46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_0622 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_0622  P4 family phage/plasmid primase  100 
 
 		 477 aa  990    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.77951  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0946  D5 family nucleoside triphosphatase  76.12 
 
 		 605 aa  735    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0710  P4 family phage/plasmid primase  51.7 
 
 		 775 aa  485  1e-136  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3269  P4 family phage/plasmid primase  50.57 
 
 		 775 aa  480  1e-134  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.592172  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3110  plasmid and phage DNA primase  50.11 
 
 		 777 aa  462  1e-129  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.926213  normal  0.17029 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4847  bacteriophage P4 DNA primase  49.89 
 
 		 776 aa  460  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.645663  normal  0.521901 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2964  bacteriophage P4 DNA primase  50.11 
 
 		 777 aa  461  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000273638 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0320  putative nucleoside triphosphatase, D5 family  50.34 
 
 		 777 aa  457  1e-127  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.382888 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0890  D5 family nucleoside triphosphatase  49.44 
 
 		 763 aa  455  1e-127  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3860  D5 family nucleoside triphosphatase  49.21 
 
 		 763 aa  452  1.0000000000000001e-126  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.503803  normal  0.0447982 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4012  D5 family nucleoside triphosphatase  49.21 
 
 		 777 aa  450  1e-125  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1053  P4 family phage/plasmid primase  49.43 
 
 		 777 aa  450  1e-125  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0043  P4 family phage/plasmid primase  49.43 
 
 		 777 aa  451  1e-125  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0533  phage DNA primase-like protein  32.29 
 
 		 636 aa  231  2e-59  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0606801  n/a   
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4492  phage/plasmid primase, P4 family  26.63 
 
 		 1172 aa  102  2e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4533  P4 family phage/plasmid primase  26.63 
 
 		 1172 aa  102  2e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5628  P4 family phage/plasmid primase  25.56 
 
 		 1145 aa  93.6  8e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000865428 
 
 
-
 
NC_011732  PCC7424_5581  primase P4  26.5 
 
 		 1000 aa  90.5  6e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2662  Phage/plasmid primase P4-like protein  24.62 
 
 		 632 aa  86.7  8e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1166  hypothetical protein  25.43 
 
 		 467 aa  73.9  0.000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013749  Htur_5275  phage/plasmid primase, P4 family  27.23 
 
 		 1285 aa  68.2  0.0000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.413265  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3115  P4 family phage/plasmid primase  23.64 
 
 		 695 aa  67  0.0000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00327339  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2911  P4 family phage/plasmid primase  21.2 
 
 		 769 aa  66.6  0.0000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0665  P4 family phage/plasmid primase  23.86 
 
 		 463 aa  65.9  0.000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2797  P4 family phage/plasmid primase  25.2 
 
 		 782 aa  65.1  0.000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1052  plasmid/phage primase  28.8 
 
 		 828 aa  59.3  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0990831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0879  hypothetical protein  24.21 
 
 		 738 aa  58.5  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5359  P4 family phage/plasmid primase  23.5 
 
 		 531 aa  57.8  0.0000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00485157  hitchhiker  0.00000000000000190106 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1367  P4 family phage/plasmid primase  25.32 
 
 		 524 aa  56.6  0.0000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.357272  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0564  P4 family phage/plasmid primase  22.99 
 
 		 739 aa  56.2  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.68492  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2258  phage DNA polymerase  21.52 
 
 		 542 aa  56.2  0.000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0217  P4 family phage/plasmid primase  24.07 
 
 		 486 aa  55.5  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.01089  unclonable  0.0000111311 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2363  P4 family phage/plasmid primase  20.62 
 
 		 900 aa  53.5  0.000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.134439  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4888  P4 family phage/plasmid primase  21.56 
 
 		 697 aa  52.8  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100684  normal  0.121248 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1986  P4 family phage/plasmid primase  23.4 
 
 		 717 aa  52.4  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1315  Phage/plasmid primase P4-like  20.7 
 
 		 771 aa  52  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2847  P4 family phage/plasmid primase  24.12 
 
 		 717 aa  50.8  0.00005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.318392  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1734  P4 family phage/plasmid primase  23.48 
 
 		 624 aa  50.8  0.00006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2865  P4 family phage/plasmid primase  23.71 
 
 		 717 aa  50.4  0.00008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0870344  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5167  hypothetical protein  24.86 
 
 		 472 aa  50.1  0.00009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011893  Mnod_8782  hypothetical protein  25.42 
 
 		 482 aa  49.7  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.242638  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1974  hypothetical protein  23.99 
 
 		 485 aa  48.9  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2551  P4 family phage/plasmid primase  27.56 
 
 		 507 aa  48.9  0.0002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00685324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1244  putative Phage / plasmid primase P4  24.9 
 
 		 749 aa  47.8  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.372159  normal  0.928701 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0819  phage DNA polymerase  20.06 
 
 		 501 aa  44.7  0.004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.020371  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0072  phage/plasmid DNA primase, putative  20.81 
 
 		 757 aa  43.9  0.006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.612885  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>