More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0330 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0330  (Acyl-carrier protein) phosphodiesterase  100 
 
 
222 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.234975  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5707  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  53.2 
 
 
221 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.333359  normal  0.171433 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2972  FMN-dependent NADH-azoreductase  47.85 
 
 
219 aa  193  2e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0699  (Acyl-carrier-protein) phosphodiesterase  46.77 
 
 
238 aa  191  5e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0140  (Acyl-carrier-protein) phosphodiesterase  43.44 
 
 
229 aa  181  6e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.294363 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0135  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  43.44 
 
 
229 aa  178  5.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2912  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  42.25 
 
 
239 aa  169  4e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0784034  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0365  (Acyl-carrier protein) phosphodiesterase  47.12 
 
 
236 aa  168  6e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.393782 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3715  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  44 
 
 
227 aa  167  1e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.336776 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3160  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  40.54 
 
 
233 aa  157  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.119016 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54120  acyl carrier protein phosphodiesterase  40.57 
 
 
212 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0569  (Acyl-carrier protein) phosphodiesterase  40.1 
 
 
212 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1165  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  37.38 
 
 
213 aa  126  2.0000000000000002e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.557218 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4734  acyl carrier protein phosphodiesterase  38.68 
 
 
212 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0973  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  39.04 
 
 
208 aa  123  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4538  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  35.21 
 
 
199 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.332795  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1298  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  39.2 
 
 
199 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.352068  normal  0.822829 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1353  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  35.21 
 
 
204 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.886307  normal  0.112271 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3298  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  44.14 
 
 
199 aa  118  6e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.735887  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2757  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  36.65 
 
 
205 aa  118  7e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.283437 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1062  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  34.8 
 
 
207 aa  118  7.999999999999999e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00142617  decreased coverage  0.00000237921 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0768  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  42 
 
 
197 aa  117  9e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4044  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  34.27 
 
 
199 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.91788 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3831  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  34.27 
 
 
199 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.697939 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0025  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  35.64 
 
 
207 aa  114  1.0000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0121631 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2531  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  37.14 
 
 
210 aa  112  5e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.244754 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1432  (Acyl-carrier protein) phosphodiesterase  35.8 
 
 
199 aa  111  9e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.243467 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2059  (Acyl-carrier protein) phosphodiesterase  34.46 
 
 
202 aa  108  6e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000039255  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19110  Acyl-carrier protein phosphodiesterase  38.1 
 
 
199 aa  106  3e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7443  Acyl-carrier protein phosphodiesterase  38.67 
 
 
210 aa  104  8e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2600  (Acyl-carrier protein) phosphodiesterase  36.45 
 
 
193 aa  104  1e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00466922 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0290  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  40.52 
 
 
223 aa  104  1e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6004  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  30.28 
 
 
211 aa  102  4e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.40522  normal  0.134748 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0760  (Acyl-carrier protein) phosphodiesterase  39.76 
 
 
191 aa  102  6e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1391  NAD(P)H dehydrogenase (quinone):NADPH-dependent FMN reductase  39.58 
 
 
199 aa  102  7e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000126863  normal  0.271745 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2008  (Acyl-carrier protein) phosphodiesterase  35.96 
 
 
207 aa  101  8e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22490  acyl carrier protein phosphodiesterase  35.58 
 
 
213 aa  101  8e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000089212  hitchhiker  0.0000070742 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2020  (Acyl-carrier protein) phosphodiesterase  38.1 
 
 
204 aa  101  1e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.818794  normal  0.0710371 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1903  acyl carrier protein phosphodiesterase  37.64 
 
 
213 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1117  acyl carrier protein phosphodiesterase  36.56 
 
 
216 aa  100  2e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6778  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  35.34 
 
 
222 aa  100  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.664056 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0306  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  43.36 
 
 
209 aa  99.8  3e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0629  phosphodiesterase  33.16 
 
 
211 aa  99  5e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.936388  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2586  (Acyl-carrier-protein) phosphodiesterase  35.56 
 
 
202 aa  98.6  7e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3322  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  36.13 
 
 
203 aa  98.2  8e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.635912  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2866  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  35.37 
 
 
198 aa  97.4  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.88818  normal  0.601699 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1242  (Acyl-carrier-protein) phosphodiesterase  36.02 
 
 
206 aa  97.4  1e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0937956 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2289  azoreductase  35.39 
 
 
201 aa  96.7  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0626375  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3502  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  36.73 
 
 
198 aa  96.7  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000862204 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3545  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  33.33 
 
