More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2600 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2600  (Acyl-carrier protein) phosphodiesterase  100 
 
 
193 aa  388  1e-107  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00466922 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0760  (Acyl-carrier protein) phosphodiesterase  61.9 
 
 
191 aa  243  9.999999999999999e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0560  (Acyl-carrier protein) phosphodiesterase  59.39 
 
 
199 aa  218  3.9999999999999997e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.737585  normal  0.291215 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2586  (Acyl-carrier-protein) phosphodiesterase  54.46 
 
 
202 aa  216  1e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1117  acyl carrier protein phosphodiesterase  49.21 
 
 
216 aa  189  2e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1679  FMN-dependent NADH-azoreductase  46.88 
 
 
192 aa  186  1e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3238  hypothetical protein  50.28 
 
 
196 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0354  FMN-dependent NADH-azoreductase 1  69.17 
 
 
214 aa  174  5e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1298  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  48.7 
 
 
199 aa  174  9e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.352068  normal  0.822829 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3461  (Acyl-carrier-protein) phosphodiesterase  49.13 
 
 
196 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19110  Acyl-carrier protein phosphodiesterase  46.94 
 
 
199 aa  172  1.9999999999999998e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3728  putative acyl carrier protein phosphodiesterase  48.55 
 
 
196 aa  171  7.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3298  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  48.37 
 
 
199 aa  163  1.0000000000000001e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.735887  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0306  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  47.47 
 
 
209 aa  163  2.0000000000000002e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2866  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  46.96 
 
 
198 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.88818  normal  0.601699 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4044  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  44.33 
 
 
199 aa  160  9e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.91788 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1391  NAD(P)H dehydrogenase (quinone):NADPH-dependent FMN reductase  45.83 
 
 
199 aa  160  1e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000126863  normal  0.271745 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3615  (Acyl-carrier protein) phosphodiesterase  47.98 
 
 
198 aa  160  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1903  acyl carrier protein phosphodiesterase  45.81 
 
 
213 aa  159  3e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1353  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  43.3 
 
 
204 aa  159  3e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.886307  normal  0.112271 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4538  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  43.3 
 
 
199 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.332795  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0433  (Acyl-carrier-protein) phosphodiesterase  47.4 
 
 
198 aa  158  4e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.209861  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0528  (Acyl-carrier-protein) phosphodiesterase  47.98 
 
 
198 aa  157  8e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0500  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  47.98 
 
 
198 aa  157  8e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.918757 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2577  (Acyl-carrier protein) phosphodiesterase  47.98 
 
 
198 aa  157  8e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3831  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  43.81 
 
 
199 aa  157  8e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.697939 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22490  acyl carrier protein phosphodiesterase  42.78 
 
 
213 aa  157  8e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000089212  hitchhiker  0.0000070742 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0457  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  46.82 
 
 
198 aa  156  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0916027 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1432  (Acyl-carrier protein) phosphodiesterase  42.35 
 
 
199 aa  156  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.243467 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0650  FMN-dependent NADH-azoreductase  42.78 
 
 
237 aa  154  5.0000000000000005e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3589  FMN-dependent NADH-azoreductase  42.78 
 
 
237 aa  154  5.0000000000000005e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0946  acyl carrier protein phosphodiesterase  42.78 
 
 
237 aa  154  5.0000000000000005e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3562  FMN-dependent NADH-azoreductase  42.78 
 
 
237 aa  154  5.0000000000000005e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1916  FMN-dependent NADH-azoreductase  42.78 
 
 
237 aa  154  5.0000000000000005e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0527  acyl carrier protein phosphodiesterase  42.78 
 
 
198 aa  154  6e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.153343  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3581  acyl carrier protein phosphodiesterase  42.78 
 
 
198 aa  154  6e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.876616  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2596  azoreductase  49.38 
 
 
201 aa  151  5e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02502  azoreductase  46.56 
 
 
213 aa  151  5e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2915  acyl carrier protein phosphodiesterase  43.3 
 
 
198 aa  151  7e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003549  FMN-dependent NADH-azoreductase  44.21 
 
 
194 aa  150  8.999999999999999e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3529  azoreductase  50.3 
 
 
197 aa  149  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000068989  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2059  (Acyl-carrier protein) phosphodiesterase  47.09 
 
 
202 aa  149  2e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000039255  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3502  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  43.93 
 
 
198 aa  148  4e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000862204 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3398  (Acyl-carrier-protein) phosphodiesterase  48.48 
 
 
196 aa  148  5e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.27302  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0025  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  40 
 
 
207 aa  148  6e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0121631 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0455  (Acyl-carrier protein) phosphodiesterase  43.93 
 
