154 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3140 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_3140  thymidine kinase  100 
 
 
192 aa  401  1e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1357  thymidine kinase  96.35 
 
 
192 aa  393  1e-109  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.694875  normal  0.123525 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1422  thymidine kinase  96.35 
 
 
192 aa  393  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.460355 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1410  thymidine kinase  96.88 
 
 
192 aa  395  1e-109  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.68463  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2861  thymidine kinase  92.71 
 
 
192 aa  375  1e-103  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1516  thymidine kinase  91.15 
 
 
192 aa  371  1e-102  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.163762  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2842  thymidine kinase  91.15 
 
 
192 aa  371  1e-102  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2506  thymidine kinase  92.19 
 
 
192 aa  373  1e-102  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2990  thymidine kinase  91.15 
 
 
192 aa  371  1e-102  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3233  thymidine kinase  86.98 
 
 
192 aa  357  7e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0568785 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2851  thymidine kinase  86.98 
 
 
192 aa  356  9.999999999999999e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.516572  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2579  thymidine kinase  86.46 
 
 
192 aa  354  3.9999999999999996e-97  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2536  thymidine kinase  85.42 
 
 
192 aa  353  1e-96  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0993549  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1449  thymidine kinase  85.94 
 
 
192 aa  352  2e-96  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000965494  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2745  thymidine kinase  83.33 
 
 
192 aa  343  8e-94  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.149787  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1173  thymidine kinase  78.65 
 
 
192 aa  323  1e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0685  thymidine kinase  77.08 
 
 
192 aa  319  9.999999999999999e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.136148  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1964  thymidine kinase  69.47 
 
 
196 aa  289  2e-77  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.5651  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2166  thymidine kinase  69.47 
 
 
196 aa  289  2e-77  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.856509  normal  0.128361 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2073  thymidine kinase  69.47 
 
 
196 aa  289  2e-77  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.329931  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2705  thymidine kinase  71.58 
 
 
194 aa  287  7e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000762715  hitchhiker  0.000803384 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0736  thymidine kinase  68.09 
 
 
192 aa  285  2.9999999999999996e-76  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00541015  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1982  thymidine kinase  68.45 
 
 
198 aa  283  1.0000000000000001e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.333313  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2411  Thymidine kinase  69.15 
 
 
205 aa  282  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00467829  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2283  thymidine kinase  68.45 
 
 
201 aa  282  2.0000000000000002e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.919388  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1387  thymidine kinase  69.15 
 
 
205 aa  282  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.85808  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2389  thymidine kinase  69.15 
 
 
205 aa  282  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.375716  hitchhiker  0.00000166082 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1902  thymidine kinase  69.15 
 
 
205 aa  282  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.354275  normal  0.231836 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1724  thymidine kinase  69.15 
 
 
205 aa  282  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.433864  normal  0.600941 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1941  thymidine kinase  68.09 
 
 
192 aa  282  3.0000000000000004e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01214  thymidine kinase  68.62 
 
 
205 aa  281  5.000000000000001e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1347  thymidine kinase  68.62 
 
 
205 aa  281  5.000000000000001e-75  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00949382  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01224  hypothetical protein  68.62 
 
 
205 aa  281  5.000000000000001e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003836  thymidine kinase  68.62 
 
 
192 aa  280  7.000000000000001e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0878421  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1956  thymidine kinase  70.05 
 
 
198 aa  280  8.000000000000001e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1403  thymidine kinase  68.62 
 
 
205 aa  280  1e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.63011  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02627  thymidine kinase  65.1 
 
 
193 aa  279  1e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.152525  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2198  thymidine kinase  69.15 
 
 
199 aa  278  3e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.8067  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1578  thymidine kinase  69.15 
 
 
205 aa  278  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0557569  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1877  thymidine kinase  69.15 
 
 
205 aa  278  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1940  thymidine kinase  69.15 
 
 
205 aa  278  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0864548  normal  0.836147 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1883  thymidine kinase  69.15 
 
 
205 aa  278  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.597703  normal  0.290604 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1395  thymidine kinase  69.15 
 
 
205 aa  278  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.252717  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2305  thymidine kinase  69.68 
 
 
204 aa  278  5e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.494936  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1971  thymidine kinase  65.97 
 
 
192 aa  273  1.0000000000000001e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.265516  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0410  thymidine kinase  64.92 
 
 
195 aa  271  4.0000000000000004e-72  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2887  thymidine kinase  62.5 
 
 
192 aa  266  1e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000233672  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01843  thymidine kinase  67.98 
 
 
182 aa  265  2.9999999999999995e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0626  thymidine kinase  65.1 
 
 
194 aa  263  1e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0673  thymidine kinase  62.77 
 
 
209 aa  250  9.000000000000001e-66  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0690  thymidine kinase  62.23 
 
