More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2789 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2789  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 384 aa  785    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.201948 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2006  AMP-dependent synthetase and ligase  36.39 
 
 		 487 aa  176  7e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1049  AMP-dependent synthetase and ligase  35.44 
 
 		 495 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3647  acyl-CoA synthetase  32.09 
 
 		 487 aa  171  3e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3658  acyl-CoA synthetase  31.78 
 
 		 487 aa  171  3e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0286615  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4735  AMP-dependent synthetase and ligase  34.83 
 
 		 509 aa  169  7e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.660645  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1581  acyl-CoA synthetase  30.53 
 
 		 487 aa  164  3e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000337564  normal  0.0607251 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3736  acyl-CoA synthetase  30.53 
 
 		 487 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3380  acyl-CoA synthetase  30.53 
 
 		 559 aa  161  2e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000453165  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4677  AMP-dependent synthetase and ligase  34.62 
 
 		 507 aa  161  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.65065 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3330  acyl-CoA synthetase  30.53 
 
 		 559 aa  159  6e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.13397  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2517  AMP-dependent synthetase and ligase  36.34 
 
 		 459 aa  159  6e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.570913  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3639  acyl-CoA synthetase  30.22 
 
 		 487 aa  159  1e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3688  acyl-CoA synthetase  30.22 
 
 		 487 aa  157  2e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000138735  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3419  acyl-CoA synthetase  30.22 
 
 		 559 aa  157  3e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00837827  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1541  AMP-dependent synthetase and ligase  34.96 
 
 		 494 aa  157  3e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2318  AMP-dependent synthetase and ligase  34.96 
 
 		 494 aa  156  4e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3314  acyl-CoA synthetase  30.03 
 
 		 487 aa  153  5.9999999999999996e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000215254  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4602  AMP-dependent synthetase and ligase  32.74 
 
 		 506 aa  145  9e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.666881  normal  0.617182 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1851  AMP-dependent synthetase and ligase  30.54 
 
 		 468 aa  140  4.999999999999999e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000851454 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2109  AMP-dependent synthetase and ligase  30.73 
 
 		 468 aa  136  6.0000000000000005e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.03963  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0219  long chain fatty acid CoA ligase, putative  26.9 
 
 		 453 aa  135  1.9999999999999998e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0612  AMP-dependent synthetase and ligase  25.69 
 
 		 458 aa  131  2.0000000000000002e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0598  AMP-dependent synthetase and ligase  25.69 
 
 		 458 aa  131  2.0000000000000002e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3252  AMP-dependent synthetase and ligase  29.27 
 
 		 474 aa  129  6e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0500  AMP-dependent synthetase and ligase  31.42 
 
 		 498 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.178401  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5455  hypothetical protein  32.41 
 
 		 459 aa  124  2e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0873115  normal  0.166027 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3197  Acyl transferase  29.57 
 
 		 4575 aa  124  4e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0111  AMP-dependent synthetase and ligase  28.79 
 
 		 526 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.471366  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  26.55 
 
 		 490 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4096  AMP-dependent synthetase and ligase  28.82 
 
 		 508 aa  118  1.9999999999999998e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0377217  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8762  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.67 
 
 		 510 aa  116  5e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.225168 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0339  AMP-dependent synthetase and ligase  29.73 
 
 		 542 aa  117  5e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00517119  normal  0.13941 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  26.63 
 
 		 492 aa  116  7.999999999999999e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13440  acyl-CoA synthetase  27.89 
 
 		 539 aa  114  2.0000000000000002e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6618  AMP-dependent synthetase and ligase  27.86 
 
 		 493 aa  114  3e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  29 
 
 		 520 aa  114  3e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  29.18 
 
 		 525 aa  113  5e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2523  AMP-dependent synthetase and ligase  25.97 
 
 		 472 aa  113  5e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0341  acyl-CoA synthetase  26.65 
 
 		 569 aa  111  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0435  acyl-CoA synthetase  29.21 
 
 		 544 aa  112  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.232692 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1626  AMP-dependent synthetase and ligase  29.33 
 
 		 573 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2427  acyl-CoA synthetase  29.33 
 
 		 535 aa  110  3e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.206901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1246  AMP-dependent synthetase and ligase  28.16 
 
 		 5154 aa  110  4.0000000000000004e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.262553 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5320  AMP-dependent synthetase and ligase  28.74 
 
 		 521 aa  110  4.0000000000000004e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1569  long-chain fatty-acid-CoA ligase, putative  28.53 
 
 		 510 aa  110  5e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.890411  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0397  acyl-CoA synthetase  27.84 
 
 		 564 aa  110  5e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.835434  normal  0.950858 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1072  AMP-dependent synthetase and ligase  37.24 
 
