More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_1730 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014230  CA2559_08536  Succinyl-CoA synthetase, beta subunit  81.82 
 
 
397 aa  652    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1730  succinyl-CoA synthetase subunit beta  100 
 
 
397 aa  811    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2162  succinyl-CoA synthetase subunit beta  80.56 
 
 
397 aa  627  1e-179  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.466738  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3018  succinyl-CoA synthetase subunit beta  72.98 
 
 
396 aa  574  1.0000000000000001e-162  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.632407  hitchhiker  0.0091052 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2736  succinyl-CoA synthetase subunit beta  68.49 
 
 
407 aa  559  1e-158  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.217876  normal  0.563324 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0981  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  68.81 
 
 
405 aa  551  1e-156  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.23259  normal  0.387246 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2240  succinyl-CoA synthetase subunit beta  64.52 
 
 
403 aa  519  1e-146  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6602  succinyl-CoA synthetase subunit beta  65.66 
 
 
404 aa  511  1e-144  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.459715 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0338  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.32 
 
 
390 aa  452  1.0000000000000001e-126  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.210616  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1694  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  59.95 
 
 
395 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0776  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.07 
 
 
392 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0667  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.08 
 
 
391 aa  450  1e-125  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0607  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.33 
 
 
390 aa  449  1e-125  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.409556  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1943  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.06 
 
 
392 aa  441  1e-123  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0623  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.67 
 
 
392 aa  438  9.999999999999999e-123  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.420642  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0497  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.05 
 
 
391 aa  437  1e-121  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.892207 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1099  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.9 
 
 
386 aa  419  1e-116  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.367484  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1304  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.64 
 
 
388 aa  415  9.999999999999999e-116  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00442695  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1329  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.64 
 
 
388 aa  415  9.999999999999999e-116  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1992  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.65 
 
 
386 aa  415  9.999999999999999e-116  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0813  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.14 
 
 
388 aa  411  1e-114  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0845354  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3878  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.83 
 
 
386 aa  411  1e-114  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000279608  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3687  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.83 
 
 
386 aa  412  1e-114  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000356944  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3577  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.83 
 
 
386 aa  411  1e-114  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000022371  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3595  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.83 
 
 
386 aa  411  1e-114  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000384481  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3974  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.83 
 
 
386 aa  412  1e-114  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000205327  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3883  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.83 
 
 
386 aa  411  1e-114  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000224565  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1375  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  53.57 
 
 
384 aa  410  1e-113  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3659  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.32 
 
 
386 aa  409  1e-113  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000717596  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2488  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.83 
 
 
386 aa  410  1e-113  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000281864  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3934  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.57 
 
 
386 aa  410  1e-113  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000073061  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1309  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.57 
 
 
386 aa  409  1e-113  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000115042  unclonable  2.19314e-25 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1747  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  53.45 
 
 
388 aa  410  1e-113  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.655584  normal  0.0712805 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1627  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.96 
 
 
388 aa  392  1e-108  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2321  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.83 
 
 
388 aa  391  1e-107  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0456316  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1452  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  50.51 
 
 
389 aa  390  1e-107  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.567076  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2233  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.83 
 
 
388 aa  391  1e-107  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.159588  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1087  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  51.99 
 
 
391 aa  387  1e-106  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000260623  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0620  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.25 
 
 
389 aa  384  1e-105  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000105579  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1040  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  52.55 
 
 
389 aa  382  1e-105  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.401967 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3170  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49.5 
 
 
399 aa  384  1e-105  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1625  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  50.87 
 
 
398 aa  381  1e-105  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.357974  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3223  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  52.81 
 
 
389 aa  382  1e-105  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.835206  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1211  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  48.51 
 
 
399 aa  379  1e-104  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.773586  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4359  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.25 
 
 
403 aa  381  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.129325 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0957  succinyl-CoA synthetase subunit beta  47.83 
 
 
389 aa  380  1e-104  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2184  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.03 
 
 
387 aa  377  1e-103  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4233  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  48.62 
 
 
393 aa  375  1e-103  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.510138  normal  0.149486 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4693  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  51.12 
 
 
407 aa  375  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.298599  normal  0.0453308 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0490  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  49.75 
 
 
410 aa  377  1e-103  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4047  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.15 
 
