More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4840 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4840  Endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 130 aa  267  4e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1155  endoribonuclease L-PSP family protein  85.04 
 
 		 127 aa  235  1e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0997  endoribonuclease L-PSP  82.68 
 
 		 127 aa  231  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00762  endoribonuclease L-PSP family protein  77.95 
 
 		 127 aa  214  4e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1582  endoribonuclease L-PSP  73.44 
 
 		 128 aa  211  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.193118 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1821  endoribonuclease L-PSP  75 
 
 		 128 aa  210  5.999999999999999e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.623023  normal  0.012204 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1523  endoribonuclease L-PSP  75 
 
 		 128 aa  209  1e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.383106 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1077  Endoribonuclease L-PSP  72.31 
 
 		 130 aa  208  2e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0180844  normal  0.0247338 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1736  endoribonuclease L-PSP  71.54 
 
 		 130 aa  205  2e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2055  Endoribonuclease L-PSP  71.54 
 
 		 130 aa  205  2e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.120204 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01013  hypothetical protein  71.88 
 
 		 128 aa  201  4e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2632  Endoribonuclease L-PSP  71.88 
 
 		 128 aa  201  4e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.763803  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1125  rutC protein  71.88 
 
 		 128 aa  201  4e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1128  rutC protein  71.88 
 
 		 128 aa  201  4e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2115  rutC protein  71.88 
 
 		 128 aa  201  4e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2585  endoribonuclease L-PSP  71.88 
 
 		 128 aa  201  4e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0607666 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01020  hypothetical protein  71.88 
 
 		 128 aa  201  4e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3980  endoribonuclease L-PSP  73.23 
 
 		 129 aa  197  6e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.370858 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3937  pyrimidine utilization protein C  62.02 
 
 		 130 aa  171  3.9999999999999995e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.166806  normal  0.0174959 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1403  endoribonuclease L-PSP  34.96 
 
 		 126 aa  94.7  4e-19  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000591811 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1940  putative endoribonuclease L-PSP  42.73 
 
 		 128 aa  91.7  3e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.049388  hitchhiker  0.000000582392 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2960  putative endoribonuclease L-PSP  40.91 
 
 		 129 aa  90.9  5e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0412  putative endoribonuclease L-PSP  34.65 
 
 		 127 aa  89.7  1e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0877  YjgF-like protein  37.21 
 
 		 129 aa  89  2e-17  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0610  putative endoribonuclease L-PSP  34.23 
 
 		 126 aa  86.7  9e-17  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  hitchhiker  0.00344225  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0531  putative endoribonuclease L-PSP  35.71 
 
 		 126 aa  86.3  1e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000228568  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0518  putative endoribonuclease L-PSP  35.71 
 
 		 126 aa  86.3  1e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000619405  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1258  putative endoribonuclease L-PSP  35.2 
 
 		 126 aa  86.7  1e-16  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.768034  normal  0.325919 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2463  endoribonuclease L-PSP  33.93 
 
 		 125 aa  85.5  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173812  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0041  endoribonuclease L-PSP  34.82 
 
 		 124 aa  84.7  4e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3893  Endoribonuclease L-PSP  35.07 
 
 		 134 aa  84.7  4e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.338288 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0943  endoribonuclease L-PSP  34.15 
 
 		 126 aa  84.3  5e-16  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0278799  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0043  endoribonuclease L-PSP  34.82 
 
 		 124 aa  84.3  5e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00285503  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0144  putative endoribonuclease L-PSP  34.96 
 
 		 126 aa  82.8  0.000000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00510728  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1664  endoribonuclease L-PSP  33.88 
 
 		 124 aa  82.4  0.000000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1096  endoribonuclease L-PSP  35.2 
 
 		 126 aa  82.4  0.000000000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1265  endoribonuclease L-PSP  38.39 
 
 		 124 aa  82  0.000000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0042  putative endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 124 aa  81.6  0.000000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2343  putative endoribonuclease L-PSP  34.21 
 
 		 143 aa  82  0.000000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.435007  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0045  endoribonuclease L-PSP, putative  36.61 
 
 		 127 aa  80.9  0.000000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5264  putative endoribonuclease L-PSP  35.71 
 
 		 124 aa  80.9  0.000000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.574263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08201  putative translation initiation inhibitor, yjgF family protein  36.51 
 
 		 132 aa  80.9  0.000000000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1336  endoribonuclease L-PSP  30.33 
 
 		 125 aa  80.5  0.000000000000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3783  endoribonuclease L-PSP  38.94 
 
 		 133 aa  80.5  0.000000000000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1694  putative endoribonuclease L-PSP  35.71 
 
 		 124 aa  80.1  0.000000000000009  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0052  putative endoribonuclease L-PSP  35.71 
 
 		 124 aa  80.1  0.00000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000180566  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5927  endoribonuclease L-PSP  35.48 
 
 		 129 aa  79.7  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0894752  normal  0.145489 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3898  putative endoribonuclease L-PSP  36.28 
 
 		 123 aa  79.3  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0042  putative endoribonuclease L-PSP  36.61 
 
 		 124 aa  79.3  0.00000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0493131  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0046  endoribonuclease L-PSP  35.71 
 
 		 124 aa  79  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0042  pur operon repressor  35.71 
 
