More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_0979 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010159  YpAngola_A3362  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  100 
 
 		 360 aa  744    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0979  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 360 aa  744    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0927  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  99.72 
 
 		 360 aa  743    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3600  LacI family transcription regulator  71.39 
 
 		 360 aa  531  1e-150  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0280148  normal  0.188315 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2628  transcriptional regulator, LacI family  56.67 
 
 		 356 aa  422  1e-117  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2354  transcriptional regulator, LacI family  55.71 
 
 		 356 aa  416  9.999999999999999e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1641  transcriptional regulator, LacI family  57.48 
 
 		 357 aa  414  1e-114  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.236948  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03519  putative transcriptional regulator  54.04 
 
 		 364 aa  408  1e-113  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1314  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  53.2 
 
 		 357 aa  409  1e-113  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.499254  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03470  hypothetical protein  53.44 
 
 		 356 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1610  transcriptional regulator, LacI family  55.36 
 
 		 356 aa  395  1e-109  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.42043  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1697  transcriptional regulator, LacI family  30.26 
 
 		 351 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3669  transcriptional regulator, LacI family  31.12 
 
 		 349 aa  138  2e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.555961  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1883  transcriptional regulator, LacI family  30 
 
 		 350 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.275447 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0717  transcriptional regulator, LacI family  30.12 
 
 		 344 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3520  transcriptional regulator, LacI family  30.28 
 
 		 349 aa  126  6e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0665  transcriptional regulator, LacI family  30.41 
 
 		 343 aa  122  6e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0509948  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5085  transcriptional regulator, LacI family  24.2 
 
 		 359 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.127627 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5365  transcriptional regulator, LacI family  24.04 
 
 		 345 aa  110  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000864241  normal  0.850622 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1067  transcriptional regulator, LacI family  25.5 
 
 		 349 aa  108  2e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0326258  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5764  transcriptional regulator LacI family  25.67 
 
 		 337 aa  103  6e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.73775  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1600  LacI family transcription regulator  28.08 
 
 		 328 aa  102  1e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1550  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.79 
 
 		 328 aa  102  1e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000390905  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.18 
 
 		 342 aa  100  3e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0892  LacI family transcription regulator  26.85 
 
 		 346 aa  100  5e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00803151  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1559  alanine racemase  27.35 
 
 		 333 aa  99.8  7e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000066632  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0961  transcriptional regulator, LacI family  25.87 
 
 		 359 aa  99  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3324  LacI family transcription regulator  29.55 
 
 		 347 aa  98.6  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370251  normal  0.267565 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13210  transcriptional regulator, LacI family  26.02 
 
 		 345 aa  98.2  2e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  25 
 
 		 335 aa  98.6  2e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0699  transcriptional regulator, LacI family  24.93 
 
 		 341 aa  97.8  2e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2311  transcriptional regulator, LacI family  25.58 
 
 		 335 aa  97.8  3e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000106518  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3579  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.01 
 
 		 344 aa  97.1  4e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  25.57 
 
 		 338 aa  96.7  6e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.61 
 
 		 338 aa  95.5  1e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.46 
 
 		 342 aa  95.5  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00429  transcriptional repressor, LacI family protein  27.76 
 
 		 334 aa  95.9  1e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.46 
 
 		 342 aa  95.5  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3676  LacI family transcription regulator  26.71 
 
 		 323 aa  95.1  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.259551 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0632  LacI family transcription regulator  24.36 
 
 		 344 aa  94.7  2e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  26.44 
 
 		 339 aa  94.7  2e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  24.7 
 
 		 335 aa  94.7  2e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000337  ribose operon repressor  23.68 
 
 		 340 aa  94.7  2e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3049  transcriptional regulator, LacI family  23.91 
 
 		 336 aa  94.4  3e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.490257  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0285  alanine racemase  27.92 
 
 		 337 aa  94.4  3e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  24.4 
 
 		 335 aa  94.4  3e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13150  transcriptional regulator, LacI family  25.73 
 
 		 344 aa  94.4  3e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  27.33 
 
 		 337 aa  94  4e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1086  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  24.05 
 
