More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2829 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012850  Rleg_2807  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  76.71 
 
 		 470 aa  765    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2031  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  71.34 
 
 		 492 aa  703    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2829  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 		 469 aa  966    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2548  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  76.45 
 
 		 470 aa  762    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.287828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1767  FAD linked oxidase domain-containing protein  63.38 
 
 		 469 aa  633  1e-180  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.101334  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1410  oxidoreductase, FAD-binding  63.38 
 
 		 468 aa  620  1e-176  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1985  FAD linked oxidase-like  62.45 
 
 		 465 aa  617  1e-175  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0845932  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1366  oxidoreductase, FAD-binding  63.17 
 
 		 465 aa  612  9.999999999999999e-175  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.866723  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2035  FAD linked oxidase domain-containing protein  61.71 
 
 		 475 aa  585  1e-166  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0118217 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1422  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  60.52 
 
 		 470 aa  578  1e-164  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.524008  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1937  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  61.49 
 
 		 484 aa  578  1e-164  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00614579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0483  FAD linked oxidase-like  61.93 
 
 		 468 aa  574  1.0000000000000001e-162  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.44731  normal  0.101905 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2348  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  60.22 
 
 		 474 aa  570  1e-161  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.152585 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6133  putative D-lactate dehydrogenase (D-lactate ferricytochrome C oxidoreductase)  61.1 
 
 		 473 aa  569  1e-161  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0750595 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0518  FAD linked oxidase domain protein  61.04 
 
 		 472 aa  564  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2026  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  60.83 
 
 		 475 aa  561  1e-158  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0174906  normal  0.155014 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3276  FAD linked oxidase-like  61.76 
 
 		 472 aa  560  1e-158  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.734148  normal  0.868231 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4018  FAD linked oxidase domain protein  59.96 
 
 		 475 aa  555  1e-157  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.566577  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3364  FAD linked oxidase-like  60.39 
 
 		 475 aa  556  1e-157  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.025129 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1361  D-lactate dehydrogenase  58.82 
 
 		 468 aa  554  1e-156  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.555488 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1149  FAD linked oxidase domain-containing protein  57.33 
 
 		 467 aa  540  9.999999999999999e-153  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.930112 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1124  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  57.05 
 
 		 488 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.945144  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5949  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  59.34 
 
 		 472 aa  538  1e-151  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00822967 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2439  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  55.6 
 
 		 464 aa  532  1e-150  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.268315 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2900  FAD linked oxidase domain protein  54.85 
 
 		 472 aa  525  1e-148  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2787  FAD linked oxidase, C-terminal:FAD linked oxidase, N-terminal  56.07 
 
 		 476 aa  527  1e-148  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1292  glycolate oxidase, subunit GlcD, putative  56.17 
 
 		 469 aa  528  1e-148  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2494  FAD linked oxidase domain protein  55.73 
 
 		 472 aa  527  1e-148  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2664  putative D-lactate dehydrogenase (cytochrome) oxidoreductase protein  56.17 
 
 		 472 aa  524  1e-147  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.829393  normal  0.501651 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2415  glycolate oxidase, subunit GlcD, putative  56.1 
 
 		 469 aa  522  1e-147  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.576548  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3341  D-lactate dehydrogenase (acceptor: cytochrome)  56.1 
 
 		 469 aa  522  1e-147  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0332  putative glycolate oxidase, subunit GlcD  56.1 
 
 		 469 aa  522  1e-147  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3329  putative glycolate oxidase subunit  56.1 
 
 		 469 aa  522  1e-147  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0721  FAD linked oxidase domain protein  55.56 
 
 		 471 aa  521  1e-147  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.33027 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1193  putative glycolate oxidase, subunit GlcD  56.1 
 
 		 469 aa  522  1e-147  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2602  putative glycolate oxidase, subunit GlcD  56.1 
 
 		 469 aa  522  1e-147  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3295  putative glycolate oxidase subunit  56.1 
 
 		 469 aa  522  1e-147  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3821  FAD linked oxidase-like  55.33 
 
 		 469 aa  521  1e-146  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.303246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3977  putative FAD-binding oxidase  55.56 
 
 		 471 aa  519  1e-146  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0995058 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2651  FAD linked oxidase domain-containing protein  55.56 
 
 		 469 aa  520  1e-146  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0846115 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0651  FAD linked oxidase domain-containing protein  55.11 
 
 		 469 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2924  FAD linked oxidase-like protein  55.53 
 
 		 495 aa  517  1.0000000000000001e-145  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.469068  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0251  FAD linked oxidase-like  54.89 
 
 		 452 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0703  FAD linked oxidase domain-containing protein  55.11 
 
 		 469 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.403494 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0625  FAD linked oxidase domain-containing protein  55.11 
 
 		 469 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0735  FAD linked oxidase domain-containing protein  54.89 
 
 		 469 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2513  FAD linked oxidase domain-containing protein  55.11 
 
 		 485 aa  518  1.0000000000000001e-145  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0268  FAD linked oxidase, C-terminal:FAD linked oxidase, N-terminal  55.63 
 
 		 462 aa  505  9.999999999999999e-143  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.843143 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0816  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  53 
 
 		 477 aa  504  9.999999999999999e-143  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.513401  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0705  FAD linked oxidase domain-containing protein  55.43 
 
 		 457 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0069  FAD linked oxidase domain-containing protein  53.1 
 
 		 473 aa  506  9.999999999999999e-143  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.881498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1787  putative glycolate oxidase, subunit GlcD  52.17 
 
 		 497 aa  502  1e-141  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0959  putative glycolate oxidase, subunit GlcD  52.17 
 
