More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_1190 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_1190  30S ribosomal protein S12  100 
 
 
144 aa  287  4e-77  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0609738  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4031  30S ribosomal protein S12  100 
 
 
144 aa  287  4e-77  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000129313  hitchhiker  0.0000334928 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3275  30S ribosomal protein S12  85.42 
 
 
146 aa  246  1e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000000846161  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3030  30S ribosomal protein S12  87.77 
 
 
151 aa  243  4.9999999999999997e-64  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000363453  hitchhiker  0.0000189693 
 
 
-
 
NC_002936  DET0470  30S ribosomal protein S12  79.39 
 
 
144 aa  214  2.9999999999999998e-55  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000814349  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_413  ribosomal protein S12  79.39 
 
 
144 aa  214  2.9999999999999998e-55  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000235971  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0447  30S ribosomal protein S12  79.39 
 
 
144 aa  214  4e-55  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.000000000945225  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0710  ribosomal protein S12  77.7 
 
 
141 aa  205  1e-52  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0235  30S ribosomal protein S12  74.81 
 
 
140 aa  199  8e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000000397858  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl624  30S ribosomal protein S12  75.56 
 
 
137 aa  199  9.999999999999999e-51  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0457  ribosomal protein S12  75 
 
 
135 aa  199  9.999999999999999e-51  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.0000000000930962  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0151  30S ribosomal protein S12  75.56 
 
 
139 aa  199  1.9999999999999998e-50  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2716  ribosomal protein S12  77.04 
 
 
137 aa  197  3.9999999999999996e-50  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0495747  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0807  30S ribosomal protein S12  71.23 
 
 
145 aa  195  2.0000000000000003e-49  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000025178  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0106  30S ribosomal protein S12  74.81 
 
 
140 aa  194  3e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000499342  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0099  30S ribosomal protein S12  74.64 
 
 
140 aa  192  1e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000814574  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0186  30S ribosomal protein S12  74.07 
 
 
137 aa  192  2e-48  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000101911  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0102  30S ribosomal protein S12  75.76 
 
 
140 aa  192  2e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4009  ribosomal protein S12  74.07 
 
 
123 aa  191  2e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0866702  normal  0.990626 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2160  30S ribosomal protein S12  72.79 
 
 
122 aa  191  2e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.174142  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0315  30S ribosomal protein S12  71.33 
 
 
142 aa  191  4e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000000451595  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0417  30S ribosomal protein S12  68.89 
 
 
140 aa  191  4e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000726978  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0105  30S ribosomal protein S12  73.91 
 
 
140 aa  190  5e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000000168481  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0105  30S ribosomal protein S12  73.91 
 
 
140 aa  190  5e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000228293  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0101  30S ribosomal protein S12  73.91 
 
 
140 aa  190  5e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  3.6494e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0099  30S ribosomal protein S12  73.91 
 
 
140 aa  190  5e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000147316  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0117  30S ribosomal protein S12  73.91 
 
 
140 aa  190  5e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0105  30S ribosomal protein S12  73.91 
 
 
140 aa  190  5e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000155228  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0136  30S ribosomal protein S12  73.91 
 
 
140 aa  190  5e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000243353  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2597  30S ribosomal protein S12  73.19 
 
 
137 aa  190  5e-48  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000786434  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0568  30S ribosomal protein S12  73.33 
 
 
137 aa  190  6e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.0000132236  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0582  30S ribosomal protein S12  73.33 
 
 
137 aa  190  6e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000131582  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf315  30S ribosomal protein S12  74.07 
 
 
138 aa  190  6e-48  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  0.113273  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0795  30S ribosomal protein S12  71.74 
 
 
124 aa  189  8e-48  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.182051  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0704  30S ribosomal protein S12  72.59 
 
 
123 aa  189  8e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000738801  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5200  30S ribosomal protein S12  72.73 
 
 
140 aa  189  9e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000425498  unclonable  1.01821e-25 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0100  30S ribosomal protein S12  72.73 
 
 
140 aa  189  9e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000459587  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0126  30S ribosomal protein S12  72.73 
 
 
140 aa  189  9e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000151619  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0322  30S ribosomal protein S12  71.85 
 
 
123 aa  189  1e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0874299  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0492  30S ribosomal protein S12  71.85 
 
 
123 aa  189  1e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00450059  hitchhiker  0.000000284598 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1771  30S ribosomal protein S12  73.33 
 
 
137 aa  188  2e-47  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000038493  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0389  30S ribosomal protein S12  70.29 
 
 
124 aa  188  2e-47  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2465  30S ribosomal protein S12  71.85 
 
 
124 aa  188  2e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0122546 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1950  30S ribosomal protein S12  72.26 
 
 
123 aa  188  2e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.913755  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2719  30S ribosomal protein S12  74.07 
 
 
126 aa  188  2e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0011677  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2405  30S ribosomal protein S12  74.07 
 
 
126 aa  188  2e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000879391  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1764  30S ribosomal protein S12  74.07 
 
 
137 aa  188  2e-47  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.0000016487  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2014  30S ribosomal protein S12  72.26 
 
 
123 aa  188  2e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2174  ribosomal protein S12  71.85 
 
 
125 aa  188  2e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.123269  normal  0.537249 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1929  30S ribosomal protein S12  72.26 
 
 
123 aa  188  2e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2912  ribosomal protein S12  71.85 
 
 
137 aa  187  2.9999999999999997e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00000187241  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2263  30S ribosomal protein S12  69.63 
 
