More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_0726 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008025  Dgeo_0726  Holliday junction DNA helicase RuvA  100 
 
 
198 aa  380  1e-105  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1706  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.73 
 
 
193 aa  144  9e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.890082  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1797  Holliday junction DNA helicase RuvA  48.48 
 
 
193 aa  133  1.9999999999999998e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2305  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.8 
 
 
196 aa  129  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.765847 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2266  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.8 
 
 
196 aa  129  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2313  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.8 
 
 
196 aa  129  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1691  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.94 
 
 
198 aa  124  6e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1416  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.15 
 
 
220 aa  123  2e-27  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.685038 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4542  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.7 
 
 
201 aa  122  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51790  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.7 
 
 
201 aa  122  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000465402 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1248  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.76 
 
 
200 aa  122  4e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2671  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.37 
 
 
198 aa  121  6e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.103257  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2337  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.82 
 
 
197 aa  121  7e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.194735  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0904  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.5 
 
 
195 aa  119  1.9999999999999998e-26  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1369  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.34 
 
 
205 aa  119  3e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0441824 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1746  Holliday junction DNA helicase RuvA  39 
 
 
204 aa  118  4.9999999999999996e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.357273  normal  0.827108 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1076  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.97 
 
 
199 aa  118  6e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.131842  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0390  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.3 
 
 
200 aa  118  6e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.303654  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0442  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.56 
 
 
194 aa  117  9.999999999999999e-26  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1754  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.86 
 
 
200 aa  117  9.999999999999999e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000623811  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0420  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.86 
 
 
200 aa  117  9.999999999999999e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003923  holliday junction DNA helicase RuvA  38.16 
 
 
203 aa  116  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00197305  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1013  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.9 
 
 
197 aa  116  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4408  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.6 
 
 
202 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0615399  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1251  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.71 
 
 
199 aa  115  3e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1251  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.71 
 
 
199 aa  115  3e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1661  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.69 
 
 
199 aa  115  3.9999999999999997e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133352  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2301  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.7 
 
 
197 aa  115  3.9999999999999997e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_384  Holliday junction DNA helicase  40 
 
 
194 aa  115  3.9999999999999997e-25  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2945  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.07 
 
 
209 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.016551  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0414  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.05 
 
 
192 aa  115  3.9999999999999997e-25  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2574  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.09 
 
 
195 aa  115  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.334415  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0952  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.92 
 
 
197 aa  115  5e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01600  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.89 
 
 
223 aa  115  5e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1010  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.9 
 
 
197 aa  114  6.9999999999999995e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.806868  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3825  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.39 
 
 
195 aa  114  6.9999999999999995e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.790434  normal  0.237667 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2212  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.3 
 
 
204 aa  114  6.9999999999999995e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3315  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.46 
 
 
199 aa  114  8.999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3978  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.83 
 
 
202 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0282687  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0745  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.49 
 
 
199 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000883401  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2323  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.78 
 
 
201 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.658563  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4502  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.73 
 
 
198 aa  114  1.0000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2181  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.13 
 
 
205 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.613402  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1453  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.08 
 
 
187 aa  113  2.0000000000000002e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.112528  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1409  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.9 
 
 
202 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.103613  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1347  Holliday junction DNA helicase RuvA  31.55 
 
 
199 aa  112  3e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119387  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0931  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.08 
 
 
199 aa  112  3e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.97537e-17 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2386  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  41.76 
 
 
200 aa  112  3e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12613  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.3 
 
 
196 aa  112  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000939698  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1271  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.7 
 
 
202 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0682991  normal  0.630495 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1888  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.78 
 
 
206 aa  112  4.0000000000000004e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.949715  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1884  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.34 
 
 
203 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.425804  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2076  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.41 
 
 
205 aa  112  5e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.438835  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1840  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.07 
 
 
205 aa  112  5e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.175833 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0419  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.22 
 
 
194 aa  111  7.000000000000001e-24  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2430  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.96 
 
 
205 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0112  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.2 
 
 
201 aa  110  1.0000000000000001e-23  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0452  Holliday junction resolvasome DNA-binding subunit  37.36 
 
 
208 aa  110  1.0000000000000001e-23  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0798924  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1901  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.5 
 
 
205 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000334634  hitchhiker  0.000124168 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1333  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.57 
 
 
203 aa  110  1.0000000000000001e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000329731  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01215  Holliday junction DNA helicase motor protein  35.35 
 
 
193 aa  110  1.0000000000000001e-23  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15070  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  38.1 
 
 
199 aa  110  1.0000000000000001e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.180586  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01832  Holliday junction DNA helicase motor protein  36.27 
 
 
203 aa  109  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.263475  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3999  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.42 
 
 
205 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1414  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.61 
 
 
199 aa  109  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000662939  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01820  hypothetical protein  36.27 
 
 
203 aa  109  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.22815  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1771  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.27 
 
 
203 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0290161  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1954  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.27 
 
 
203 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.165373  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0181  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.59 
 
 
202 aa  109  2.0000000000000002e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.595877  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1847  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  36.95 
 
 
206 aa  109  2.0000000000000002e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0445343  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2077  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.96 
 
 
205 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000433363  hitchhiker  0.00159664 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1956  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.96 
 
 
205 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00381182  normal  0.897117 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1779  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.27 
 
 
203 aa  109  3e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00140889  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2116  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.88 
 
 
211 aa  109  3e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0957  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.27 
 
 
203 aa  109  3e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00202612  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0389  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.17 
 
 
200 aa  109  3e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000000174867  normal  0.0250824 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36700  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.2 
 
 
204 aa  109  3e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1325  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.27 
 
 
203 aa  109  3e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.24557  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2597  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.27 
 
 
203 aa  109  3e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.110942  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2091  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.27 
 
 
203 aa  109  3e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000143296  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1216  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.5 
 
 
205 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.210399  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3204  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.86 
 
 
202 aa  108  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.119098 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1245  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.5 
 
 
205 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.738267  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15330  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  41.52 
 
 
209 aa  108  4.0000000000000004e-23  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.436101  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4202  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.5 
 
 
205 aa  108  5e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173502  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1110  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.68 
 
 
203 aa  108  5e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000255601  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07040  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  40.1 
 
 
197 aa  108  6e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00385536  normal  0.295964 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0457  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.36 
 
 
204 aa  108  7.000000000000001e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0422  Holliday junction DNA helicase RuvA  37 
 
 
200 aa  108  7.000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.488567  normal  0.0220774 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4725  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.37 
 
 
202 aa  107  8.000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.453465 
 
 
-
 
NC_002950  PG0811  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.67 
 
 
202 aa  107  9.000000000000001e-23  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1797  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.49 
 
 
214 aa  107  9.000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113537 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1226  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.76 
 
 
190 aa  107  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1437  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.23 
 
 
204 aa  107  1e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000146819  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1652  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.33 
 
 
193 aa  107  1e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1432  Holliday junction resolvasome DNA-binding subunit  47.01 
 
 
199 aa  107  1e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000016322  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0321  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.18 
 
 
203 aa  107  1e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1344  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  37.64 
 
 
196 aa  107  1e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.151452  normal  0.533304 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0988  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.32 
 
 
202 aa  107  1e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.127341 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17520  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  39.67 
 
 
206 aa  106  2e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.176122 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>