More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6602 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_6602  succinyl-CoA synthetase subunit beta  100 
 
 
404 aa  815    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.459715 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0981  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  71.53 
 
 
405 aa  583  1.0000000000000001e-165  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.23259  normal  0.387246 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2736  succinyl-CoA synthetase subunit beta  70.4 
 
 
407 aa  577  1e-164  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.217876  normal  0.563324 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2240  succinyl-CoA synthetase subunit beta  68.16 
 
 
403 aa  554  1e-156  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3018  succinyl-CoA synthetase subunit beta  68.91 
 
 
396 aa  542  1e-153  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.632407  hitchhiker  0.0091052 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08536  Succinyl-CoA synthetase, beta subunit  63.38 
 
 
397 aa  497  1e-139  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1730  succinyl-CoA synthetase subunit beta  64.14 
 
 
397 aa  494  9.999999999999999e-139  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2162  succinyl-CoA synthetase subunit beta  61.88 
 
 
397 aa  479  1e-134  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.466738  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1694  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  58.96 
 
 
395 aa  444  1e-123  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0607  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.57 
 
 
390 aa  439  9.999999999999999e-123  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.409556  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1943  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.44 
 
 
392 aa  435  1e-121  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0667  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.72 
 
 
391 aa  432  1e-120  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0497  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.19 
 
 
391 aa  432  1e-120  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.892207 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0776  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.69 
 
 
392 aa  434  1e-120  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0623  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.97 
 
 
392 aa  433  1e-120  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.420642  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0338  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.23 
 
 
390 aa  423  1e-117  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.210616  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3170  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.26 
 
 
399 aa  398  9.999999999999999e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1099  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.9 
 
 
386 aa  397  1e-109  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.367484  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4359  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.45 
 
 
403 aa  398  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.129325 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0154  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  52.35 
 
 
400 aa  395  1e-109  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.306338  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2488  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.9 
 
 
386 aa  394  1e-108  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000281864  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2406  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  52.78 
 
 
394 aa  391  1e-108  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.502778  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0490  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  52.35 
 
 
410 aa  394  1e-108  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1452  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  52.24 
 
 
389 aa  392  1e-108  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.567076  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3659  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.15 
 
 
386 aa  390  1e-107  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000717596  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1992  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.39 
 
 
386 aa  390  1e-107  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3878  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.9 
 
 
386 aa  390  1e-107  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000279608  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3687  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.9 
 
 
386 aa  390  1e-107  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000356944  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3577  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.9 
 
 
386 aa  390  1e-107  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000022371  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3595  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.9 
 
 
386 aa  390  1e-107  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000384481  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0920  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  51.36 
 
 
398 aa  390  1e-107  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.492661  normal  0.231916 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1309  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.65 
 
 
386 aa  389  1e-107  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000115042  unclonable  2.19314e-25 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3974  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.9 
 
 
386 aa  390  1e-107  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000205327  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1713  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  52.03 
 
 
393 aa  389  1e-107  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00000861995  hitchhiker  0.0000000000000037897 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3934  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.65 
 
 
386 aa  389  1e-107  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000073061  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3883  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.9 
 
 
386 aa  390  1e-107  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000224565  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1375  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  52.15 
 
 
384 aa  386  1e-106  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1625  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  51.49 
 
 
398 aa  382  1e-105  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.357974  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1211  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  50.12 
 
 
399 aa  382  1e-105  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.773586  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0193  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.86 
 
 
399 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4693  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  52.97 
 
 
407 aa  383  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.298599  normal  0.0453308 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0420  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.86 
 
 
399 aa  378  1e-104  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.63284  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1926  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  50.86 
 
 
398 aa  380  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.15774  normal  0.826279 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5147  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  50.13 
 
 
390 aa  379  1e-104  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.710728  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1644  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  50.86 
 
 
398 aa  381  1e-104  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.443341  normal  0.47315 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1586  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  50.62 
 
 
398 aa  379  1e-104  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.991981  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3197  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.26 
 
 
399 aa  380  1e-104  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0559  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.86 
 
 
397 aa  381  1e-104  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.335681 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0393  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.12 
 
 
398 aa  380  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.268228  normal  0.21905 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3605  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  48.89 
 
 
410 aa  377  1e-103  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.194047  normal  0.127689 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0967  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.12 
 
