 
 		 124 aa  185  2e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0122546 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3073  30S ribosomal protein S12  66.19 
 
 		 126 aa  185  2e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0733593  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3751  30S ribosomal protein S12  66.19 
 
 		 126 aa  185  2e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0182749  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1919  30S ribosomal protein S12  66.19 
 
 		 126 aa  185  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000102606  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3174  30S ribosomal protein S12  66.19 
 
 		 126 aa  185  2e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00103484  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2764  30S ribosomal protein S12  66.19 
 
 		 126 aa  185  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0416814  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0244  30S ribosomal protein S12  66.19 
 
 		 126 aa  185  2e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.240123  normal  0.127892 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3473  30S ribosomal protein S12  66.19 
 
 		 126 aa  185  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0860232  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0262  30S ribosomal protein S12  66.19 
 
 		 126 aa  185  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.822385  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0343  30S ribosomal protein S12  66.19 
 
 		 126 aa  185  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0322  30S ribosomal protein S12  66.19 
 
 		 126 aa  185  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.46074  normal  0.0169836 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0622  ribosomal protein S12  68.12 
 
 		 124 aa  184  3e-46  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1221  30S ribosomal protein S12  67.39 
 
 		 124 aa  184  3e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00000786754  hitchhiker  0.00402882 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>