146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3277 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3277  thymidine kinase  100 
 
 		 192 aa  401  1e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2822  thymidine kinase  70.98 
 
 		 200 aa  291  3e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0513947 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3091  thymidine kinase  70.47 
 
 		 200 aa  291  5e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0626  thymidine kinase  61.29 
 
 		 200 aa  258  5.0000000000000005e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.644909 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2641  thymidine kinase  64.36 
 
 		 199 aa  258  5.0000000000000005e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.414214  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3324  thymidine kinase  60.64 
 
 		 204 aa  247  7e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.27329 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1744  thymidine kinase  64.36 
 
 		 192 aa  244  4.9999999999999997e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.622959  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2487  thymidine kinase  60.64 
 
 		 192 aa  244  6e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.269441  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1964  thymidine kinase  56.38 
 
 		 196 aa  239  2e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.5651  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2166  thymidine kinase  56.38 
 
 		 196 aa  239  2e-62  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.856509  normal  0.128361 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2073  thymidine kinase  56.38 
 
 		 196 aa  239  2e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.329931  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2305  thymidine kinase  57.98 
 
 		 204 aa  237  8e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.494936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2842  thymidine kinase  55.26 
 
 		 192 aa  236  1e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2506  thymidine kinase  55.26 
 
 		 192 aa  236  1e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3814  thymidine kinase  61.17 
 
 		 199 aa  236  1e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.111719  normal  0.0498001 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2861  thymidine kinase  55.79 
 
 		 192 aa  237  1e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2990  thymidine kinase  55.26 
 
 		 192 aa  236  1e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1956  thymidine kinase  59.14 
 
 		 198 aa  236  1e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1877  thymidine kinase  57.45 
 
 		 205 aa  236  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1940  thymidine kinase  57.45 
 
 		 205 aa  236  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0864548  normal  0.836147 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1883  thymidine kinase  57.45 
 
 		 205 aa  236  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.597703  normal  0.290604 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1395  thymidine kinase  57.45 
 
 		 205 aa  236  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.252717  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1578  thymidine kinase  57.45 
 
 		 205 aa  236  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0557569  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1516  thymidine kinase  55.26 
 
 		 192 aa  236  2e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.163762  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2411  Thymidine kinase  56.91 
 
 		 205 aa  235  3e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00467829  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1982  thymidine kinase  57.53 
 
 		 198 aa  235  3e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.333313  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2283  thymidine kinase  57.53 
 
 		 201 aa  235  3e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.919388  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1387  thymidine kinase  56.91 
 
 		 205 aa  235  3e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.85808  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2389  thymidine kinase  56.91 
 
 		 205 aa  235  3e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.375716  hitchhiker  0.00000166082 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1724  thymidine kinase  56.91 
 
 		 205 aa  235  3e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.433864  normal  0.600941 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1902  thymidine kinase  56.91 
 
 		 205 aa  235  4e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.354275  normal  0.231836 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3140  thymidine kinase  56.32 
 
 		 192 aa  234  5.0000000000000005e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003836  thymidine kinase  57.45 
 
 		 192 aa  234  5.0000000000000005e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0878421  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01214  thymidine kinase  56.38 
 
 		 205 aa  234  7e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01224  hypothetical protein  56.38 
 
 		 205 aa  234  7e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1347  thymidine kinase  56.38 
 
 		 205 aa  234  7e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00949382  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0736  thymidine kinase  55.85 
 
 		 192 aa  232  2.0000000000000002e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00541015  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1403  thymidine kinase  56.38 
 
 		 205 aa  232  2.0000000000000002e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.63011  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2536  thymidine kinase  56.32 
 
 		 192 aa  232  3e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0993549  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1357  thymidine kinase  54.74 
 
 		 192 aa  231  3e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.694875  normal  0.123525 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1422  thymidine kinase  54.74 
 
 		 192 aa  231  3e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.460355 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1410  thymidine kinase  54.74 
 
 		 192 aa  231  4.0000000000000004e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.68463  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0673  thymidine kinase  56.68 
 
 		 209 aa  231  5e-60  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0538  thymidine kinase  61.17 
 
 		 197 aa  231  5e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.113985  normal  0.408144 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1941  thymidine kinase  54.79 
 
 		 192 aa  231  5e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2705  thymidine kinase  56.38 
 
 		 194 aa  230  9e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000762715  hitchhiker  0.000803384 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0690  thymidine kinase  56.15 
 
 		 209 aa  229  1e-59  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2887  thymidine kinase  51.06 
 
 		 192 aa  229  2e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000233672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1449  thymidine kinase  53.68 
 
 		 192 aa  228  5e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000965494  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2198  thymidine kinase  57.75 
 
 		 199 aa  227  9e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.8067  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3233  thymidine kinase  53.68 
 