 
397 aa  378  1e-103  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0280  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50 
 
 
398 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0625888 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4233  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  49.63 
 
 
393 aa  377  1e-103  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.510138  normal  0.149486 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0079  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49.88 
 
 
397 aa  376  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0536  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.86 
 
 
399 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2627  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.12 
 
 
397 aa  378  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.426035  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0176  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49.38 
 
 
426 aa  375  1e-103  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.135845  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1747  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  50.38 
 
 
388 aa  375  1e-103  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.655584  normal  0.0712805 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1087  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  49.63 
 
 
391 aa  375  1e-103  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000260623  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1304  succinyl-CoA synthetase subunit beta  47.51 
 
 
388 aa  372  1e-102  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00442695  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0925  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.51 
 
 
382 aa  372  1e-102  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000100196  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2878  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49.38 
 
 
397 aa  372  1e-102  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1627  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49.26 
 
 
388 aa  371  1e-102  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0544  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49.88 
 
 
397 aa  373  1e-102  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2162  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  49.38 
 
 
398 aa  371  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23107  normal  0.201717 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1329  succinyl-CoA synthetase subunit beta  47.51 
 
 
388 aa  372  1e-102  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0229  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.59 
 
 
399 aa  372  1e-102  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.370858 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2321  succinyl-CoA synthetase subunit beta  48.51 
 
 
388 aa  369  1e-101  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0456316  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0620  succinyl-CoA synthetase subunit beta  48.61 
 
 
389 aa  370  1e-101  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000105579  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0813  succinyl-CoA synthetase subunit beta  47.51 
 
 
388 aa  369  1e-101  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0845354  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0074  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.91 
 
 
388 aa  371  1e-101  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.698704  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0186  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.12 
 
 
398 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.984943  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0821  succinyl-CoA synthetase subunit beta  48.89 
 
 
397 aa  369  1e-101  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.97511 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2233  succinyl-CoA synthetase subunit beta  48.51 
 
 
388 aa  369  1e-101  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.159588  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3514  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49.63 
 
 
397 aa  370  1e-101  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.764048  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2500  succinyl-CoA synthetase subunit beta  48.38 
 
 
388 aa  369  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.680576  normal  0.0920336 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1040  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  49.26 
 
 
389 aa  368  1e-100  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.401967 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1617  succinyl-CoA synthetase subunit beta  48.38 
 
 
388 aa  366  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.133966  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0931  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49.63 
 
 
398 aa  365  1e-100  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.1911  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2069  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  47.77 
 
 
387 aa  367  1e-100  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000114412  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3953  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50 
 
 
386 aa  365  1e-100  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1124  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  48.64 
 
 
398 aa  368  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.101156  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4047  succinyl-CoA synthetase subunit beta  48.76 
 
 
386 aa  365  1e-100  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3223  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  49.01 
 
 
389 aa  368  1e-100  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.835206  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4684  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49 
 
 
386 aa  367  1e-100  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3392  succinyl-CoA synthetase subunit beta  48.76 
 
 
386 aa  365  1e-100  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1210  succinyl-CoA synthetase subunit beta  48.01 
 
 
383 aa  364  1e-99  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1926  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49.63 
 
 
398 aa  365  1e-99  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1855  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49.63 
 
 
398 aa  365  1e-99  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.965079  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2202  succinyl-CoA synthase, beta subunit  48.13 
 
 
388 aa  363  2e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00971799  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2012  succinyl-CoA synthetase subunit beta  48.13 
 
 
388 aa  364  2e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.807548 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0597  succinyl-CoA synthetase subunit beta  47.89 
 
 
390 aa  361  1e-98  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3398  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  47.52 
 
 
404 aa  361  1e-98  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.694638 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1464  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  47.77 
 
 
392 aa  360  2e-98  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5927  malate--CoA ligase subunit beta  46.78 
 
 
395 aa  360  3e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.298211 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2789  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  47.77 
 
 
392 aa  359  4e-98  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.799374 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4127  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49.39 
 
 
398 aa  359  5e-98  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3875  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.26 
 
 
392 aa  358  8e-98  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0458  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49.74 
 
 
388 aa  358  9.999999999999999e-98  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.539778  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1050  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49.74 
 
 
391 aa  358  9.999999999999999e-98  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.179729  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>