192 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_rna129 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_rna129  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01392  tRNA-Arg  97.3 
 
 		 74 bp  131  3e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1532  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3177t  tRNA-Arg  92.06 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.375057  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg04  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 80 bp  81.8  0.00000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0364203  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13672  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.126339  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0021  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000548378  normal  0.148026 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0052  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.165142  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3789  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.966452  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0026  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.423722 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0027  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0275955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4570  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.188546  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAArgVIMSS1309129  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.751283  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0027  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.005  hitchhiker  0.000281231 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0008  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000700916  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0019  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0023  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000165773  normal  0.561147 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0033  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.296295 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0041  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0040  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0012  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0409907  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0029  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0023  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.601001  normal  0.725234 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0010  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00272468  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0090  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0005  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAArgVIMSS1309209  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309268  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.292305 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0049  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0075  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000307133  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0004  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0847408  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0054    96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0027  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0029  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.179908  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0031  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.464558  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0013  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.249758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0009  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0891708  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0014  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.434333 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0004  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000567869 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0001  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.336526  hitchhiker  0.00896286 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0062  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0009  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0189312  normal  0.600027 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0057  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0006  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0045  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0011  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0068  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.754645  normal  0.377618 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309097  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309170  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.269731  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0059  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000245079  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0066  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.171209  normal  0.834586 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0058  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0010  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.312192  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0067  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0064  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294983  normal  0.0656653 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6039  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.406085  normal  0.551037 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0031  tRNA-Arg  84.38 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0036  tRNA-Arg  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.224199 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0067  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.464921  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0325  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.924352  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0911  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0732179  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0018  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.208481  normal  0.822208 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0241  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.628692  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0052  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280732  normal  0.142339 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0638  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.737204  normal  0.415915 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0059  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.925034  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000671008  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0586  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00782572  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1052  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.270122  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0057  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0595904  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0582  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0081  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA32  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.377477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0019  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.737932  normal  0.0155784 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0046  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.497461 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4261  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000175716  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0006  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4647  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.695666  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5013  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0042  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155325  normal  0.0810865 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>