 
198 aa  148  6e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.74957 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1924  azoreductase  45.6 
 
 
201 aa  147  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2218  azoreductase  45.6 
 
 
201 aa  147  1.0000000000000001e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0480053 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1814  azoreductase  45.6 
 
 
201 aa  147  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.479153  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0307  azoreductase  47.31 
 
 
197 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000628195  hitchhiker  0.0000000950602 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1062  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  42.86 
 
 
207 aa  146  2.0000000000000003e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00142617  decreased coverage  0.00000237921 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2704  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  44.51 
 
 
198 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.460905  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01367  acyl carrier protein phosphodiesterase  46.58 
 
 
201 aa  142  2e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01379  hypothetical protein  46.58 
 
 
201 aa  142  2e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2589  azoreductase  41.67 
 
 
201 aa  142  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1947  azoreductase  43.58 
 
 
201 aa  142  3e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0127039  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3478  azoreductase  50 
 
 
197 aa  142  3e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1760  azoreductase  46.58 
 
 
201 aa  142  4e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000599695 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0320  azoreductase  49.07 
 
 
198 aa  142  4e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000159762  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2233  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  46.58 
 
 
201 aa  141  5e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2015  azoreductase  46.58 
 
 
201 aa  141  5e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0590864 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1495  azoreductase  46.58 
 
 
201 aa  141  5e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1632  azoreductase  46.58 
 
 
201 aa  141  5e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.578  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1593  azoreductase  46.58 
 
 
201 aa  141  5e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2246  azoreductase  46.58 
 
 
201 aa  141  5e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1514  azoreductase  49.32 
 
 
201 aa  141  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1782  azoreductase  42.39 
 
 
201 aa  141  7e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1759  azoreductase  49.32 
 
 
201 aa  140  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.131537  normal  0.125717 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1697  azoreductase  49.32 
 
 
201 aa  140  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00217303 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1822  azoreductase  49.32 
 
 
201 aa  140  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1762  azoreductase  49.32 
 
 
201 aa  140  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0641647 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0325  azoreductase  48.45 
 
 
198 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000173737  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1745  azoreductase  46.67 
 
 
201 aa  139  1.9999999999999998e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.398442  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0324  azoreductase  48.45 
 
 
198 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00233774  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0319  azoreductase  48.45 
 
 
198 aa  139  3e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000641081  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1209  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  46.63 
 
 
232 aa  139  3e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.111385  normal  0.974123 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1242  (Acyl-carrier-protein) phosphodiesterase  46.67 
 
 
206 aa  138  6e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0937956 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4396  azoreductase  45.73 
 
 
198 aa  137  7e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3322  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  40.1 
 
 
203 aa  137  8.999999999999999e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.635912  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2289  azoreductase  45.57 
 
 
201 aa  136  2e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0626375  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0316  azoreductase  45.06 
 
 
198 aa  135  4e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.001628  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01015  (Acyl-carrier protein) phosphodiesterase  42.2 
 
 
200 aa  134  6.0000000000000005e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000114134  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0321  azoreductase  44.44 
 
 
198 aa  134  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000292706  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3703  azoreductase  44.44 
 
 
198 aa  134  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000384963  normal  0.290118 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0768  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  40.41 
 
 
197 aa  134  7.000000000000001e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0334  azoreductase  47.74 
 
 
197 aa  134  9e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.429101  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1240  acyl-carrier-protein phosphodiesterase  41.06 
 
 
206 aa  132  3.9999999999999996e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4469  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  41.75 
 
 
204 aa  132  5e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.166513 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4264  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  41.62 
 
 
208 aa  131  6.999999999999999e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.772372  normal  0.532472 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4152  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  41.62 
 
 
208 aa  131  6.999999999999999e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06238  acyl carrier protein phosphodiesterase  46.55 
 
 
198 aa  131  6.999999999999999e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.544939  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01081  acyl carrier protein phosphodiesterase  46.55 
 
 
198 aa  131  6.999999999999999e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000183186  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1603  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  39.58 
 
 
204 aa  130  7.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0423  azoreductase  46.58 
 
 
198 aa  130  9e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2020  (Acyl-carrier protein) phosphodiesterase  42.86 
 
 
204 aa  130  1.0000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.818794  normal  0.0710371 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6637  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  42.23 
 
 
205 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7443  Acyl-carrier protein phosphodiesterase  42.62 
 
 
210 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4593  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  40.62 
 
 
212 aa  129  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.703908  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2606  azoreductase  43.89 
 
 
203 aa  128  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.49805 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5994  (Acyl-carrier-protein) phosphodiesterase  41.67 
 
 
201 aa  128  6e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.396408 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>