 		 325 aa  93.6  5e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2245  LacI family transcription regulator  26.02 
 
 		 338 aa  93.6  5e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.115687  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  22.54 
 
 		 336 aa  93.6  5e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0168  DNA-binding transcriptional regulator CytR  24.64 
 
 		 347 aa  92.8  7e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4188  sugar-binding transcriptional regulator, LacI family  24.29 
 
 		 338 aa  92.4  1e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.319231  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0918  transcriptional regulator, LacI family  27.64 
 
 		 349 aa  92  2e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1186  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  23.73 
 
 		 337 aa  91.7  2e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0999  LacI family transcription regulator  23.73 
 
 		 337 aa  91.7  2e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  25.86 
 
 		 333 aa  92  2e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0382  transcriptional regulator, LacI family  28.85 
 
 		 360 aa  92  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1002  LacI family transcription regulator  23.73 
 
 		 337 aa  91.7  2e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  24.21 
 
 		 328 aa  91.7  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1003  LacI family transcription regulator  23.73 
 
 		 337 aa  91.3  2e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  25.51 
 
 		 335 aa  91.7  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1164  sugar-binding transcriptional regulator, LacI family  23.73 
 
 		 337 aa  91.7  2e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0832  LacI family transcription regulator  25.44 
 
 		 346 aa  91.7  2e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  23.67 
 
 		 333 aa  91.3  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1277  LacI family transcription regulator  26.32 
 
 		 344 aa  91.7  2e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0780915  normal  0.320448 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  25 
 
 		 341 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  25 
 
 		 341 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  25 
 
 		 343 aa  90.9  3e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4007  transcriptional regulator, LacI family  26.33 
 
 		 343 aa  90.9  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.93 
 
 		 330 aa  90.9  3e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  25 
 
 		 341 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  25 
 
 		 330 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5456  alanine racemase  25.48 
 
 		 368 aa  91.3  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000537083  normal  0.747323 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  25 
 
 		 341 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  25 
 
 		 341 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  25 
 
 		 343 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  25 
 
 		 341 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1118  sugar-binding transcriptional regulator, LacI family  23.73 
 
 		 337 aa  90.5  4e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1873  LacI family response repressor  27.58 
 
 		 368 aa  90.5  4e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.845568  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0182  DNA-binding transcriptional regulator CytR  24.64 
 
 		 347 aa  90.5  4e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1601  alanine racemase  26.45 
 
 		 337 aa  90.5  4e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.520299  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  25.99 
 
 		 347 aa  90.1  5e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0226  LacI family transcription regulator  22.82 
 
 		 336 aa  90.1  5e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2029  transcriptional regulator, LacI family  25.57 
 
 		 337 aa  90.1  5e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2373  LacI family transcription regulator  31.88 
 
 		 346 aa  89.4  8e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  24.17 
 
 		 341 aa  89.4  8e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000181496  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1528  transcriptional regulator, LacI family  27.17 
 
 		 356 aa  89.7  8e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.126847  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2475  transcriptional regulator, LacI family  25.57 
 
 		 340 aa  89.4  9e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000000232076  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0911  transcriptional regulator, LacI family  23.53 
 
 		 332 aa  88.6  1e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  25.51 
 
 		 338 aa  88.6  1e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  25.44 
 
 		 342 aa  89  1e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4219  transcriptional repressor RbsR  24.56 
 
 		 332 aa  89  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.817954  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4363  LacI family transcription regulator  25.56 
 
 		 349 aa  89.4  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000162438  normal  0.697334 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0477  transcriptional regulator, LacI family  24.16 
 
 		 352 aa  89  1e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  23.63 
 
 		 331 aa  89  1e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  24.07 
 
 		 353 aa  89.4  1e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19800  transcriptional regulator, LacI family  24.71 
 
 		 336 aa  89.4  1e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4336  transcriptional regulator, LacI family  25.89 
 
 		 339 aa  88.6  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.563264  hitchhiker  0.000141472 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0892  LacI family transcription regulator  25.14 
 
 		 391 aa  87.8  2e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>