 
209 aa  247  8e-65  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2162  thymidine kinase  60.11 
 
 
196 aa  246  2e-64  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0016  thymidine kinase  59.57 
 
 
196 aa  244  4.9999999999999997e-64  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03622  thymidine kinase  58.12 
 
 
209 aa  241  3e-63  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2487  thymidine kinase  58.51 
 
 
192 aa  238  2.9999999999999997e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.269441  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3324  thymidine kinase  55.73 
 
 
204 aa  234  5.0000000000000005e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.27329 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3277  thymidine kinase  56.32 
 
 
192 aa  234  5.0000000000000005e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0626  thymidine kinase  56.25 
 
 
200 aa  233  1.0000000000000001e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.644909 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0047  thymidine kinase  57.37 
 
 
206 aa  233  1.0000000000000001e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.126772  normal  0.139333 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2641  thymidine kinase  54.17 
 
 
199 aa  229  1e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.414214  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2822  thymidine kinase  56.08 
 
 
200 aa  229  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0513947 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0538  thymidine kinase  57.45 
 
 
197 aa  228  5e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.113985  normal  0.408144 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3814  thymidine kinase  54.79 
 
 
199 aa  228  5e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.111719  normal  0.0498001 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3091  thymidine kinase  54.4 
 
 
200 aa  225  3e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1744  thymidine kinase  59.04 
 
 
192 aa  220  9e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.622959  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0451  thymidine kinase  50.27 
 
 
191 aa  191  5e-48  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2037  thymidine kinase  49.21 
 
 
194 aa  184  7e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.92367  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0608  thymidine kinase  47.59 
 
 
189 aa  183  1.0000000000000001e-45  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1078  thymidine kinase  47.06 
 
 
189 aa  181  7e-45  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.425135  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0792  thymidine kinase  48.13 
 
 
196 aa  180  9.000000000000001e-45  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.318927  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1249  thymidine kinase  47.67 
 
 
199 aa  180  1e-44  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1785  thymidine kinase  47.06 
 
 
211 aa  174  7e-43  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.563741  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0070  Thymidine kinase  44.97 
 
 
198 aa  172  1.9999999999999998e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00429283  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4385  thymidine kinase  45.7 
 
 
197 aa  171  6.999999999999999e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1598  thymidine kinase  46.28 
 
 
212 aa  167  7e-41  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.466684  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2858  thymidine kinase  45.9 
 
 
186 aa  164  5.9999999999999996e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0118174  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1574  thymidine kinase  45.18 
 
 
209 aa  149  2e-35  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.630387  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2468  thymidine kinase  45.7 
 
 
199 aa  149  2e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0799997  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2178  thymidine kinase  45.16 
 
 
199 aa  148  6e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000221215  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12890  thymidine kinase  45.79 
 
 
202 aa  147  7e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010182  BcerKBAB4_5292  thymidine kinase  42.25 
 
 
191 aa  145  5e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02120  thymidine kinase  41.95 
 
 
213 aa  138  4.999999999999999e-32  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15850  thymidine kinase  38.38 
 
 
227 aa  132  3.9999999999999996e-30  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.153347  normal  0.0942863 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17490  thymidine kinase  39.79 
 
 
202 aa  130  9e-30  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.110309  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0149  Thymidine kinase  42.02 
 
 
183 aa  129  2.0000000000000002e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.290007  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2907  Thymidine kinase  38.34 
 
 
214 aa  126  2.0000000000000002e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1929  Thymidine kinase  37.31 
 
 
215 aa  124  9e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.142712  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1625  thymidine kinase  33.98 
 
 
243 aa  122  4e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000168316 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1631  thymidine kinase  35.12 
 
 
239 aa  120  9.999999999999999e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0686564  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1697  Thymidine kinase  33.51 
 
 
221 aa  115  5e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0421472  normal  0.248537 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6597  Thymidine kinase  33.68 
 
 
210 aa  110  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.125651  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2930  thymidine kinase  34.54 
 
 
210 aa  109  3e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00129909  hitchhiker  0.0000388394 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21760  thymidine kinase  32.24 
 
 
230 aa  107  1e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0976183  normal  0.613703 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4250  thymidine kinase  33.17 
 
 
236 aa  104  6e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.266037  normal  0.95064 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1932  thymidine kinase  32.83 
 
 
229 aa  102  2e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.23777  normal  0.136801 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2486  thymidine kinase  32.99 
 
 
234 aa  102  2e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.472803 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0234  thymidine kinase  35.37 
 
 
215 aa  102  3e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0878066 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2707  Thymidine kinase  31.19 
 
 
243 aa  102  3e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.154523  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2919  thymidine kinase  30.81 
 
 
217 aa  101  5e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1187  thymidine kinase  32.78 
 
 
184 aa  97.8  9e-20  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.712283 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>