65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1272 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_1272  putative RNA polymerase sigma factor SigI  100 
 
 		 245 aa  487  1e-137  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1739  putative RNA polymerase sigma factor SigI  44.05 
 
 		 252 aa  173  1.9999999999999998e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0268  putative RNA polymerase sigma factor SigI  42.04 
 
 		 265 aa  160  1e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0315  putative RNA polymerase sigma factor SigI  38.52 
 
 		 249 aa  155  8e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0403  putative RNA polymerase sigma factor SigI  41.67 
 
 		 274 aa  154  1e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0521455  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0058  putative RNA polymerase sigma factor SigI  40.97 
 
 		 256 aa  153  2.9999999999999998e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2975  putative RNA polymerase sigma factor SigI  35.1 
 
 		 254 aa  147  1.0000000000000001e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2120  putative RNA polymerase sigma factor SigI  38.39 
 
 		 253 aa  139  4.999999999999999e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2112  putative RNA polymerase sigma factor SigI  31.33 
 
 		 253 aa  137  2e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0832  putative RNA polymerase sigma factor SigI  36.33 
 
 		 245 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2038  putative RNA polymerase sigma factor SigI  29.2 
 
 		 236 aa  126  3e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2309  putative RNA polymerase sigma factor SigI  32.72 
 
 		 250 aa  124  1e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3122  putative RNA polymerase sigma factor SigI  35.68 
 
 		 240 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0135176  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3204  putative RNA polymerase sigma factor SigI  36.05 
 
 		 240 aa  117  9.999999999999999e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0084081  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3445  putative RNA polymerase sigma factor SigI  36.21 
 
 		 235 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3483  putative RNA polymerase sigma factor SigI  36.05 
 
 		 240 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.10579  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3231  putative RNA polymerase sigma factor SigI  36.05 
 
 		 240 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.625131  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4761  putative RNA polymerase sigma factor SigI  29.82 
 
 		 237 aa  116  3e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000200193  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1698  putative RNA polymerase sigma factor SigI  32.78 
 
 		 242 aa  114  2.0000000000000002e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.734467 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0074  putative RNA polymerase sigma factor SigI  32.27 
 
 		 218 aa  113  2.0000000000000002e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3361  putative RNA polymerase sigma factor SigI  32.6 
 
 		 294 aa  113  4.0000000000000004e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0602386  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3137  putative RNA polymerase sigma factor SigI  36.21 
 
 		 240 aa  112  5e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3441  putative RNA polymerase sigma factor SigI  36.28 
 
 		 235 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.246792  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1048  putative RNA polymerase sigma factor SigI  29 
 
 		 227 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1128  putative RNA polymerase sigma factor SigI  31.22 
 
 		 255 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.552744  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3433  putative RNA polymerase sigma factor SigI  35.04 
 
 		 239 aa  107  2e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1813  putative RNA polymerase sigma factor SigI  35.04 
 
 		 239 aa  107  2e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2521  putative RNA polymerase sigma factor SigI  32.49 
 
 		 235 aa  106  4e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000234194  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0661  putative RNA polymerase sigma factor SigI  29.11 
 
 		 266 aa  92.8  5e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00767119  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1584  putative RNA polymerase sigma factor SigI  29.86 
 
 		 246 aa  90.1  3e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0944  putative RNA polymerase sigma factor SigI  25.66 
 
 		 259 aa  72  0.000000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000000529876  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0331  RNA polymerase sigma factor sigma-28  32.1 
 
 		 253 aa  51.6  0.00001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.188921  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1805  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  36.78 
 
 		 114 aa  49.7  0.00004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2030  RNA polymerase sigma factor SigD  25.77 
 
 		 251 aa  48.9  0.00008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2032  RNA polymerase, sigma 28 subunit  28.17 
 
 		 297 aa  48.5  0.0001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2468  sporulation sigma factor SigG  29.47 
 
 		 260 aa  48.1  0.0001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000740675  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1546  RNA polymerase sigma factor WhiG  29.07 
 
 		 289 aa  45.8  0.0007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.251252 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1664  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  29.41 
 
 		 246 aa  45.4  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000322849  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0708  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  29.31 
 
 		 249 aa  44.3  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2000  sporulation sigma factor SigG  26.67 
 
 		 256 aa  43.5  0.003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000480045  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3664  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  25.88 
 
 		 262 aa  43.5  0.003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.198533 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2144  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  24.44 
 
 		 246 aa  43.5  0.003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000102302  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1343  flagellar biosynthesis sigma factor  29.11 
 
 		 239 aa  43.1  0.004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.600056  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45630  flagellar biosynthesis sigma factor  27.4 
 
 		 247 aa  43.1  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0531213  normal  0.225194 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1411  RNA polymerase sigma factor WhiG  28.24 
 
 		 312 aa  43.1  0.004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.122165 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3872  flagellar biosynthesis sigma factor  27.4 
 
 		 239 aa  43.1  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.107932  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1118  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  22.09 
 
 		 244 aa  42.7  0.005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4416  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  21.52 
 
 		 238 aa  42.7  0.005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.197457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0383  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  32.88 
 
 		 233 aa  42.4  0.006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3283  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  21.35 
 
 		 250 aa  42.4  0.007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.639236  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1383  flagellar biosynthesis sigma factor  26.58 
 
 		 239 aa  42  0.008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0146638  normal  0.275923 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0929  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  21.05 
 
 		 241 aa  42  0.008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1526  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  29.07 
 
 		 411 aa  42  0.008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.597121  normal  0.0174426 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2559  flagellar biosynthesis sigma factor  26.58 
 
 		 237 aa  42  0.009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.551623  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2909  flagellar biosynthesis sigma factor  26.58 
 
 		 237 aa  42  0.009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1454  flagellar biosynthesis sigma factor  26.58 
 
 		 237 aa  42  0.009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.375178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2280  flagellar biosynthesis sigma factor  21.57 
 
 		 239 aa  42  0.009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0133422  normal  0.62617 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2919  flagellar biosynthesis sigma factor  26.58 
 
 		 237 aa  42  0.009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.429378  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1199  flagellar biosynthesis sigma factor  27.85 
 
 		 239 aa  42  0.009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000316929  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1366  flagellar biosynthesis sigma factor  26.58 
 
 		 237 aa  42  0.009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.183792  normal  0.523278 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1299  flagellar biosynthesis sigma factor  26.58 
 
 		 237 aa  42  0.009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.178662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3051  flagellar biosynthesis sigma factor  26.58 
 
 		 237 aa  42  0.009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.120605 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1297  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG subfamily  23.91 
 
 		 187 aa  42  0.009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000000823001  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3210  flagellar biosynthesis sigma factor  26.58 
 
 		 237 aa  42  0.009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1306  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  26.58 
 
 		 245 aa  42  0.01  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.152189  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>