48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_3320 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_3450  hypothetical protein  100 
 
 		 41 aa  86.3  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000321916  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3320  hypothetical protein  100 
 
 		 41 aa  86.3  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000870809  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3549  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  68.42 
 
 		 449 aa  53.5  0.0000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.029326  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0814  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  65.71 
 
 		 444 aa  51.6  0.000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.034918  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0848  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  66.67 
 
 		 442 aa  50.8  0.000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.000210259  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3390  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  67.74 
 
 		 449 aa  46.6  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02988  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2519  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  76 
 
 		 438 aa  46.6  0.0001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.163711  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2030  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  66.67 
 
 		 440 aa  44.7  0.0005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000223089  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1655  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  61.29 
 
 		 452 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.200595  normal  0.381128 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4063  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  61.29 
 
 		 452 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.395804  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1256  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  61.29 
 
 		 452 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00437734 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1216  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  61.29 
 
 		 452 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.374519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4045  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  72 
 
 		 433 aa  43.9  0.0008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000364507  normal  0.378409 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002503  23S rRNA (Uracil-5-)-methyltransferase rumA  72 
 
 		 439 aa  43.9  0.0008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.088353  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3088  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  72 
 
 		 433 aa  43.9  0.0008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000282752  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2126  23S rRNA methyltransferase  51.61 
 
 		 476 aa  43.9  0.0008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.965938  normal  0.654469 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3089  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  72 
 
 		 433 aa  43.5  0.0009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000243199  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0903  RNA methyltransferase, TrmA family  72 
 
 		 433 aa  43.5  0.0009  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000019395  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02592  hypothetical protein  72 
 
 		 433 aa  43.5  0.0009  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00971306  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02630  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase  72 
 
 		 433 aa  43.5  0.0009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00985329  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2929  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  72 
 
 		 433 aa  43.5  0.0009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000010107  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0927  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  72 
 
 		 433 aa  43.5  0.0009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000132702  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03529  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  72 
 
 		 439 aa  43.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2923  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  72 
 
 		 433 aa  43.5  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00164007  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3277  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  58.06 
 
 		 431 aa  42.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0400124  normal  0.0635589 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3237  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  62.07 
 
 		 431 aa  42.4  0.002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0193521  normal  0.0341148 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37070  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  62.07 
 
 		 454 aa  42.4  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.584008  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3098  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  62.07 
 
 		 431 aa  42.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000185167  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3116  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  62.07 
 
 		 431 aa  42.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0559824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3163  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  58.06 
 
 		 431 aa  42.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0558904  normal  0.0471726 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3179  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  62.07 
 
 		 431 aa  42.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0330224  normal  0.448815 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2239  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  56.67 
 
 		 449 aa  42.7  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1102  RNA methyltransferase, TrmA family  57.14 
 
 		 446 aa  42  0.003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1048  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  60 
 
 		 455 aa  41.6  0.004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00366869  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2332  RNA methyltransferase, TrmA family  60 
 
 		 478 aa  41.2  0.004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.45026 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0529  RNA methyltransferase, TrmA family protein  58.06 
 
 		 444 aa  41.2  0.004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0101242  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0094  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  64 
 
 		 439 aa  41.6  0.004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.146255  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2893  RNA methyltransferase, TrmA family  53.33 
 
 		 572 aa  41.2  0.005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1523  deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM  52.94 
 
 		 411 aa  41.2  0.005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1989  RNA methyltransferase, TrmA family  43.75 
 
 		 451 aa  40.8  0.006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0553091  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2518  RNA methyltransferase, TrmA family  58.62 
 
 		 482 aa  40.8  0.006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.391256  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1480  RNA methyltransferase, TrmA family  58.62 
 
 		 442 aa  40.8  0.007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0590  RNA methyltransferase, TrmA family  64 
 
 		 452 aa  40.8  0.007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.121199 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02120  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  50 
 
 		 543 aa  40.4  0.008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2558  RNA methyltransferase, TrmA family  48.28 
 
 		 480 aa  40.4  0.008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2737  RNA methyltransferase  60 
 
 		 476 aa  40.4  0.008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1332  RNA methyltransferase, TrmA family  53.33 
 
 		 447 aa  40  0.009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000710273 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1354  23S rRNA 5-methyluridine methyltransferase  53.33 
 
 		 445 aa  40  0.01  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.961347  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>