 		 532 aa  110  6e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.334483 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0749  AMP-dependent synthetase and ligase  29.43 
 
 		 512 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0096  AMP-dependent synthetase and ligase  26.92 
 
 		 527 aa  108  1e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6162  AMP-dependent synthetase and ligase  27.51 
 
 		 487 aa  107  2e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4848  AMP-dependent synthetase and ligase  25.95 
 
 		 498 aa  108  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3453  AMP-binding protein  25.7 
 
 		 500 aa  108  2e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4127  acyl-CoA synthetase  27.87 
 
 		 540 aa  108  2e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0100  AMP-dependent synthetase and ligase  27.99 
 
 		 519 aa  107  3e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0361  acyl-CoA synthetase  26.55 
 
 		 577 aa  107  3e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.171367  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0350  acyl-CoA synthetase  27.95 
 
 		 574 aa  107  3e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0371  acyl-CoA synthetase  26.55 
 
 		 577 aa  107  3e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3198  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.14 
 
 		 497 aa  107  4e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.335021  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3917  AMP-dependent synthetase and ligase  25.86 
 
 		 521 aa  107  4e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.287192  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  29.79 
 
 		 565 aa  107  4e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1212  AMP-dependent synthetase and ligase  40.48 
 
 		 1557 aa  107  5e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.97717  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1967  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.97 
 
 		 514 aa  106  6e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.595404  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.69 
 
 		 513 aa  106  6e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3119  malonyl-CoA synthase  26.29 
 
 		 485 aa  106  6e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.646837  normal  0.278949 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1756  AMP-dependent synthetase and ligase  27.56 
 
 		 564 aa  106  6e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.598576 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3220  AMP-binding protein  25.76 
 
 		 500 aa  106  7e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.530837  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3958  AMP-dependent synthetase and ligase  30.52 
 
 		 707 aa  106  7e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3473  AMP-binding protein  25.76 
 
 		 488 aa  106  7e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2126  AMP-dependent synthetase and ligase  30.83 
 
 		 470 aa  106  7e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.018415  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3439  AMP-binding protein  25.76 
 
 		 500 aa  106  7e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0051  AMP-dependent synthetase and ligase  28.19 
 
 		 546 aa  106  7e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00256371 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2821  AMP-binding domain protein  25.65 
 
 		 552 aa  106  8e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.187557 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2432  AMP-dependent synthetase and ligase  28.19 
 
 		 508 aa  106  9e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0232  acyl-CoA synthetase  28.18 
 
 		 544 aa  106  9e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.253384  normal  0.171828 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4838  Beta-ketoacyl synthase  28.16 
 
 		 4930 aa  105  1e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.15888 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1894  putative AMP-binding protein  28.21 
 
 		 502 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2641  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.07 
 
 		 516 aa  105  1e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.517138  normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4674  acyl-CoA synthetase  36.67 
 
 		 531 aa  105  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1821  AMP-binding protein  25.21 
 
 		 500 aa  104  2e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.133341 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0524  AMP-dependent synthetase and ligase  28.53 
 
 		 525 aa  104  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.319633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_29237  predicted protein  27.54 
 
 		 356 aa  105  2e-21  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0182094  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1052  AMP-dependent synthetase and ligase  30.25 
 
 		 566 aa  104  2e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.909575  hitchhiker  0.000208439 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  27.97 
 
 		 506 aa  105  2e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0559  AMP-dependent synthetase and ligase  32.48 
 
 		 507 aa  104  2e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  30.04 
 
 		 559 aa  105  2e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2838  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.43 
 
 		 515 aa  104  3e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.153198 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.87 
 
 		 510 aa  104  3e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1196  AMP-dependent synthetase and ligase  27.46 
 
 		 515 aa  103  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.952184  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3103  AMP-dependent synthetase and ligase  28.78 
 
 		 550 aa  104  3e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.8985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  25.3 
 
 		 510 aa  104  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.371172  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4949  acyl-CoA synthetase  38.98 
 
 		 521 aa  104  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  25.91 
 
 		 515 aa  104  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.27 
 
 		 514 aa  104  3e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2440  AMP-binding domain protein  26.39 
 
 		 544 aa  104  3e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1683  AMP-dependent synthetase and ligase  28.61 
 
 		 535 aa  104  3e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1871  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.53 
 
 		 524 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.394568  normal  0.852293 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10274  acyl-CoA synthetase  28.81 
 
 		 560 aa  103  4e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0406036 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2927  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.67 
 
 		 509 aa  103  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.686689  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3475  AMP-dependent synthetase and ligase  30.61 
 
 		 524 aa  103  5e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.440115  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>