196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3203 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_3203  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 		 318 aa  642    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3529  NAD-dependent epimerase/dehydratase  97.16 
 
 		 318 aa  623  1e-177  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.016337 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3335  hypothetical protein  77.29 
 
 		 318 aa  493  9.999999999999999e-139  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2727  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.51 
 
 		 340 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430894  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2988  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.94 
 
 		 340 aa  394  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.865432  normal  0.0888549 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0922  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.31 
 
 		 327 aa  370  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4174  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.13 
 
 		 326 aa  363  1e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.93932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4696  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.81 
 
 		 326 aa  362  4e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.990453 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3578  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.18 
 
 		 325 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4789  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.18 
 
 		 325 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5493  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.18 
 
 		 325 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.299821 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.15 
 
 		 352 aa  355  3.9999999999999996e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0746307  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.11 
 
 		 336 aa  353  2e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.316364  hitchhiker  0.00353615 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0823  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.56 
 
 		 340 aa  348  5e-95  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.895804 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3144  hypothetical protein  53.95 
 
 		 370 aa  342  5.999999999999999e-93  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.428885  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0998  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  56.95 
 
 		 333 aa  329  4e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0650  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.33 
 
 		 337 aa  328  1.0000000000000001e-88  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.349018  normal  0.530155 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0510  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.81 
 
 		 316 aa  327  2.0000000000000001e-88  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1362  hypothetical protein  56.95 
 
 		 345 aa  325  5e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169729  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1558  hypothetical protein  56.95 
 
 		 345 aa  325  5e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2723  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  56.95 
 
 		 345 aa  325  5e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2579  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  56.95 
 
 		 345 aa  325  5e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.62087  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0217  hypothetical protein  56.95 
 
 		 345 aa  325  5e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.644245  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0189  hypothetical protein  56.95 
 
 		 332 aa  325  6e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0302861  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1458  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.66 
 
 		 326 aa  324  1e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.780601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5771  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.9 
 
 		 338 aa  318  7e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.783154  normal  0.678603 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1636  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.65 
 
 		 324 aa  267  2e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0710053 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02816  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.51 
 
 		 162 aa  186  6e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3492  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.01 
 
 		 335 aa  165  9e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.312033  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0126  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.85 
 
 		 287 aa  159  7e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5393  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.39 
 
 		 312 aa  124  2e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02815  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.46 
 
 		 122 aa  120  3.9999999999999996e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.07 
 
 		 321 aa  112  8.000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2314  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.81 
 
 		 307 aa  107  3e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5665  NmrA-like protein/nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  27.71 
 
 		 324 aa  101  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.783073 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3201  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.29 
 
 		 309 aa  100  3e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1426  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.13 
 
 		 316 aa  100  4e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0027  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.38 
 
 		 329 aa  100  5e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.535465  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1987  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.87 
 
 		 328 aa  99.4  7e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2321  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.1 
 
 		 312 aa  99.4  8e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3981  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.71 
 
 		 317 aa  96.3  5e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0549387 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0046  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.83 
 
 		 318 aa  96.7  5e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.582921 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0042  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.1 
 
 		 329 aa  92  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3195  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.66 
 
 		 311 aa  91.7  2e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.67739  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1542  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.94 
 
 		 300 aa  89.4  7e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.77 
 
 		 329 aa  89.4  9e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1740  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.4 
 
 		 332 aa  88.6  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.377476  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.41 
 
 		 309 aa  88.2  2e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.184838  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1654  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.57 
 
 		 326 aa  86.3  7e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.354617  normal  0.0815308 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3608  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.67 
 
 		 306 aa  85.1  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2497  putative sugar dehydratase/epimerase  28.97 
 
 		 332 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.96633  normal  0.814546 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.33 
 
 		 315 aa  84  0.000000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.036254  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2007  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.33 
 
 		 317 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0894753  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.13 
 
 		 309 aa  80.1  0.00000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2286  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.67 
 
 		 321 aa  79.3  0.00000000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1143  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.27 
 
 		 325 aa  76.6  0.0000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.470047  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1559  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.33 
 
 		 312 aa  76.6  0.0000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00329554  normal  0.0368212 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3451  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.44 
 
 		 313 aa  76.6  0.0000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00141609  hitchhiker  0.00437395 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4635  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.88 
 
 		 276 aa  73.9  0.000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0341156  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1484  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.6 
 
 		 319 aa  73.2  0.000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.357446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.02 
 
 		 324 aa  73.2  0.000000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.927449  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23000  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  28.71 
 
 		 310 aa  72.8  0.000000000007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.109037  normal  0.0324264 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1823  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.1 
 
 		 301 aa  72.4  0.000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5717  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.52 
 
 		 304 aa  71.6  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0127633 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.38 
 
 		 309 aa  71.2  0.00000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0312  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.83 
 
 		 312 aa  71.6  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.716604  normal  0.0199185 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2329  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.66 
 
 		 318 aa  69.7  0.00000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.51179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0353  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.54 
 
 		 344 aa  68.2  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.860754 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1297  saccharopine dehydrogenase related protein  21.57 
 
 		 305 aa  67.4  0.0000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2857  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.8 
 
 		 304 aa  67.4  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1701  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.17 
 
 		 307 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.517647  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2822  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.52 
 
 		 314 aa  65.5  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4306  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.26 
 
 		 308 aa  64.7  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.244764  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.51 
 
 		 319 aa  63.5  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.875328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0873  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.99 
 
 		 316 aa  63.5  0.000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.765071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4354  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.08 
 
 		 321 aa  61.6  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5344  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.08 
 
 		 352 aa  61.6  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4766  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.03 
 
 		 308 aa  60.8  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.504553  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0996  hypothetical protein  27.7 
 
 		 302 aa  57  0.0000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0868  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.92 
 
 		 311 aa  56.6  0.0000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3104  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.92 
 
 		 311 aa  55.5  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0262  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.4 
 
 		 320 aa  55.5  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4540  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.54 
 
 		 325 aa  54.7  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.451447  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.54 
 
 		 325 aa  54.7  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4923  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.54 
 
 		 325 aa  54.3  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2547  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.91 
 
 		 334 aa  53.9  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000238477  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11950  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  28.48 
 
 		 322 aa  54.3  0.000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.274992  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001158  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.86 
 
 		 314 aa  53.5  0.000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2058  NmrA family protein  39.56 
 
 		 506 aa  53.1  0.000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.584993  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.82 
 
 		 324 aa  52.4  0.000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.552356  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1215  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.08 
 
 		 329 aa  52  0.00001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.190053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0209  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.74 
 
 		 307 aa  51.2  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0178809  hitchhiker  0.0040496 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2079  NmrA family protein  37.66 
 
 		 605 aa  50.8  0.00003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0427  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.79 
 
 		 309 aa  50.4  0.00004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.159089  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2297  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.67 
 
 		 310 aa  50.1  0.00005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1783  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.64 
 
 		 334 aa  50.1  0.00005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.81312  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1322  NmrA family protein  32.74 
 
 		 513 aa  50.1  0.00005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.180223  normal  0.0774954 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3281  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.78 
 
 		 212 aa  49.7  0.00006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.015604 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1635  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.38 
 
 		 325 aa  49.7  0.00006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.862088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3532  NmrA family protein  39.51 
 
 		 513 aa  49.7  0.00007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.959368 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>