More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_1312 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_1312  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  100 
 
 
341 aa  664    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0502064  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1714  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  41.06 
 
 
309 aa  231  9e-60  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.280932  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1923  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  38.76 
 
 
296 aa  227  3e-58  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000000238794  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2852  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  41.39 
 
 
297 aa  225  9e-58  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0134215  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3602  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  44.86 
 
 
302 aa  211  1e-53  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2614  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  39.94 
 
 
300 aa  203  4e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1173  tartronate semialdehyde reductase  36.47 
 
 
296 aa  202  6e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3094  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  39.1 
 
 
303 aa  188  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0518605 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0261  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  38.37 
 
 
305 aa  187  2e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0646517 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1704  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  38.12 
 
 
308 aa  186  4e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.542696  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3990  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  36.04 
 
 
303 aa  180  4e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2389  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein  33.33 
 
 
289 aa  179  9e-44  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3343  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  34.81 
 
 
303 aa  178  1e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3742  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  38.72 
 
 
303 aa  177  2e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2927  tartronate semialdehyde reductase  37.08 
 
 
299 aa  175  9e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.378474 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3351  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  37.61 
 
 
303 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.561404  hitchhiker  0.00525216 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0081  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  34.25 
 
 
292 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.280871 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7094  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  38.27 
 
 
293 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.444897  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02990  tartronate semialdehyde reductase  35.78 
 
 
296 aa  173  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0580  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  35.78 
 
 
296 aa  173  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1160  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  37.77 
 
 
295 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.206524  normal  0.0135112 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0575  tartronate semialdehyde reductase  35.78 
 
 
296 aa  173  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08160  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  36.7 
 
 
298 aa  173  3.9999999999999995e-42  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02941  hypothetical protein  35.78 
 
 
296 aa  173  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3314  tartronate semialdehyde reductase  35.78 
 
 
294 aa  172  5e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3420  tartronate semialdehyde reductase  35.78 
 
 
294 aa  172  5e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4437  tartronate semialdehyde reductase  35.78 
 
 
294 aa  172  5e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.211957 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3603  tartronate semialdehyde reductase  35.78 
 
 
294 aa  172  5e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3233  tartronate semialdehyde reductase  35.78 
 
 
294 aa  172  5e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1143  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  36.84 
 
 
295 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.200546 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6528  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  35.69 
 
 
297 aa  172  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.186276  normal  0.100696 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0845  tartronate semialdehyde reductase  35.78 
 
 
294 aa  171  1e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1177  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  36.53 
 
 
295 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.383553  normal  0.478459 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00459  tartronate semialdehyde reductase, NADH-dependent  34.78 
 
 
292 aa  169  6e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3441  tartronate semialdehyde reductase  35.47 
 
 
296 aa  169  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00464  hypothetical protein  34.78 
 
 
292 aa  169  6e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3607  tartronate semialdehyde reductase  35.47 
 
 
296 aa  169  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.680577  normal  0.959534 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1632  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  35.84 
 
 
303 aa  169  6e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3438  tartronate semialdehyde reductase  35.47 
 
 
296 aa  169  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3546  tartronate semialdehyde reductase  35.47 
 
 
296 aa  169  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.370176  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3510  tartronate semialdehyde reductase  35.47 
 
 
296 aa  169  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.900889  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3103  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  34.78 
 
 
292 aa  169  7e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3113  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  34.78 
 
 
292 aa  169  7e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.327741 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1123  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  36.42 
 
 
299 aa  169  7e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.356226 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0546  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  34.78 
 
 
292 aa  169  7e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3624  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  32.83 
 
 
297 aa  169  7e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4859  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  36.31 
 
 
297 aa  168  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.748222  normal  0.158599 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0583  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  34.78 
 
 
292 aa  168  1e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1251  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  37.38 
 
 
298 aa  168  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4864  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase GcxR  33.44 
 
 
295 aa  168  1e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.902474  normal  0.691773 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0568  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  34.16 
 
 
292 aa  168  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1500  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  35.15 
 
 
299 aa  167  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.921564  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1933  oxidoreductase protein  35.67 
 
 
290 aa  167  2e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.508408  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0610  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  34.05 
 
 
292 aa  167  2e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0566  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  34.16 
 
 
292 aa  168  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0573  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  34.16 
 
 
292 aa  168  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0552  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  34.05 
 
 
292 aa  167  2e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4274  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  36.22 
 
 
295 aa  168  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.347219  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2487  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  37.31 
 
 
288 aa  167  2.9999999999999998e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3864  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  32.52 
 
 
297 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0721878  normal  0.335239 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0594  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  32.63 
 
 
299 aa  167  2.9999999999999998e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.84188  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3690  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  34.76 
 
 
292 aa  167  2.9999999999999998e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0627  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  33.85 
 
 
292 aa  166  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1570  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  32.22 
 
 
297 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.101448  normal  0.880113 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1712  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  34.58 
 
 
298 aa  165  8e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.032164  normal  0.768061 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4299  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  31.91 
 
 
297 aa  165  9e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0245  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  35.67 
 
 
304 aa  165  9e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1159  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  35.56 
 
 
292 aa  165  1.0000000000000001e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.997729  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0555  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  37.5 
 
 
299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0811  tartronate semialdehyde reductase  33.03 
 
 
294 aa  163  3e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0958  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  33.03 
 
 
299 aa  163  5.0000000000000005e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3437  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  35.06 
 
 
292 aa  163  5.0000000000000005e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3393  tartronate semialdehyde reductase  34.86 
 
 
294 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3567  tartronate semialdehyde reductase  34.56 
 
 
296 aa  162  9e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.795052 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3956  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  34.14 
 
 
302 aa  162  9e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0172  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  34.15 
 
 
309 aa  162  9e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.798657  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3831  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  31.31 
 
 
296 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45020  putative oxidoreductase  31.31 
 
 
296 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.820061  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0209  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  32.42 
 
 
294 aa  160  2e-38  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8654  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  36.14 
 
 
295 aa  160  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3450  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  33.64 
 
 
307 aa  160  3e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1265  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  35.6 
 
 
284 aa  160  3e-38  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.92382  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0957  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  32.93 
 
 
305 aa  159  5e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1596  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  32.22 
 
 
297 aa  159  7e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00205037  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21180  putative 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  34.89 
 
 
296 aa  159  7e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.542348 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2369  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  33.74 
 
 
292 aa  159  8e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2972  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  37.27 
 
 
310 aa  159  8e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.856928  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3339  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  35.78 
 
 
284 aa  159  9e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00384515 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0236  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  34.77 
 
 
284 aa  159  9e-38  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.355607  normal  0.156106 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0975  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  36.17 
 
 
299 aa  158  1e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.247687  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1333  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  33.22 
 
 
299 aa  158  1e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000839454 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1305  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  33.22 
 
 
299 aa  158  1e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2771  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  33.33 
 
 
296 aa  158  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0891841  normal  0.489794 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5347  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding protein  36.89 
 
 
305 aa  157  2e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.224641  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0699  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  36.89 
 
 
286 aa  157  2e-37  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000621245 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3196  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  36.88 
 
 
296 aa  158  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00788547 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5436  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  36.89 
 
 
305 aa  157  2e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.790109 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0722  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  35.47 
 
 
296 aa  156  4e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3553  tartronate semialdehyde reductase  35.47 
 
 
294 aa  156  4e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3293  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  31.71 
 
 
306 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>