35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_2309 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_2309  putative RNA polymerase sigma factor SigI  100 
 
 		 250 aa  518  1e-146  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3361  putative RNA polymerase sigma factor SigI  47.68 
 
 		 294 aa  234  1.0000000000000001e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0602386  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1128  putative RNA polymerase sigma factor SigI  45.33 
 
 		 255 aa  206  3e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.552744  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4761  putative RNA polymerase sigma factor SigI  42.59 
 
 		 237 aa  183  2.0000000000000003e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000200193  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1048  putative RNA polymerase sigma factor SigI  41.45 
 
 		 227 aa  168  7e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1584  putative RNA polymerase sigma factor SigI  40.93 
 
 		 246 aa  165  6.9999999999999995e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0832  putative RNA polymerase sigma factor SigI  37.61 
 
 		 245 aa  163  2.0000000000000002e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0661  putative RNA polymerase sigma factor SigI  41.25 
 
 		 266 aa  164  2.0000000000000002e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00767119  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3122  putative RNA polymerase sigma factor SigI  39.19 
 
 		 240 aa  157  2e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0135176  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3204  putative RNA polymerase sigma factor SigI  39.44 
 
 		 240 aa  148  7e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0084081  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3445  putative RNA polymerase sigma factor SigI  39.44 
 
 		 235 aa  148  9e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3231  putative RNA polymerase sigma factor SigI  39.44 
 
 		 240 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.625131  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3483  putative RNA polymerase sigma factor SigI  39.44 
 
 		 240 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.10579  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1739  putative RNA polymerase sigma factor SigI  39.07 
 
 		 252 aa  147  2.0000000000000003e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3441  putative RNA polymerase sigma factor SigI  38.05 
 
 		 235 aa  144  9e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.246792  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3137  putative RNA polymerase sigma factor SigI  39.44 
 
 		 240 aa  143  2e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1813  putative RNA polymerase sigma factor SigI  39.44 
 
 		 239 aa  139  3e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3433  putative RNA polymerase sigma factor SigI  39.44 
 
 		 239 aa  139  3e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0315  putative RNA polymerase sigma factor SigI  35.16 
 
 		 249 aa  140  3e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0403  putative RNA polymerase sigma factor SigI  35.71 
 
 		 274 aa  137  1e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0521455  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1698  putative RNA polymerase sigma factor SigI  40.79 
 
 		 242 aa  134  1.9999999999999998e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.734467 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2112  putative RNA polymerase sigma factor SigI  36.99 
 
 		 253 aa  133  3e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1272  putative RNA polymerase sigma factor SigI  32.72 
 
 		 245 aa  124  1e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0268  putative RNA polymerase sigma factor SigI  32.87 
 
 		 265 aa  123  3e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2120  putative RNA polymerase sigma factor SigI  36.32 
 
 		 253 aa  122  4e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0058  putative RNA polymerase sigma factor SigI  32.38 
 
 		 256 aa  121  9e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0074  putative RNA polymerase sigma factor SigI  35.27 
 
 		 218 aa  116  3e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2038  putative RNA polymerase sigma factor SigI  35.48 
 
 		 236 aa  114  1.0000000000000001e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2975  putative RNA polymerase sigma factor SigI  30.23 
 
 		 254 aa  115  1.0000000000000001e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2521  putative RNA polymerase sigma factor SigI  34.48 
 
 		 235 aa  112  4.0000000000000004e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000234194  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0944  putative RNA polymerase sigma factor SigI  35.71 
 
 		 259 aa  101  1e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000000529876  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1805  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  41.46 
 
 		 114 aa  72.8  0.000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2812  RNA polymerase factor sigma-70  33.7 
 
 		 206 aa  44.7  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0140144  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1422  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  32.5 
 
 		 250 aa  43.1  0.004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0109521  normal  0.320143 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0402  RNA polymerase factor sigma-70  25.96 
 
 		 217 aa  42.4  0.008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  3.38021e-16  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>