 
207 aa  96.3  3e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.114749  normal  0.056833 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0455  (Acyl-carrier protein) phosphodiesterase  36.73 
 
 
198 aa  96.7  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.74957 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2218  azoreductase  36.23 
 
 
201 aa  95.5  6e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0480053 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1814  azoreductase  36.23 
 
 
201 aa  95.5  6e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.479153  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1924  azoreductase  36.23 
 
 
201 aa  95.5  6e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1426  (Acyl-carrier protein) phosphodiesterase  32.88 
 
 
224 aa  95.1  7e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.681174  normal  0.04956 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0334  azoreductase  31.79 
 
 
197 aa  95.1  7e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.429101  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1782  azoreductase  37.68 
 
 
201 aa  94.4  1e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3238  hypothetical protein  34.38 
 
 
196 aa  94  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1590  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  30.94 
 
 
207 aa  94  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00209131  normal  0.317581 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0560  (Acyl-carrier protein) phosphodiesterase  36.46 
 
 
199 aa  93.2  3e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.737585  normal  0.291215 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2915  acyl carrier protein phosphodiesterase  36.05 
 
 
198 aa  92.8  4e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0966  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  32.2 
 
 
206 aa  92.8  4e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00598648 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4167  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  34.17 
 
 
208 aa  92.4  5e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4264  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  34.86 
 
 
208 aa  92.4  5e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.772372  normal  0.532472 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0527  acyl carrier protein phosphodiesterase  35.37 
 
 
198 aa  92.4  5e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.153343  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3581  acyl carrier protein phosphodiesterase  35.37 
 
 
198 aa  92.4  5e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.876616  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3529  azoreductase  32.82 
 
 
197 aa  92.4  5e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000068989  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1603  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  31.73 
 
 
204 aa  92.4  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2704  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  33.55 
 
 
198 aa  92.4  5e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.460905  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4152  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  34.86 
 
 
208 aa  92.4  5e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1916  FMN-dependent NADH-azoreductase  35.37 
 
 
237 aa  92  6e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3562  FMN-dependent NADH-azoreductase  35.37 
 
 
237 aa  92  6e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3589  FMN-dependent NADH-azoreductase  35.37 
 
 
237 aa  92  6e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0946  acyl carrier protein phosphodiesterase  35.37 
 
 
237 aa  92  6e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0650  FMN-dependent NADH-azoreductase  35.37 
 
 
237 aa  92  6e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1947  azoreductase  36.96 
 
 
201 aa  92  6e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0127039  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2018  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  32.21 
 
 
227 aa  92  7e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.042412 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2589  azoreductase  36.96 
 
 
201 aa  92  7e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2596  azoreductase  35.51 
 
 
201 aa  91.7  7e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3461  (Acyl-carrier-protein) phosphodiesterase  38.03 
 
 
196 aa  91.7  9e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1488  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  31.92 
 
 
202 aa  91.3  9e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.914083  normal  0.385532 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1762  azoreductase  37.68 
 
 
201 aa  90.9  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0641647 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1697  azoreductase  37.68 
 
 
201 aa  90.9  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00217303 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3615  (Acyl-carrier protein) phosphodiesterase  33.33 
 
 
198 aa  90.9  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1822  azoreductase  37.68 
 
 
201 aa  90.9  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1759  azoreductase  37.68 
 
 
201 aa  90.9  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.131537  normal  0.125717 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01367  acyl carrier protein phosphodiesterase  35.51 
 
 
201 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2721  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  38.56 
 
 
207 aa  90.1  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1427  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  31.58 
 
 
204 aa  90.5  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.449993 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01379  hypothetical protein  35.51 
 
 
201 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1514  azoreductase  37.68 
 
 
201 aa  90.5  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3273  (Acyl-carrier protein) phosphodiesterase  33.18 
 
 
206 aa  90.1  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0457  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  33.33 
 
 
198 aa  89.7  3e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0916027 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1745  azoreductase  35.51 
 
 
201 aa  89.7  3e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.398442  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2282  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  36.99 
 
 
198 aa  89.7  3e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.142259 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0528  (Acyl-carrier-protein) phosphodiesterase  33.33 
 
 
198 aa  89.7  4e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0500  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  33.33 
 
 
198 aa  89.7  4e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.918757 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2577  (Acyl-carrier protein) phosphodiesterase  33.33 
 
 
198 aa  89.7  4e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2233  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  35.51 
 
 
201 aa  89  5e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1632  azoreductase  35.51 
 
 
201 aa  89  5e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.578  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>