143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3335 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc3335  hypothetical protein  100 
 
 
318 aa  636    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3203  NAD-dependent epimerase/dehydratase  77.29 
 
 
318 aa  511  1e-144  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3529  NAD-dependent epimerase/dehydratase  75.79 
 
 
318 aa  504  9.999999999999999e-143  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.016337 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2727  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.46 
 
 
340 aa  414  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430894  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0823  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.01 
 
 
340 aa  389  1e-107  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.895804 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2988  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.68 
 
 
340 aa  389  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.865432  normal  0.0888549 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0922  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.26 
 
 
327 aa  380  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4174  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.15 
 
 
326 aa  372  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.93932  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3144  hypothetical protein  57.89 
 
 
370 aa  362  5.0000000000000005e-99  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.428885  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4696  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.57 
 
 
326 aa  362  6e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.990453 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.38 
 
 
352 aa  359  3e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0746307  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3578  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.25 
 
 
325 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4789  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.25 
 
 
325 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5493  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.25 
 
 
325 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.299821 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.74 
 
 
336 aa  353  2e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.316364  hitchhiker  0.00353615 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0510  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.05 
 
 
316 aa  334  1e-90  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0998  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  57.95 
 
 
333 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0189  hypothetical protein  58.42 
 
 
332 aa  324  1e-87  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0302861  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1362  hypothetical protein  58.42 
 
 
345 aa  324  1e-87  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169729  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1558  hypothetical protein  58.42 
 
 
345 aa  324  1e-87  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2723  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  58.42 
 
 
345 aa  324  1e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2579  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  58.42 
 
 
345 aa  324  1e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.62087  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0217  hypothetical protein  58.42 
 
 
345 aa  324  1e-87  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.644245  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1458  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.68 
 
 
326 aa  322  4e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.780601  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5771  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.06 
 
 
338 aa  318  7e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.783154  normal  0.678603 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0650  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.64 
 
 
337 aa  315  6e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.349018  normal  0.530155 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1636  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.48 
 
 
324 aa  260  2e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0710053 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0126  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.24 
 
 
287 aa  186  4e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3492  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.56 
 
 
335 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.312033  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02816  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.38 
 
 
162 aa  181  1e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5393  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.47 
 
 
312 aa  125  7e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02815  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.14 
 
 
122 aa  121  1.9999999999999998e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1987  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.19 
 
 
328 aa  115  8.999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5665  NmrA-like protein/nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  29.21 
 
 
324 aa  110  5e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.783073 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.39 
 
 
321 aa  109  7.000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1426  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.62 
 
 
316 aa  100  3e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2314  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.43 
 
 
307 aa  96.3  6e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3201  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.21 
 
 
309 aa  95.5  9e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0027  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.01 
 
 
329 aa  95.1  2e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.535465  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2286  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.81 
 
 
321 aa  92  1e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0046  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.1 
 
 
318 aa  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.582921 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1654  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.24 
 
 
326 aa  91.7  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.354617  normal  0.0815308 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23000  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  30.5 
 
 
310 aa  90.5  3e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.109037  normal  0.0324264 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.03 
 
 
315 aa  89.7  6e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.036254  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3981  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.04 
 
 
317 aa  89  9e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0549387 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2321  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.08 
 
 
312 aa  89  9e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0042  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.99 
 
 
329 aa  88.6  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3451  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.94 
 
 
313 aa  88.2  2e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00141609  hitchhiker  0.00437395 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2497  putative sugar dehydratase/epimerase  29.21 
 
 
332 aa  87.4  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.96633  normal  0.814546 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.73 
 
 
309 aa  85.1  0.000000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.184838  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1740  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.5 
 
 
332 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.377476  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.65 
 
 
329 aa  84.7  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3608  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.24 
 
 
306 aa  82.8  0.000000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0353  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.38 
 
 
344 aa  77  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.860754 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1542  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.49 
 
 
300 aa  77.4  0.0000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1559  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.87 
 
 
312 aa  76.6  0.0000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00329554  normal  0.0368212 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.65 
 
 
309 aa  75.9  0.0000000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3195  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.99 
 
 
311 aa  75.5  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.67739  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2007  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.44 
 
 
317 aa  74.7  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0894753  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1823  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.92 
 
 
301 aa  71.2  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0873  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.94 
 
 
316 aa  71.2  0.00000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.765071  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.06 
 
 
324 aa  70.9  0.00000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.927449  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5717  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.16 
 
 
304 aa  70.1  0.00000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0127633 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2857  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.91 
 
 
304 aa  69.7  0.00000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.51 
 
 
319 aa  69.3  0.00000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.875328  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2329  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.29 
 
 
318 aa  68.6  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.51179  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1143  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.97 
 
 
325 aa  66.6  0.0000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.470047  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4635  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.16 
 
 
276 aa  63.9  0.000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0341156  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1215  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.47 
 
 
329 aa  63.5  0.000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.190053  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4354  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.71 
 
 
321 aa  63.5  0.000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5344  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.71 
 
 
352 aa  63.9  0.000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4766  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.59 
 
 
308 aa  63.5  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.504553  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1297  saccharopine dehydrogenase related protein  20.75 
 
 
305 aa  62  0.00000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0312  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.95 
 
 
312 aa  61.6  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.716604  normal  0.0199185 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1701  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.14 
 
 
307 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.517647  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2822  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.68 
 
 
314 aa  60.5  0.00000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.17 
 
 
309 aa  59.7  0.00000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0209  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.04 
 
 
307 aa  58.5  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0178809  hitchhiker  0.0040496 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0427  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.11 
 
 
309 aa  58.2  0.0000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.159089  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1484  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.71 
 
 
319 aa  57.8  0.0000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.357446  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1255  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  26.2 
 
 
325 aa  57.8  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.410518  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4306  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.42 
 
 
308 aa  57.4  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.244764  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3993  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.16 
 
 
268 aa  57  0.0000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.468783  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0803  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.62 
 
 
315 aa  55.8  0.0000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0943322  normal  0.641054 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11950  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  29.75 
 
 
322 aa  54.7  0.000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.274992  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2058  NmrA family protein  42.86 
 
 
506 aa  54.3  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.584993  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5133  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.76 
 
 
328 aa  53.1  0.000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2079  NmrA family protein  43.04 
 
 
605 aa  52.4  0.000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2547  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.88 
 
 
334 aa  52  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000238477  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1320  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.92 
 
 
269 aa  52.4  0.00001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6636  NmrA family protein  52.11 
 
 
297 aa  52.4  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0262  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.93 
 
 
320 aa  51.6  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2879  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.77 
 
 
530 aa  51.6  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.61 
 
 
304 aa  50.8  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2297  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.63 
 
 
310 aa  50.8  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02116  NAD dependent epimerase/dehydratase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G00180)  27.39 
 
 
316 aa  50.4  0.00004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.218731  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001158  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.71 
 
 
314 aa  50.4  0.00004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1635  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.14 
 
 
325 aa  50.4  0.00004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.862088  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2851  NAD-dependent epimerase/dehydratase  19.47 
 
 
311 aa  50.4  0.00004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.74 
 
 
501 aa  49.7  0.00007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.770644  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>