23 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_1004 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_1004  LicD family protein  100 
 
 		 281 aa  587  1e-167  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0988018  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2035  LicD family protein  54.8 
 
 		 286 aa  342  4e-93  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.450228  normal  0.03368 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2033  LicD family protein  37.45 
 
 		 284 aa  203  3e-51  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.412766  hitchhiker  0.000530756 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1000  LicD family protein  30.96 
 
 		 307 aa  156  4e-37  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0917  licD family protein  31.54 
 
 		 270 aa  128  8.000000000000001e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.0000000119843  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14540  LPS biosynthesis protein  28.67 
 
 		 602 aa  105  6e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.18006 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05870  LPS biosynthesis protein  24.72 
 
 		 284 aa  100  3e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000878073 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1458  lipopolysaccharide choline phosphotransferase  29.48 
 
 		 266 aa  93.6  4e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0589  LicD family protein  26.28 
 
 		 266 aa  89.7  5e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000965792  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2440  LicD family protein  25.1 
 
 		 273 aa  85.5  9e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12330  LPS biosynthesis protein  23.08 
 
 		 322 aa  85.1  0.000000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.806434  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1418  polysaccharide biosynthesis protein, putative  23.77 
 
 		 274 aa  81.6  0.00000000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.792739  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1746  LicD family protein  25.97 
 
 		 319 aa  80.1  0.00000000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2589  LicD family protein  25.55 
 
 		 284 aa  74.7  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2420  LicD family protein  26.1 
 
 		 277 aa  74.7  0.000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.295674  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12380  LPS biosynthesis protein  25.64 
 
 		 261 aa  73.9  0.000000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0727  lipopolysaccharide cholinephosphotransferase  36.67 
 
 		 218 aa  71.2  0.00000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.257586  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05940  LPS biosynthesis protein  31.36 
 
 		 290 aa  69.3  0.00000000007  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0032299  hitchhiker  0.000000000543053 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14490  LPS biosynthesis protein  24.66 
 
 		 540 aa  68.6  0.0000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.71965  normal  0.345378 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05850  LPS biosynthesis protein  27.94 
 
 		 290 aa  65.5  0.0000000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000114788 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1186  LICD Protein Family  37.31 
 
 		 384 aa  61.2  0.00000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1016  LicD family protein  23.05 
 
 		 315 aa  59.3  0.00000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1750  LPS biosynthesis protein-like protein  37.5 
 
 		 338 aa  53.5  0.000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>