 		 124 aa  79  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0042  pur operon repressor  35.71 
 
 		 124 aa  79  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.478295  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0614  putative endoribonuclease L-PSP  30.95 
 
 		 127 aa  79  0.00000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0046  endoribonuclease L-PSP  35.71 
 
 		 124 aa  79  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0056  putative endoribonuclease L-PSP  35.71 
 
 		 124 aa  79  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0053  putative endoribonuclease L-PSP  35.71 
 
 		 124 aa  79  0.00000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1191  endoribonuclease L-PSP  33.08 
 
 		 227 aa  79  0.00000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.42742  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1213  endoribonuclease L-PSP  35.59 
 
 		 129 aa  77.8  0.00000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_920  translation initiation inhibitor, yjgF family  36.04 
 
 		 138 aa  77.8  0.00000000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000322084  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0245  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 126 aa  77.8  0.00000000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.836469  normal  0.336264 
 
 
-
 
NC_006684  CNB05500  conserved hypothetical protein  34.96 
 
 		 156 aa  77.4  0.00000000000006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  hitchhiker  0.000381478  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0809  endoribonuclease L-PSP  37.84 
 
 		 124 aa  77.4  0.00000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2798  endoribonuclease L-PSP  33.64 
 
 		 126 aa  77.4  0.00000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000409658  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3120  endoribonuclease L-PSP  34.23 
 
 		 116 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2337  putative endoribonuclease L-PSP  36.79 
 
 		 127 aa  76.6  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00394631 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2283  endoribonuclease L-PSP  32.46 
 
 		 126 aa  75.9  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000755149  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1674  endoribonuclease L-PSP  32.74 
 
 		 127 aa  75.5  0.0000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0496  endoribonuclease L-PSP  37.27 
 
 		 124 aa  75.9  0.0000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000921293  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20920  putative endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 125 aa  75.5  0.0000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002892  endoribonuclease L-PSP  35.14 
 
 		 126 aa  75.1  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1312  putative endoribonuclease L-PSP  35.09 
 
 		 128 aa  74.7  0.0000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0174  endoribonuclease L-PSP  32.73 
 
 		 125 aa  74.7  0.0000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.282996 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0414  putative endoribonuclease L-PSP  31.97 
 
 		 124 aa  74.7  0.0000000000004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.59864  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3109  endoribonuclease L-PSP  35.45 
 
 		 123 aa  74.3  0.0000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0400559 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1894  putative endoribonuclease L-PSP  31.53 
 
 		 125 aa  73.9  0.0000000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.373962  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1716  endoribonuclease L-PSP  30.33 
 
 		 124 aa  73.9  0.0000000000007  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.220452  decreased coverage  0.00000724646 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1301  endoribonuclease L-PSP  31.25 
 
 		 130 aa  73.9  0.0000000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0965  endoribonuclease L-PSP  33.08 
 
 		 141 aa  73.6  0.0000000000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0931  endoribonuclease L-PSP  32.73 
 
 		 125 aa  73.6  0.0000000000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000470161  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0655  YjgF-like protein  37.61 
 
 		 130 aa  73.6  0.0000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4748  endoribonuclease L-PSP  29.51 
 
 		 126 aa  73.2  0.000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0742897  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16660  endoribonuclease L-PSP  33.07 
 
 		 127 aa  73.2  0.000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.594587 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2029  putative endoribonuclease L-PSP  34.23 
 
 		 126 aa  73.2  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0480857  normal  0.0222602 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3510  YjgF-family lipoprotein  31.58 
 
 		 125 aa  73.2  0.000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.14391 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0135  endoribonuclease L-PSP, putative  32.14 
 
 		 126 aa  72.8  0.000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00324378  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0751  endoribonuclease L-PSP, putative  37.17 
 
 		 123 aa  72.4  0.000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4261  endoribonuclease L-PSP  33.06 
 
 		 122 aa  72.8  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.165406 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0972  YjgF-like protein  36.84 
 
 		 130 aa  72  0.000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00459079  normal  0.578034 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0935  YjgF-like protein  37.61 
 
 		 130 aa  72.4  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3521  endoribonuclease L-PSP  36.13 
 
 		 134 aa  72.4  0.000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.757048  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0701  putative endoribonuclease L-PSP  37.17 
 
 		 123 aa  72.4  0.000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.363  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3526  endoribonuclease L-PSP  37.74 
 
 		 134 aa  72  0.000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.269561  normal  0.880819 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3594  endoribonuclease L-PSP  36.13 
 
 		 134 aa  72.4  0.000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.825839 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2538  endoribonuclease L-PSP, putative  35.45 
 
 		 126 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0266359  normal  0.960709 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6185  endoribonuclease L-PSP  36.29 
 
 		 149 aa  71.6  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.89906  normal  0.555721 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1288  YjgF family translation initiation inhibitor  32.81 
 
 		 128 aa  72  0.000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.633e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2387  endoribonuclease L-PSP  32.14 
 
 		 124 aa  71.6  0.000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0496  endoribonuclease L-PSP  32.14 
 
 		 123 aa  71.6  0.000000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0676524  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2398  putative endoribonuclease L-PSP  36.94 
 
 		 126 aa  72  0.000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000108439  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4805  putative endoribonuclease L-PSP  35.4 
 
 		 128 aa  71.2  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.163261  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>