More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2754 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2754  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 129 aa  266  5.9999999999999995e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155396  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0655  YjgF-like protein  59.06 
 
 		 130 aa  157  4e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1213  endoribonuclease L-PSP  59.84 
 
 		 129 aa  157  6e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0935  YjgF-like protein  58.4 
 
 		 130 aa  153  6e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4550  endoribonuclease L-PSP  54.76 
 
 		 127 aa  149  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4650  endoribonuclease L-PSP  53.54 
 
 		 129 aa  147  6e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0994249  normal  0.0444369 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5680  Endoribonuclease L-PSP  54.76 
 
 		 129 aa  145  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.979461  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6623  Endoribonuclease L-PSP  53.97 
 
 		 129 aa  144  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.808088  normal  0.892457 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6248  translation initiation inhibitor  51.59 
 
 		 128 aa  143  7.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0971244  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04783  hypothetical protein  55.91 
 
 		 125 aa  138  3e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05655  hypothetical protein  55.91 
 
 		 125 aa  138  3e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3898  putative endoribonuclease L-PSP  55.26 
 
 		 123 aa  137  4.999999999999999e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2507  endoribonuclease L-PSP  52.76 
 
 		 136 aa  134  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.022272  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2779  endoribonuclease L-PSP family protein  51.97 
 
 		 128 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0969  endoribonuclease L-PSP  50 
 
 		 133 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.401025  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3088  endoribonuclease L-PSP  51.18 
 
 		 129 aa  128  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.123749  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0751  endoribonuclease L-PSP, putative  53.51 
 
 		 123 aa  124  5e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0701  putative endoribonuclease L-PSP  53.51 
 
 		 123 aa  124  5e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.363  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2127  endoribonuclease L-PSP  46.83 
 
 		 128 aa  123  7e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2739  endoribonuclease L-PSP  46.83 
 
 		 128 aa  123  7e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2765  endoribonuclease L-PSP  46.83 
 
 		 128 aa  123  7e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2656  endoribonuclease L-PSP  46.4 
 
 		 128 aa  120  4e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2789  endoribonuclease L-PSP  46.4 
 
 		 128 aa  120  4e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6067  endoribonuclease L-PSP  46.4 
 
 		 128 aa  120  6e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.865959 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0675  putative endoribonuclease L-PSP  46.03 
 
 		 166 aa  120  7e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0179  endoribonuclease L-PSP, putative  45.6 
 
 		 128 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0838  YjgF family protein  45.6 
 
 		 128 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2310  putative endoribonuclease L-PSP  46.61 
 
 		 123 aa  118  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.650904  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0547  endoribonuclease L-PSP, putative  45.6 
 
 		 128 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2390  putative endoribonuclease L-PSP  45.6 
 
 		 128 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2768  putative endoribonuclease L-PSP  45.6 
 
 		 128 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0660  endoribonuclease L-PSP  45.6 
 
 		 128 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.239315  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0560  endoribonuclease L-PSP  44.8 
 
 		 128 aa  117  4.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.511945  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03132  hypothetical protein  46.46 
 
 		 128 aa  113  8.999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.433124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4194  Endoribonuclease L-PSP  45.67 
 
 		 128 aa  113  8.999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.705998  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4304  Endoribonuclease L-PSP  45.67 
 
 		 128 aa  113  8.999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.135988  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4057  YjgF family translation inhibitor  43.24 
 
 		 128 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.655653 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0642  Endoribonuclease L-PSP  43.24 
 
 		 128 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.297456 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3322  endoribonuclease L-PSP  59.55 
 
 		 94 aa  107  5e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.939467  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0367  endoribonuclease L-PSP  44.14 
 
 		 128 aa  107  5e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4019  endoribonuclease L-PSP  44.14 
 
 		 130 aa  106  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.658483  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4773  putative endoribonuclease L-PSP  43.64 
 
 		 130 aa  106  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.091821  normal  0.524756 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2247  endoribonuclease L-PSP  45.37 
 
 		 125 aa  98.2  3e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.137208  normal  0.668732 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0552  endoribonuclease L-PSP  40.48 
 
 		 132 aa  98.6  3e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.897554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1267  putative endoribonuclease L-PSP  45.79 
 
 		 126 aa  97.8  4e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.686095  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1089  putative endoribonuclease L-PSP  44.86 
 
 		 126 aa  97.4  6e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3491  endoribonuclease L-PSP  44.44 
 
 		 125 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.444346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1878  endoribonuclease L-PSP  44.44 
 
 		 125 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0192  endoribonuclease L-PSP  42.2 
 
 		 125 aa  95.5  2e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4897  putative endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 129 aa  94  7e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1336  endoribonuclease L-PSP  43.52 
 
 		 125 aa  93.6  9e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2960  putative endoribonuclease L-PSP  43.12 
 
 		 129 aa  91.7  3e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2009  endoribonuclease  43.52 
 
 		 125 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.634719  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0230  YjgF-like protein protein  45.79 
 
 		 135 aa  90.9  6e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1052  endoribonuclease L-PSP, putative  39.66 
 