 		 477 aa  503  1e-141  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0224  putative glycolate oxidase, subunit GlcD  52.17 
 
 		 497 aa  501  1e-141  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00834249  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1873  putative glycolate oxidase, subunit GlcD  52.17 
 
 		 497 aa  501  1e-141  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0337  D-lactate dehydrogenase (acceptor: cytochrome)  52.39 
 
 		 497 aa  504  1e-141  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1377  putative glycolate oxidase, subunit GlcD  52.17 
 
 		 497 aa  501  1e-141  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0281382  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0419  putative glycolate oxidase, subunit GlcD  52.17 
 
 		 497 aa  501  1e-141  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.584386  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1299  FAD linked oxidase-like  53.66 
 
 		 456 aa  499  1e-140  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.913204  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0111  FAD linked oxidase-like  52.71 
 
 		 473 aa  499  1e-140  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.567354 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2120  putative D-lactate dehydrogenase (cytochrome), FAD/FMN-containing oxidoreductase  53.88 
 
 		 457 aa  497  1e-139  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.312623  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0795  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  54.1 
 
 		 457 aa  498  1e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.442237  normal  0.447341 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0095  FAD linked oxidase domain-containing protein  53.54 
 
 		 474 aa  489  1e-137  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0052  FAD linked oxidase domain protein  52.54 
 
 		 474 aa  489  1e-137  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1477  FAD linked oxidase-like  52.86 
 
 		 474 aa  491  1e-137  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0640821  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0025  FAD linked oxidase domain-containing protein  53.14 
 
 		 470 aa  490  1e-137  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.43762  normal  0.732346 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3774  putative oxidoreductase  52.8 
 
 		 499 aa  486  1e-136  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0098375 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1458  FAD linked oxidase domain protein  52.23 
 
 		 478 aa  479  1e-134  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.283837  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0064  FAD linked oxidase domain-containing protein  51 
 
 		 474 aa  476  1e-133  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0202  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  51.4 
 
 		 473 aa  476  1e-133  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.243944 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0177  FAD/FMN-containing dehydrogenase  53.71 
 
 		 460 aa  474  1e-132  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1811  FAD linked oxidase domain-containing protein  53.93 
 
 		 460 aa  474  1e-132  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.398266  normal  0.215495 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0144  FAD linked oxidase domain-containing protein  50.22 
 
 		 450 aa  473  1e-132  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000148801 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0040  Fis family transcriptional regulator  52.65 
 
 		 474 aa  469  1.0000000000000001e-131  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.19101 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0061  FAD linked oxidase domain protein  52.65 
 
 		 474 aa  469  1.0000000000000001e-131  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2187  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  53.85 
 
 		 459 aa  454  1.0000000000000001e-126  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1462  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  51.99 
 
 		 457 aa  446  1.0000000000000001e-124  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0777  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  49.67 
 
 		 482 aa  424  1e-117  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3278  glycolate oxidase, GlcD subunit  46.49 
 
 		 463 aa  417  9.999999999999999e-116  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0069912  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3536  putative glycolate oxidase, subunit GlcD  46.26 
 
 		 463 aa  415  9.999999999999999e-116  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3315  glycolate oxidase subunit GlcD  46.26 
 
 		 463 aa  414  1e-114  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.796094  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3230  glycolate oxidase, subunit D  46.49 
 
 		 463 aa  414  1e-114  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.64791  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3530  putative glycolate oxidase, subunit GlcD  46.26 
 
 		 463 aa  414  1e-114  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000134341 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3575  glycolate oxidase subunit GlcD  46.26 
 
 		 463 aa  414  1e-114  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.153752  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3515  putative glycolate oxidase, subunit GlcD  45.71 
 
 		 463 aa  409  1e-113  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3226  FAD linked oxidase domain-containing protein  45.52 
 
 		 463 aa  409  1e-113  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.339169  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3530  glycolate oxidase, subunit GlcD, putative  46.03 
 
 		 463 aa  408  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.692393  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1735  putative glycolate oxidase, subunit GlcD  45.27 
 
 		 463 aa  404  1e-111  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.975111  normal  0.083174 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2215  FAD linked oxidase domain-containing protein  45.12 
 
 		 461 aa  399  9.999999999999999e-111  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00498684  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2162  FAD linked oxidase domain-containing protein  45.68 
 
 		 447 aa  394  1e-108  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2526  FAD linked oxidase domain protein  46.4 
 
 		 457 aa  394  1e-108  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3159  FAD linked oxidase domain protein  44.42 
 
 		 454 aa  389  1e-107  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0780  FAD linked oxidase domain protein  45.56 
 
 		 447 aa  385  1e-106  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.231035  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3317  FAD linked oxidase domain protein  43.96 
 
 		 453 aa  379  1e-104  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_55040  d-lactate dehydrogenase  45.23 
 
 		 506 aa  377  1e-103  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC06950  D-lactate dehydrogenase (cytochrome) oxidoreductase protein, putative  42.19 
 
 		 565 aa  353  4e-96  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09066  D-lactate dehydrogenase (cytochrome) (AFU_orthologue; AFUA_7G02560)  44.55 
 
 		 601 aa  350  2e-95  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08317  D-lactate dehydrogenase (cytochrome), putative (AFU_orthologue; AFUA_1G17520)  42.96 
 
 		 560 aa  341  2e-92  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.900406 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0540  FAD linked oxidase domain protein  43.5 
 
 		 470 aa  332  1e-89  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.299448  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2410  FAD linked oxidase-like  42.51 
 
 		 474 aa  330  3e-89  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>