 
123 aa  188  2.9999999999999997e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.12469  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0075  30S ribosomal protein S12  70.37 
 
 
123 aa  188  2.9999999999999997e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.392906 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1551  30S ribosomal protein S12  71.85 
 
 
123 aa  187  2.9999999999999997e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00133332  normal  0.90394 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1539  30S ribosomal protein S12  70.37 
 
 
125 aa  187  4e-47  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0045  30S ribosomal protein S12  69.12 
 
 
126 aa  187  4e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000913228  hitchhiker  7.76086e-21 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1564  30S ribosomal protein S12  70.37 
 
 
125 aa  187  4e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0581883  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1907  30S ribosomal protein S12  72.26 
 
 
123 aa  187  5e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0208943 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2338  30S ribosomal protein S12  72.59 
 
 
125 aa  186  5.999999999999999e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.00000000575958  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2693  30S ribosomal protein S12  68.89 
 
 
123 aa  186  7e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315059  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2624  30S ribosomal protein S12  71.11 
 
 
138 aa  186  7e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.0000552514  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1098  ribosomal protein S12  71.32 
 
 
123 aa  186  7e-47  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2727  30S ribosomal protein S12  72.73 
 
 
142 aa  186  8e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000000304201  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0048  30S ribosomal protein S12  69.12 
 
 
126 aa  186  8e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000042248  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1873  30S ribosomal protein S12  71.43 
 
 
136 aa  186  9e-47  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.474423  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1316  30S ribosomal protein S12  73.33 
 
 
137 aa  186  9e-47  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.000000011083  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0052  30S ribosomal protein S12  70.37 
 
 
123 aa  186  1e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0318  ribosomal protein S12  68.12 
 
 
125 aa  186  1e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000292606  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0287  30S ribosomal protein S12  71.32 
 
 
135 aa  185  1e-46  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  8.37447e-16  hitchhiker  0.00000000000000939126 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0260  30S ribosomal protein S12  64.79 
 
 
135 aa  185  2e-46  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000200867  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0948  30S ribosomal protein S12  70.37 
 
 
124 aa  184  3e-46  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000100992  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1529  ribosomal protein S12  70.37 
 
 
124 aa  184  4e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000223739  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0175  30S ribosomal protein S12  67.13 
 
 
129 aa  184  4e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  unclonable  0.000000000018595  normal  0.463989 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1047  30S ribosomal protein S12  67.39 
 
 
124 aa  184  5e-46  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000671738  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0296  30S ribosomal protein S12  66.44 
 
 
135 aa  183  5e-46  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2071  30S ribosomal protein S12  68.89 
 
 
123 aa  184  5e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.944717  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0614  30S ribosomal protein S12  70.37 
 
 
141 aa  183  6e-46  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  decreased coverage  0.000753493  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0271  30S ribosomal protein S12  67.39 
 
 
126 aa  182  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.635943 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3442  30S ribosomal protein S12  67.39 
 
 
126 aa  182  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000394059  normal  0.236546 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0210  30S ribosomal protein S12  69.63 
 
 
124 aa  182  1.0000000000000001e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000110555  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0322  30S ribosomal protein S12  67.39 
 
 
126 aa  182  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.46074  normal  0.0169836 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0887  30S ribosomal protein S12  65.94 
 
 
124 aa  182  1.0000000000000001e-45  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000822603 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0926  30S ribosomal protein S12  68.89 
 
 
123 aa  182  1.0000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000117239  hitchhiker  0.000768141 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1488  30S ribosomal protein S12  72.59 
 
 
139 aa  182  1.0000000000000001e-45  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000142047  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2731  30S ribosomal protein S12  67.41 
 
 
123 aa  182  1.0000000000000001e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.249536 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2764  30S ribosomal protein S12  67.39 
 
 
126 aa  182  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0416814  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0262  30S ribosomal protein S12  67.39 
 
 
126 aa  182  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.822385  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0244  30S ribosomal protein S12  67.39 
 
 
126 aa  182  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.240123  normal  0.127892 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0187  30S ribosomal protein S12  73.88 
 
 
137 aa  182  1.0000000000000001e-45  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00000318944  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0343  30S ribosomal protein S12  67.39 
 
 
126 aa  182  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0714  30S ribosomal protein S12  69.63 
 
 
124 aa  182  1.0000000000000001e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.0000249505  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0189  30S ribosomal protein S12  69.85 
 
 
122 aa  182  1.0000000000000001e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000258978  decreased coverage  0.00196301 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4281  30S ribosomal protein S12  68.89 
 
 
124 aa  182  2.0000000000000003e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000473434  unclonable  0.00000000000278938 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3649  30S ribosomal protein S12  67.39 
 
 
126 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111216  hitchhiker  0.000000000929733 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0389  30S ribosomal protein S12  69.63 
 
 
126 aa  182  2.0000000000000003e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0364  30S ribosomal protein S12  69.63 
 
 
126 aa  182  2.0000000000000003e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2329  30S ribosomal protein S12  68.89 
 
 
125 aa  181  2.0000000000000003e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000813391  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0301  30S ribosomal protein S12  68.89 
 
 
124 aa  181  2.0000000000000003e-45  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000933242 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1279  30S ribosomal protein S12  68.89 
 
 
124 aa  182  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.236845  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5078  30S ribosomal protein S12  68.89 
 
 
124 aa  182  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.621439  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>