88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3492 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3492  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 		 335 aa  681    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.312033  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0922  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.85 
 
 		 327 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.51 
 
 		 336 aa  218  1e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.316364  hitchhiker  0.00353615 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.28 
 
 		 352 aa  218  2e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0746307  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5493  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.59 
 
 		 325 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.299821 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3578  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.59 
 
 		 325 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4789  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.59 
 
 		 325 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0823  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.49 
 
 		 340 aa  211  1e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.895804 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4174  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.14 
 
 		 326 aa  206  3e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.93932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2727  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.81 
 
 		 340 aa  206  6e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0217  hypothetical protein  41.5 
 
 		 345 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.644245  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1558  hypothetical protein  41.5 
 
 		 345 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1362  hypothetical protein  41.5 
 
 		 345 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169729  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0189  hypothetical protein  41.5 
 
 		 332 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0302861  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2988  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.81 
 
 		 340 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.865432  normal  0.0888549 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4696  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.37 
 
 		 326 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.990453 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2723  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  41.18 
 
 		 345 aa  202  8e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2579  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  41.18 
 
 		 345 aa  202  8e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.62087  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0998  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  40.85 
 
 		 333 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0650  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.47 
 
 		 337 aa  201  1.9999999999999998e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.349018  normal  0.530155 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3144  hypothetical protein  38.51 
 
 		 370 aa  200  3e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.428885  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1458  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.47 
 
 		 326 aa  197  3e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.780601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5771  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.2 
 
 		 338 aa  192  7e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.783154  normal  0.678603 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0510  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.27 
 
 		 316 aa  191  2e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3335  hypothetical protein  39.56 
 
 		 318 aa  178  9e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3529  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.81 
 
 		 318 aa  178  1e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.016337 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3203  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.01 
 
 		 318 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0126  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.8 
 
 		 287 aa  165  1.0000000000000001e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1636  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.93 
 
 		 324 aa  158  1e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0710053 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5393  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.75 
 
 		 312 aa  99  1e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02816  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.85 
 
 		 162 aa  90.1  5e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0046  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.72 
 
 		 318 aa  79  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.582921 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.54 
 
 		 315 aa  78.2  0.0000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.036254  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3201  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.33 
 
 		 309 aa  77  0.0000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2857  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.72 
 
 		 304 aa  75.1  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2286  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.08 
 
 		 321 aa  75.1  0.000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5665  NmrA-like protein/nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  26.05 
 
 		 324 aa  72.8  0.000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.783073 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.55 
 
 		 321 aa  70.5  0.00000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0873  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.49 
 
 		 316 aa  70.1  0.00000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.765071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.11 
 
 		 319 aa  70.1  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.875328  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0027  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.94 
 
 		 329 aa  69.7  0.00000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.535465  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3451  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.78 
 
 		 313 aa  68.2  0.0000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00141609  hitchhiker  0.00437395 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0042  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.41 
 
 		 329 aa  67.4  0.0000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1987  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.37 
 
 		 328 aa  67.4  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.41 
 
 		 329 aa  66.6  0.0000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4354  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.14 
 
 		 321 aa  66.6  0.0000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5344  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.75 
 
 		 352 aa  66.2  0.0000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4635  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.19 
 
 		 276 aa  66.2  0.0000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0341156  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0353  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.47 
 
 		 344 aa  65.1  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.860754 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0312  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.5 
 
 		 312 aa  64.7  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.716604  normal  0.0199185 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2321  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.67 
 
 		 312 aa  62.8  0.000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1654  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.1 
 
 		 326 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.354617  normal  0.0815308 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1740  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.73 
 
 		 332 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.377476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3981  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.37 
 
 		 317 aa  62.4  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0549387 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2329  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.13 
 
 		 318 aa  60.8  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.51179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02815  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.97 
 
 		 122 aa  60.8  0.00000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.88 
 
 		 304 aa  60.5  0.00000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.47 
 
 		 309 aa  60.1  0.00000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.184838  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2497  putative sugar dehydratase/epimerase  24.36 
 
 		 332 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.96633  normal  0.814546 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3608  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.08 
 
 		 306 aa  57.4  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1542  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.41 
 
 		 300 aa  57  0.0000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3195  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.83 
 
 		 311 aa  56.2  0.0000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.67739  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1559  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.23 
 
 		 312 aa  55.8  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00329554  normal  0.0368212 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23000  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  25.17 
 
 		 310 aa  55.8  0.000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.109037  normal  0.0324264 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1823  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.27 
 
 		 301 aa  54.7  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.53 
 
 		 309 aa  53.1  0.000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5717  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.42 
 
 		 304 aa  52  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0127633 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2007  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.22 
 
 		 317 aa  52  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0894753  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2314  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.5 
 
 		 307 aa  52.4  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4306  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.48 
 
 		 308 aa  51.2  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.244764  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4317  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.74 
 
 		 276 aa  49.7  0.00008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.191598  normal  0.130895 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1701  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.84 
 
 		 307 aa  48.9  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.517647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0209  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.14 
 
 		 307 aa  48.9  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0178809  hitchhiker  0.0040496 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1143  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.16 
 
 		 325 aa  48.1  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.470047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1297  saccharopine dehydrogenase related protein  21.89 
 
 		 305 aa  47  0.0004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0535  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.67 
 
 		 283 aa  47  0.0005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.209538  normal  0.040657 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4766  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.73 
 
 		 308 aa  46.6  0.0006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.504553  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05730  UDP-galactose 4-epimerase  25.27 
 
 		 333 aa  45.4  0.001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.805791  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001158  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.09 
 
 		 314 aa  45.8  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.47 
 
 		 301 aa  44.3  0.003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0360193  hitchhiker  0.000175953 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1920  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.3 
 
 		 346 aa  44.3  0.003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.892292  hitchhiker  0.000398816 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.63 
 
 		 336 aa  44.3  0.003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2822  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.44 
 
 		 314 aa  43.5  0.005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.74 
 
 		 309 aa  43.1  0.006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0328  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.4 
 
 		 278 aa  43.1  0.007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5980  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.09 
 
 		 292 aa  42.7  0.008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.853501  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  22.96 
 
 		 296 aa  42.7  0.009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  22.96 
 
 		 296 aa  42.4  0.01  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.37943 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>