 		 125 aa  89.7  1e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0968171  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0412  putative endoribonuclease L-PSP  39.45 
 
 		 127 aa  90.1  1e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0943  endoribonuclease L-PSP  44.55 
 
 		 126 aa  89.4  2e-17  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0278799  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5927  endoribonuclease L-PSP  42.99 
 
 		 129 aa  89  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0894752  normal  0.145489 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2324  endoribonuclease L-PSP  45.37 
 
 		 125 aa  89  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  6.85805e-18  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4796  hypothetical protein  46.23 
 
 		 116 aa  87.8  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.511592  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23720  putative translation initiation inhibitor  40.74 
 
 		 125 aa  87.4  6e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0143605 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1258  putative endoribonuclease L-PSP  42.59 
 
 		 126 aa  87  7e-17  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.768034  normal  0.325919 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1288  YjgF family translation initiation inhibitor  41.73 
 
 		 128 aa  87  7e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.633e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0531  putative endoribonuclease L-PSP  39.25 
 
 		 126 aa  86.3  1e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000228568  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0041  endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 124 aa  86.3  1e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0518  putative endoribonuclease L-PSP  39.25 
 
 		 126 aa  86.3  1e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000619405  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2343  putative endoribonuclease L-PSP  40.74 
 
 		 143 aa  85.5  2e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.435007  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0919  endoribonuclease L-PSP  43.52 
 
 		 126 aa  85.5  2e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.13854 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3238  endoribonuclease L-PSP  39.29 
 
 		 151 aa  85.9  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.635376 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1894  putative endoribonuclease L-PSP  41.82 
 
 		 125 aa  85.1  3e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.373962  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1403  endoribonuclease L-PSP  41.82 
 
 		 126 aa  85.1  3e-16  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000591811 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3109  endoribonuclease L-PSP  40.19 
 
 		 123 aa  85.1  3e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0400559 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3526  endoribonuclease L-PSP  40.18 
 
 		 134 aa  84.7  4e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.269561  normal  0.880819 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3594  endoribonuclease L-PSP  40.18 
 
 		 134 aa  84.3  4e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.825839 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3444  putative endoribonuclease L-PSP  41.12 
 
 		 129 aa  84.7  4e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00474727  decreased coverage  0.0000224932 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2357  endoribonuclease L-PSP  37.96 
 
 		 127 aa  84.7  4e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  7.063190000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3521  endoribonuclease L-PSP  40.18 
 
 		 134 aa  84.3  4e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.757048  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0135  endoribonuclease L-PSP, putative  39.05 
 
 		 126 aa  84.3  5e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00324378  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1940  putative endoribonuclease L-PSP  40.37 
 
 		 128 aa  84.3  5e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.049388  hitchhiker  0.000000582392 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0931  endoribonuclease L-PSP  37.07 
 
 		 125 aa  84  6e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000470161  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2463  endoribonuclease L-PSP  38.58 
 
 		 125 aa  84.3  6e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173812  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0809  endoribonuclease L-PSP  42.06 
 
 		 124 aa  84  6e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1716  endoribonuclease L-PSP  42.73 
 
 		 124 aa  84  7e-16  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.220452  decreased coverage  0.00000724646 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1096  endoribonuclease L-PSP  43.52 
 
 		 126 aa  84  7e-16  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0521  putative endoribonuclease L-PSP  35.51 
 
 		 123 aa  83.6  8e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.170713  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0414  putative endoribonuclease L-PSP  41.82 
 
 		 124 aa  83.6  8e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.59864  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2235  endoribonuclease L-PSP, putative  43.52 
 
 		 126 aa  82.8  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00087243  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3783  endoribonuclease L-PSP  40.83 
 
 		 133 aa  83.2  0.000000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2069  endoribonuclease L-PSP, putative  42.59 
 
 		 125 aa  82.8  0.000000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0171544  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3008  endoribonuclease L-PSP  40.19 
 
 		 125 aa  82.8  0.000000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.981998  normal  0.146953 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2798  endoribonuclease L-PSP  42.73 
 
 		 126 aa  83.2  0.000000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000409658  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2029  putative endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 126 aa  83.2  0.000000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0480857  normal  0.0222602 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1053  endoribonuclease L-PSP  41.67 
 
 		 127 aa  82.8  0.000000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000107956 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0090  endoribonuclease L-PSP  36.94 
 
 		 130 aa  83.2  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0741494  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_920  translation initiation inhibitor, yjgF family  37.07 
 
 		 138 aa  82.8  0.000000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000322084  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0109  endoribonuclease L-PSP  40.54 
 
 		 140 aa  83.2  0.000000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.748315  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5540  endoribonuclease L-PSP  41.82 
 
 		 131 aa  82.8  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00356179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0752  endoribonuclease L-PSP  39.64 
 
 		 126 aa  82.4  0.000000000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.0000588598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0631  putative endoribonuclease L-PSP  38.32 
 
 		 136 aa  82.4  0.000000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3111  Endoribonuclease L-PSP  36.94 
 
 		 130 aa  82.8  0.000000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>