25 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1186 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1186  LICD Protein Family  100 
 
 		 384 aa  800    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1750  LPS biosynthesis protein-like protein  30.71 
 
 		 338 aa  112  1.0000000000000001e-23  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1746  LicD family protein  27.76 
 
 		 319 aa  106  6e-22  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0589  LicD family protein  26.67 
 
 		 266 aa  87.4  4e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000965792  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14540  LPS biosynthesis protein  25.36 
 
 		 602 aa  76.6  0.0000000000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.18006 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05870  LPS biosynthesis protein  48.53 
 
 		 284 aa  74.7  0.000000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000878073 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05940  LPS biosynthesis protein  53.45 
 
 		 290 aa  73.9  0.000000000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0032299  hitchhiker  0.000000000543053 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0917  licD family protein  41.79 
 
 		 270 aa  72.4  0.00000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.0000000119843  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2035  LicD family protein  43.06 
 
 		 286 aa  72.8  0.00000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.450228  normal  0.03368 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12380  LPS biosynthesis protein  24.9 
 
 		 261 aa  71.6  0.00000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1000  LicD family protein  24.63 
 
 		 307 aa  70.5  0.00000000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2440  LicD family protein  24.81 
 
 		 273 aa  69.7  0.00000000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1458  lipopolysaccharide choline phosphotransferase  31.45 
 
 		 266 aa  69.7  0.00000000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2420  LicD family protein  45.9 
 
 		 277 aa  68.9  0.0000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.295674  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2033  LicD family protein  47.62 
 
 		 284 aa  69.3  0.0000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.412766  hitchhiker  0.000530756 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1016  LicD family protein  40.54 
 
 		 315 aa  66.6  0.0000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0727  lipopolysaccharide cholinephosphotransferase  30.28 
 
 		 218 aa  65.9  0.000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.257586  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14490  LPS biosynthesis protein  36.36 
 
 		 540 aa  62  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.71965  normal  0.345378 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1004  LicD family protein  37.31 
 
 		 281 aa  61.2  0.00000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0988018  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05850  LPS biosynthesis protein  40 
 
 		 290 aa  58.2  0.0000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000114788 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1418  polysaccharide biosynthesis protein, putative  28.69 
 
 		 274 aa  58.5  0.0000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.792739  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2589  LicD family protein  28.68 
 
 		 284 aa  55.5  0.000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0603  hypothetical protein  51.35 
 
 		 246 aa  49.3  0.0001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.0000500963  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2618  hypothetical protein  38.78 
 
 		 281 aa  48.9  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0296  hypothetical protein  29.41 
 
 		 398 aa  45.4  0.002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.840944  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>