 
386 aa  375  1e-103  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0193  succinyl-CoA synthetase subunit beta  48.76 
 
 
399 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0674  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.81 
 
 
389 aa  376  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3875  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.17 
 
 
392 aa  377  1e-103  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3392  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.15 
 
 
386 aa  375  1e-103  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0920  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  48.76 
 
 
398 aa  376  1e-103  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.492661  normal  0.231916 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5147  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  50.51 
 
 
390 aa  372  1e-102  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.710728  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5927  malate--CoA ligase subunit beta  48.22 
 
 
395 aa  373  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.298211 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2789  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  52.04 
 
 
392 aa  374  1e-102  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.799374 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4349  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  52.3 
 
 
387 aa  373  1e-102  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.741807  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2261  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  51.28 
 
 
386 aa  373  1e-102  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.139479  hitchhiker  0.0000000854981 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0176  succinyl-CoA synthetase subunit beta  48.64 
 
 
426 aa  372  1e-102  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.135845  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0393  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49 
 
 
398 aa  374  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.268228  normal  0.21905 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1464  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  52.04 
 
 
392 aa  375  1e-102  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0931  succinyl-CoA synthetase subunit beta  48.26 
 
 
398 aa  369  1e-101  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.1911  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0079  succinyl-CoA synthetase subunit beta  48.01 
 
 
397 aa  369  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3292  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.45 
 
 
389 aa  370  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.251012  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3724  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49.6 
 
 
392 aa  370  1e-101  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.637154  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0154  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  48.51 
 
 
400 aa  368  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.306338  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3945  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.66 
 
 
388 aa  370  1e-101  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.385374  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1801  succinyl-CoA synthetase subunit beta  47.46 
 
 
389 aa  368  1e-101  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.198712  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1713  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  50.52 
 
 
393 aa  370  1e-101  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00000861995  hitchhiker  0.0000000000000037897 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3197  succinyl-CoA synthetase subunit beta  48.76 
 
 
399 aa  369  1e-101  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0155  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  51.02 
 
 
388 aa  368  1e-100  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.573103  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1926  succinyl-CoA synthetase subunit beta  47.76 
 
 
398 aa  365  1e-100  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3605  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  47.51 
 
 
410 aa  365  1e-100  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.194047  normal  0.127689 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0105  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.51 
 
 
388 aa  365  1e-100  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2069  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  50.77 
 
 
387 aa  365  1e-100  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000114412  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4682  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.79 
 
 
386 aa  365  1e-100  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.21216  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0544  succinyl-CoA synthetase subunit beta  48.26 
 
 
397 aa  366  1e-100  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3953  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.81 
 
 
386 aa  365  1e-100  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0269  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49.74 
 
 
389 aa  367  1e-100  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1855  succinyl-CoA synthetase subunit beta  47.76 
 
 
398 aa  365  1e-100  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.965079  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3486  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  51.02 
 
 
388 aa  368  1e-100  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.333849  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4684  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.04 
 
 
386 aa  367  1e-100  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0967  succinyl-CoA synthetase subunit beta  47.51 
 
 
397 aa  365  1e-99  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2627  succinyl-CoA synthetase subunit beta  47.51 
 
 
397 aa  365  1e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.426035  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7116  malate--CoA ligase subunit beta  48.85 
 
 
392 aa  364  2e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00456682  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2406  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  49.12 
 
 
394 aa  363  3e-99  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.502778  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0114  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.51 
 
 
388 aa  363  3e-99  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.289605  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0559  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.77 
 
 
397 aa  363  3e-99  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.335681 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1889  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49.48 
 
 
387 aa  363  4e-99  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0443  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.94 
 
 
389 aa  362  8e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.881223 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6556  malate--CoA ligase subunit beta  48.59 
 
 
392 aa  362  9e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.493154  normal  0.0575552 
 
 
-
 
NC_002978  WD1210  succinyl-CoA synthetase subunit beta  47.47 
 
 
383 aa  361  1e-98  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0869  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.63 
 
 
386 aa  360  2e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2162  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  48.26 
 
 
398 aa  360  2e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23107  normal  0.201717 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1996  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  51.05 
 
 
398 aa  360  2e-98  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0653  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.68 
 
 
388 aa  360  3e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5976  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.16 
 
 
388 aa  360  3e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0679423 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>