23 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_1000 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_1000  LicD family protein  100 
 
 		 307 aa  640    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2033  LicD family protein  49.29 
 
 		 284 aa  296  2e-79  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.412766  hitchhiker  0.000530756 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2035  LicD family protein  32.25 
 
 		 286 aa  164  1.0000000000000001e-39  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.450228  normal  0.03368 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1004  LicD family protein  30.96 
 
 		 281 aa  156  5.0000000000000005e-37  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0988018  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14540  LPS biosynthesis protein  34.73 
 
 		 602 aa  146  4.0000000000000006e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.18006 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0917  licD family protein  31.87 
 
 		 270 aa  105  1e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.0000000119843  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2589  LicD family protein  27.08 
 
 		 284 aa  95.9  8e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1458  lipopolysaccharide choline phosphotransferase  29.15 
 
 		 266 aa  94.7  2e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0589  LicD family protein  26.97 
 
 		 266 aa  86.7  5e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000965792  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1418  polysaccharide biosynthesis protein, putative  27.76 
 
 		 274 aa  82  0.00000000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.792739  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05940  LPS biosynthesis protein  26.62 
 
 		 290 aa  78.6  0.0000000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0032299  hitchhiker  0.000000000543053 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05870  LPS biosynthesis protein  28.01 
 
 		 284 aa  77.8  0.0000000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000878073 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1746  LicD family protein  28.02 
 
 		 319 aa  76.6  0.0000000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14490  LPS biosynthesis protein  23.84 
 
 		 540 aa  75.9  0.0000000000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.71965  normal  0.345378 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05850  LPS biosynthesis protein  26.03 
 
 		 290 aa  75.1  0.000000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000114788 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1750  LPS biosynthesis protein-like protein  27.86 
 
 		 338 aa  74.7  0.000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2420  LicD family protein  26.74 
 
 		 277 aa  74.3  0.000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.295674  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12330  LPS biosynthesis protein  22.33 
 
 		 322 aa  72  0.00000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.806434  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2440  LicD family protein  51.67 
 
 		 273 aa  71.2  0.00000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1186  LICD Protein Family  24.63 
 
 		 384 aa  70.5  0.00000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12380  LPS biosynthesis protein  24.42 
 
 		 261 aa  67  0.0000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0727  lipopolysaccharide cholinephosphotransferase  43.1 
 
 		 218 aa  62.8  0.000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.257586  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1016  LicD family protein  44.07 
 
 		 315 aa  52.8  0.000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>