More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5591 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_5591  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  100 
 
 
264 aa  525  1e-148  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3632  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  62.26 
 
 
220 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0156802 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4076  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  61.32 
 
 
218 aa  271  7e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1257  amino acid ABC transporter membrane protein  58.49 
 
 
219 aa  258  5.0000000000000005e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0312743 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0791  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  55.19 
 
 
221 aa  231  1e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0218334  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5242  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.86 
 
 
226 aa  187  1e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2696  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.72 
 
 
225 aa  185  7e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.525187  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3974  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.62 
 
 
217 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0684  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  38.5 
 
 
221 aa  170  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0799785  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2697  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.75 
 
 
221 aa  170  3e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.817852  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3164  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.63 
 
 
493 aa  165  8e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.296252  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3046  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.5 
 
 
237 aa  163  2.0000000000000002e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.156389  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4840  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.53 
 
 
222 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.898949  decreased coverage  0.00597159 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2880  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.89 
 
 
221 aa  157  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.27836  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3564  Fis family transcriptional regulator  40 
 
 
221 aa  156  3e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4703  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.48 
 
 
492 aa  154  9e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1092  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.21 
 
 
227 aa  154  1e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.972278  normal  0.0193849 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0167  amino acid ABC transporter permease  38.54 
 
 
251 aa  154  2e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1919  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.44 
 
 
223 aa  154  2e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3297  amino acid ABC transporter permease  40.09 
 
 
223 aa  151  1e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0376  amino acid ABC transporter permease  41.38 
 
 
319 aa  149  4e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.45598 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5241  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.45 
 
 
222 aa  149  6e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0728  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.61 
 
 
221 aa  148  7e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000362636  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2856  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.91 
 
 
223 aa  148  7e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1045  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  36.84 
 
 
216 aa  146  3e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2786  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.6 
 
 
596 aa  145  5e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2368  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.91 
 
 
226 aa  145  5e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1039  amino acid ABC transporter permease  38.21 
 
 
222 aa  145  5e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  0.0386437 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4661  amino acid ABC transporter, permease protein  33.63 
 
 
218 aa  145  5e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.128052  hitchhiker  2.19299e-21 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0162  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.72 
 
 
222 aa  145  7.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2219  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.24 
 
 
596 aa  145  8.000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.118848  normal  0.796256 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4022  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.49 
 
 
221 aa  144  1e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000222759 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1460  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.05 
 
 
268 aa  144  1e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3230  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.76 
 
 
221 aa  144  1e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.680788  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5263  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.27 
 
 
221 aa  144  1e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2686  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.49 
 
 
221 aa  144  1e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.589624 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0608  amino acid ABC transporter permease  33.63 
 
 
218 aa  143  2e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0191188  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0552  glutamine ABC transporter permease  33.63 
 
 
218 aa  143  2e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0641  amino acid ABC transporter permease  33.63 
 
 
218 aa  143  2e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00751047  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4751  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.35 
 
 
224 aa  143  2e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.73498e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2879  glutamine ABC transporter permease protein  36.32 
 
 
219 aa  143  3e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0618158  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0988  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.72 
 
 
222 aa  143  3e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1161  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.91 
 
 
319 aa  143  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0329373  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1127  amino acid ABC transporter permease  39.35 
 
 
237 aa  142  4e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2001  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.93 
 
 
335 aa  142  4e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.11761  normal  0.680617 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0751  ABC-type amino acid transport system, permease and periplasmic component  35.91 
 
 
545 aa  142  4e-33  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0389728  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0469  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter, permease protein EhuC  42.05 
 
 
216 aa  142  5e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0553  glutamine ABC transporter permease  39.44 
 
 
214 aa  142  7e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000165212  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0554  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.18 
 
 
218 aa  142  8e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0698  amino acid ABC transporter, permease protein  33.33 
 
 
218 aa  142  8e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0553  glutamine ABC transporter permease  33.63 
 
 
218 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.421713  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0442  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40 
 
 
320 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0904  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.51 
 
 
246 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1052  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.25 
 
 
218 aa  141  9.999999999999999e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.233768  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3405  amino acid ABC transporter, permease protein  40.32 
 
 
263 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.679621  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5023  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  40 
 
 
320 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0963279  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4897  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40 
 
 
320 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.691189  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0590  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.95 
 
 
223 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0611  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.95 
 
 
223 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0709  amino acid ABC transporter, permease protein  32.74 
 
 
218 aa  139  3e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3518  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.6 
 
 
218 aa  140  3e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1297  glutamine ABC transporter permease protein  35.68 
 
 
219 aa  139  3e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0712519  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5073  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40 
 
 
320 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0445  amino acid permease  33.64 
 
 
222 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.957276 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0770  amino acid ABC transporter, permease protein  33.63 
 
 
218 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0678  amino acid ABC transporter, permease protein  37.26 
 
 
214 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0677  amino acid ABC transporter, permease protein  33.18 
 
 
218 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4331  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.76 
 
 
230 aa  139  6e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.322539  normal  0.212662 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0542  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.08 
 
 
233 aa  139  6e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0543  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.15 
 
 
214 aa  139  6e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3963  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.76 
 
 
230 aa  138  7.999999999999999e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.54526  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0136  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein/permease protein  36.49 
 
 
516 aa  138  8.999999999999999e-32  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000337877  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1595  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.43 
 
 
271 aa  138  8.999999999999999e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.500436  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2234  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.56 
 
 
255 aa  138  1e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.378867  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0716  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.45 
 
 
216 aa  138  1e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.267737  normal  0.0337978 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2765  amino acid ABC transporter permease  34.8 
 
 
596 aa  138  1e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5602  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.04 
 
 
241 aa  138  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3563  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.87 
 
 
219 aa  138  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4660  amino acid ABC transporter, permease protein  37.26 
 
 
214 aa  138  1e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.084926  hitchhiker  1.97521e-21 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1570  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40 
 
 
219 aa  138  1e-31  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.324967 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0724  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.6 
 
 
241 aa  137  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0710  amino acid ABC transporter, permease protein  38.03 
 
 
214 aa  137  2e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0977  glutamine ABC transporter permease protein  33.96 
 
 
219 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.034777  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0609  amino acid ABC transporter permease  38.5 
 
 
214 aa  137  2e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00355475  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0554  glutamine ABC transporter permease  38.5 
 
 
214 aa  137  2e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.282364  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0865  glutamine ABC transporter permease protein  33.96 
 
 
219 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.813603  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00418  ABC-type amino acid transport system permease component  34.8 
 
 
246 aa  137  2e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0642  amino acid ABC transporter permease  38.5 
 
 
214 aa  137  2e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00728334  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6165  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.31 
 
 
297 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0771  amino acid ABC transporter, permease protein  38.5 
 
 
214 aa  137  2e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.199916  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0699  amino acid ABC transporter, permease protein  38.5 
 
 
214 aa  137  2e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3695  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.95 
 
 
315 aa  137  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.538203  normal  0.259206 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0956  glutamine ABC transporter permease protein  33.96 
 
 
219 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0688555  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1366  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.56 
 
 
223 aa  137  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0893  glutamine ABC transporter permease protein  33.96 
 
 
219 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.110521  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0924  glutamine ABC transporter permease protein  33.96 
 
 
219 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0141353  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1532  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.29 
 
 
521 aa  137  2e-31  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000742364  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2538  glutamine ABC transporter permease protein  35.38 
 
 
219 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000998158  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0555  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.5 
 
 
214 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2054  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.72 
 
 
233 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>