113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3144 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3144  hypothetical protein  100 
 
 		 370 aa  756    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.428885  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2727  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.65 
 
 		 340 aa  377  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430894  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3335  hypothetical protein  57.98 
 
 		 318 aa  369  1e-101  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3529  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.31 
 
 		 318 aa  367  1e-100  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.016337 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2988  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.76 
 
 		 340 aa  365  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.865432  normal  0.0888549 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3203  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.62 
 
 		 318 aa  367  1e-100  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0922  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.25 
 
 		 327 aa  361  1e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4174  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.66 
 
 		 326 aa  359  3e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.93932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4696  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.73 
 
 		 326 aa  351  8.999999999999999e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.990453 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.05 
 
 		 336 aa  351  1e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.316364  hitchhiker  0.00353615 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3578  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.9 
 
 		 325 aa  348  6e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4789  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.9 
 
 		 325 aa  348  6e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5493  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.9 
 
 		 325 aa  348  6e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.299821 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0823  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.7 
 
 		 340 aa  345  8e-94  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.895804 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.27 
 
 		 352 aa  318  6e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0746307  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0998  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  52.88 
 
 		 333 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2723  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  52.55 
 
 		 345 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2579  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  52.55 
 
 		 345 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.62087  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0650  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.2 
 
 		 337 aa  312  6.999999999999999e-84  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.349018  normal  0.530155 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0510  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.7 
 
 		 316 aa  311  1e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0189  hypothetical protein  52.23 
 
 		 332 aa  309  5e-83  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0302861  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1362  hypothetical protein  52.23 
 
 		 345 aa  309  5e-83  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169729  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1558  hypothetical protein  52.23 
 
 		 345 aa  309  5e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0217  hypothetical protein  52.23 
 
 		 345 aa  309  5e-83  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.644245  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1458  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.04 
 
 		 326 aa  285  1.0000000000000001e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.780601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5771  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.5 
 
 		 338 aa  281  9e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.783154  normal  0.678603 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1636  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.71 
 
 		 324 aa  249  7e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0710053 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3492  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.32 
 
 		 335 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.312033  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02816  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.73 
 
 		 162 aa  173  5e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0126  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.35 
 
 		 287 aa  155  7e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5393  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.08 
 
 		 312 aa  124  2e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02815  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.28 
 
 		 122 aa  107  3e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5665  NmrA-like protein/nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  28.27 
 
 		 324 aa  104  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.783073 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2321  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.15 
 
 		 312 aa  99.8  7e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0046  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.9 
 
 		 318 aa  97.4  3e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.582921 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2286  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.47 
 
 		 321 aa  94.4  3e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1987  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.28 
 
 		 328 aa  93.2  7e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2314  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.02 
 
 		 307 aa  92.8  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.35 
 
 		 309 aa  91.7  2e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.184838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2329  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.1 
 
 		 318 aa  90.9  3e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.51179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.81 
 
 		 321 aa  90.5  4e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1654  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.3 
 
 		 326 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.354617  normal  0.0815308 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3201  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.25 
 
 		 309 aa  84.3  0.000000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3608  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.53 
 
 		 306 aa  84  0.000000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1426  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.27 
 
 		 316 aa  82.8  0.000000000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0027  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.87 
 
 		 329 aa  82  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.535465  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2857  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.52 
 
 		 304 aa  82  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1740  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.88 
 
 		 332 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.377476  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.45 
 
 		 329 aa  80.5  0.00000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3981  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.09 
 
 		 317 aa  79  0.0000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0549387 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0042  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.14 
 
 		 329 aa  79  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2007  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.52 
 
 		 317 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0894753  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2497  putative sugar dehydratase/epimerase  28.45 
 
 		 332 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.96633  normal  0.814546 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0873  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.32 
 
 		 316 aa  77  0.0000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.765071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0353  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.3 
 
 		 344 aa  75.5  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.860754 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5344  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.72 
 
 		 352 aa  72.8  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.98 
 
 		 315 aa  70.5  0.00000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.036254  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4354  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.92 
 
 		 321 aa  69.7  0.00000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.9 
 
 		 309 aa  67.4  0.0000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1559  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.86 
 
 		 312 aa  67  0.0000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00329554  normal  0.0368212 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3451  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.1 
 
 		 313 aa  66.2  0.0000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00141609  hitchhiker  0.00437395 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4766  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.58 
 
 		 308 aa  65.5  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.504553  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4635  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.32 
 
 		 276 aa  65.1  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0341156  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.64 
 
 		 309 aa  65.1  0.000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5717  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.08 
 
 		 304 aa  65.1  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0127633 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1542  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.73 
 
 		 300 aa  61.6  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.63 
 
 		 324 aa  60.5  0.00000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.927449  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.5 
 
 		 319 aa  59.3  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.875328  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1143  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.27 
 
 		 325 aa  58.2  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.470047  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23000  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  25.08 
 
 		 310 aa  57  0.0000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.109037  normal  0.0324264 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1823  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.91 
 
 		 301 aa  56.2  0.0000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3195  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.6 
 
 		 311 aa  55.8  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.67739  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0209  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.81 
 
 		 307 aa  55.5  0.000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0178809  hitchhiker  0.0040496 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2822  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.3 
 
 		 314 aa  54.7  0.000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2851  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.54 
 
 		 311 aa  53.9  0.000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.53 
 
 		 304 aa  52  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1484  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.42 
 
 		 319 aa  50.1  0.00007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.357446  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5163  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 		 258 aa  48.9  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0814  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.29 
 
 		 365 aa  48.9  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3445  glutamine amidotransferase  23.82 
 
 		 332 aa  48.1  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.210367 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0121  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.51 
 
 		 361 aa  48.5  0.0002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1215  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.51 
 
 		 329 aa  47.8  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.190053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0130  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.75 
 
 		 347 aa  47  0.0005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.116782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5314  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.14 
 
 		 573 aa  47  0.0005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.492439 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4303  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.79 
 
 		 312 aa  46.6  0.0006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2604  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.51 
 
 		 324 aa  46.6  0.0007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.118857 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.55 
 
 		 324 aa  46.2  0.0009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0101  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.96 
 
 		 272 aa  45.4  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2828  NmrA family protein  38.89 
 
 		 305 aa  45.4  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1322  NmrA family protein  34.29 
 
 		 513 aa  45.8  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.180223  normal  0.0774954 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0427  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.48 
 
 		 309 aa  45.1  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.159089  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.77 
 
 		 327 aa  45.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.547312 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0124  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.24 
 
 		 269 aa  45.1  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0825  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.93 
 
 		 347 aa  45.4  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.862979  normal  0.686614 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.81 
 
 		 510 aa  44.7  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0579282  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2237  NmrA family protein  35.53 
 
 		 305 aa  45.1  0.002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44260  NAD dependent epimerase/dehydratase  26.9 
 
 		 303 aa  45.4  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1446  NAD-dependent epimerase/dehydratase  20.7 
 
 		 311 aa  44.7  0.003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000127468 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4306  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.08 
 
 		 308 aa  44.3  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.244764  normal  1 
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_27566  predicted protein  26.7 
 
 		 381 aa  44.3  0.004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.298942  normal  0.129514 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>