223 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCA_tRNA-Lys-2 on replicon NC_002977
Organism: Methylococcus capsulatus str. Bath



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002977  MCA_tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0847408  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0033  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.177696  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0032  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000262345  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0029  tRNA-Lys  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2185  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0030  tRNA-Lys  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.407731  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2181  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0087  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000568391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0084  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000347447  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0025  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148774  normal  0.456967 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0024  tRNA-Lys  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.143684  normal  0.454789 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0024  tRNA-Lys  89.09 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0300138 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0025  tRNA-Lys  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.022777  normal  0.365666 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2216  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0031  tRNA-Lys  85.51 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.25441  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2262  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.11111  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.569019  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0028  tRNA-Lys  85.94 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.196186  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3259  tRNA-Lys  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1370  tRNA-Lys  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.598749  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0064  tRNA-Lys  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0550345  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna28  tRNA-Lys  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.751931  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0824  tRNA-Lys  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2658  tRNA-Lys  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0806589  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0009  tRNA-Lys  86.67 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.000488659  normal  0.0708326 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3206  tRNA-Lys  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3244  tRNA-Lys  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.489776  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1952  tRNA-Lys  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0017  tRNA-Lys  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0035  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0379309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0036  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0360191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0037  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00809358  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0038  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0168892  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0039  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0153762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0055  tRNA-Lys  86.44 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.429653  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0719  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0823  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0072  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.18023  normal  0.42489 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0306  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0039  tRNA-Lys  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.722493  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0040  tRNA-Lys  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.710582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0053  tRNA-Lys  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000619589  hitchhiker  0.0000900565 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0042  tRNA-Lys  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000110387  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0060  tRNA-Lys  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00703391  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0061  tRNA-Lys  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00295696  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1660  tRNA-Lys  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0020  tRNA-Lys  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.454268  normal  0.255497 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna129  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0052  tRNA-Lys  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000683016  hitchhiker  0.000091513 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0023  tRNA-Lys  84.21 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.27509 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0521  tRNA-Lys  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0051  tRNA-Lys  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000619589  hitchhiker  0.0000190999 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0044  tRNA-Lys  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000117241  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0043  tRNA-Lys  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000106008  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  96.3 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.047659  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04831  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0032  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt30  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt31  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0060  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000424402  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt30  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt31  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0006  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.276121  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0002  tRNA-Lys  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0048  tRNA-Lys  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0020  tRNA-Lys  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.768536  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0040  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  1.17215e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0045  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000363633  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26570  tRNA-Lys  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000000438766  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0036  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000208543  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys01  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000157886  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys02  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000433132  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys03  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00045675  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_778  tRNA-Lys  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0021  tRNA-Lys  84.75 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0558  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0653  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2173  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.206805  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0593  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  8.55159e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0061  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000433074  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0037  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.813487  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0061  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00534355  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0052  tRNA-Lys  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0125474  normal  0.521924 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0037  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000219335  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0055  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.444968  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0060  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000089379  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0059  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000364263  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0034  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.130491  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t056  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t057  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0035  tRNA-Lys  84.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00221382  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0073  tRNA-Lys  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0111  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000430182  normal  0.144334 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0112  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000430182  normal  0.144334 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0113  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000430182  normal  0.143797 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0107  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00061714  normal  0.366999 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0109  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000145947  normal  0.372291 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0110  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000275049  normal  0.380148 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0111  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000310231  normal  0.374169 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0112  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000279278  normal  0.38206 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>