 		 192 aa  226  1e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0568785 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2851  thymidine kinase  53.16 
 
 		 192 aa  225  3e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.516572  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1971  thymidine kinase  55.56 
 
 		 192 aa  224  5.0000000000000005e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.265516  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01843  thymidine kinase  56.74 
 
 		 182 aa  224  5.0000000000000005e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03622  thymidine kinase  55.96 
 
 		 209 aa  223  1e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0410  thymidine kinase  50 
 
 		 195 aa  223  2e-57  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2745  thymidine kinase  52.63 
 
 		 192 aa  223  2e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.149787  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2579  thymidine kinase  52.11 
 
 		 192 aa  220  9.999999999999999e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1173  thymidine kinase  53.97 
 
 		 192 aa  219  1.9999999999999999e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0047  thymidine kinase  54.92 
 
 		 206 aa  219  3e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.126772  normal  0.139333 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0626  thymidine kinase  56.61 
 
 		 194 aa  218  5e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2162  thymidine kinase  55.61 
 
 		 196 aa  216  2e-55  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0016  thymidine kinase  55.08 
 
 		 196 aa  215  4e-55  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0685  thymidine kinase  51.04 
 
 		 192 aa  212  2.9999999999999995e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.136148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02627  thymidine kinase  51.3 
 
 		 193 aa  211  4.9999999999999996e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.152525  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2037  thymidine kinase  52.31 
 
 		 194 aa  193  1e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.92367  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1249  thymidine kinase  46.63 
 
 		 199 aa  188  4e-47  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0792  thymidine kinase  47.06 
 
 		 196 aa  182  2.0000000000000003e-45  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.318927  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0451  thymidine kinase  45.99 
 
 		 191 aa  181  7e-45  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0608  thymidine kinase  44.92 
 
 		 189 aa  179  2e-44  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4385  thymidine kinase  47.8 
 
 		 197 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1078  thymidine kinase  44.39 
 
 		 189 aa  172  1.9999999999999998e-42  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.425135  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0070  Thymidine kinase  48.15 
 
 		 198 aa  171  3.9999999999999995e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00429283  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1785  thymidine kinase  44.39 
 
 		 211 aa  169  2e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.563741  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1598  thymidine kinase  41.71 
 
 		 212 aa  160  1e-38  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.466684  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2858  thymidine kinase  38.62 
 
 		 186 aa  155  2e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0118174  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1574  thymidine kinase  44.5 
 
 		 209 aa  152  2e-36  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.630387  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12890  thymidine kinase  45.79 
 
 		 202 aa  152  2.9999999999999998e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2468  thymidine kinase  41.4 
 
 		 199 aa  143  1e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0799997  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2178  thymidine kinase  41.4 
 
 		 199 aa  143  2e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000221215  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02120  thymidine kinase  43.56 
 
 		 213 aa  142  3e-33  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0149  Thymidine kinase  42.55 
 
 		 183 aa  135  4e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.290007  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0234  thymidine kinase  44.03 
 
 		 215 aa  127  1.0000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0878066 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15850  thymidine kinase  39.39 
 
 		 227 aa  127  1.0000000000000001e-28  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.153347  normal  0.0942863 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17490  thymidine kinase  39.04 
 
 		 202 aa  125  3e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.110309  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1697  Thymidine kinase  39.18 
 
 		 221 aa  123  1e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0421472  normal  0.248537 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4250  thymidine kinase  42.41 
 
 		 236 aa  123  2e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.266037  normal  0.95064 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1929  Thymidine kinase  41.51 
 
 		 215 aa  119  1.9999999999999998e-26  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.142712  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2907  Thymidine kinase  38.34 
 
 		 214 aa  118  3.9999999999999996e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1625  thymidine kinase  38.07 
 
 		 243 aa  117  9.999999999999999e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000168316 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1631  thymidine kinase  39.2 
 
 		 239 aa  115  5e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0686564  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21760  thymidine kinase  38.95 
 
 		 230 aa  113  1.0000000000000001e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0976183  normal  0.613703 
 
 
-
 
NC_010182  BcerKBAB4_5292  thymidine kinase  35.42 
 
 		 191 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2707  Thymidine kinase  37.36 
 
 		 243 aa  112  3e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.154523  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2486  thymidine kinase  37.82 
 
 		 234 aa  112  4.0000000000000004e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.472803 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6597  Thymidine kinase  35.11 
 
 		 210 aa  110  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.125651  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1932  thymidine kinase  40.25 
 
 		 229 aa  108  7.000000000000001e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.23777  normal  0.136801 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2930  thymidine kinase  37.31 
 
 		 210 aa  106  2e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00129909  hitchhiker  0.0000388394 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2343  thymidine kinase  37.5 
 
 		 235 aa  103  2e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.01605 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2919  thymidine kinase  37.11 
 
 		 217 aa  102  4e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>