150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0140 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0140  anti-sigma-factor antagonist  100 
 
 		 118 aa  224  4e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00670241  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3438  anti-sigma-factor antagonist  55.36 
 
 		 125 aa  122  1e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0775335  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0475  anti-sigma-factor antagonist  49.11 
 
 		 120 aa  99.4  1e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2268  anti-sigma-factor antagonist  48.21 
 
 		 126 aa  99.4  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.148596 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5778  anti-sigma-factor antagonist  45.13 
 
 		 125 aa  98.6  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2487  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  44.64 
 
 		 123 aa  96.3  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0163  anti-sigma-factor antagonist  45.61 
 
 		 127 aa  95.9  2e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.438455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0676  anti-sigma-factor antagonist  45.61 
 
 		 127 aa  95.9  2e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.483964  normal  0.0105884 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2683  anti-sigma-factor antagonist  45.13 
 
 		 127 aa  94.7  4e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0130  anti-sigma-factor antagonist  43.86 
 
 		 118 aa  92.8  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3136  anti-sigma-factor antagonist  38.6 
 
 		 132 aa  91.7  3e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0981532  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2415  anti-sigma-factor antagonist  42.86 
 
 		 142 aa  91.3  4e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2117  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  39.82 
 
 		 134 aa  91.3  4e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2971  anti-sigma-factor antagonist  43.75 
 
 		 124 aa  90.9  5e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.665055 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3743  anti-sigma-factor antagonist  42.98 
 
 		 125 aa  90.9  5e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0800  anti-sigma-factor antagonist  44.14 
 
 		 123 aa  90.5  6e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0977014  hitchhiker  0.00820415 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0736  anti-sigma-factor antagonist  44.25 
 
 		 134 aa  90.5  6e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2794  anti-sigma-factor antagonist  44.07 
 
 		 125 aa  90.9  6e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3767  anti-sigma-factor antagonist  42.98 
 
 		 128 aa  90.5  7e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0691716 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1218  negative regulator of sigma-B  40.35 
 
 		 140 aa  90.5  8e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4410  anti-sigma-factor antagonist  42.98 
 
 		 124 aa  89  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.440698  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3134  anti-sigma-factor antagonist (STAS)  39.47 
 
 		 120 aa  87.4  5e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.658628 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0693  anti-sigma-factor antagonist  39.5 
 
 		 120 aa  87  7e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1672  negative regulator of sigma-B  41.23 
 
 		 132 aa  87  8e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.108561 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1493  anti-sigma-factor antagonist  40.18 
 
 		 134 aa  85.1  3e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.423658  normal  0.0757983 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4971  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  43.36 
 
 		 119 aa  83.6  8e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1474  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  36.52 
 
 		 123 aa  82  0.000000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000611379  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1811  anti-sigma-factor antagonist  38.53 
 
 		 124 aa  79.7  0.00000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5230  anti-sigma-factor antagonist  40.35 
 
 		 133 aa  80.1  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.630052  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32010  anti-anti-sigma regulatory factor (antagonist of anti-sigma factor)  40.91 
 
 		 119 aa  79  0.00000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0737154  normal  0.110426 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3340  anti-sigma-factor antagonist  38.6 
 
 		 133 aa  78.2  0.00000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.43068  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0511  anti-sigma-factor antagonist  38.6 
 
 		 133 aa  77.8  0.00000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6566  anti-sigma-factor antagonist  35.4 
 
 		 129 aa  75.5  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.778948  normal  0.044329 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3858  anti-sigma-factor antagonist  47.73 
 
 		 131 aa  75.1  0.0000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.680358 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0196  anti-sigma-factor antagonist  34.91 
 
 		 126 aa  70.9  0.000000000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0995683  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4189  putative PAS/PAC sensor protein  43.75 
 
 		 428 aa  62  0.000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000679447 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3800  putative PAS/PAC sensor protein  45 
 
 		 430 aa  61.2  0.000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3609  anti-sigma-factor antagonist  32.43 
 
 		 411 aa  61.2  0.000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.196503  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2751  anti-sigma-factor antagonist  41.98 
 
 		 357 aa  60.1  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2509  anti-sigma-factor antagonist  40.48 
 
 		 388 aa  58.9  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.840655 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4158  anti-sigma-factor antagonist  43.53 
 
 		 556 aa  58.2  0.00000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.6446  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0410  anti-sigma-factor antagonist  32.35 
 
 		 361 aa  57.4  0.00000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0590  anti-sigma-factor antagonist  43.53 
 
 		 549 aa  57  0.00000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.641897 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3858  anti-sigma-factor antagonist  33.72 
 
 		 357 aa  56.6  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0053  anti-sigma-factor antagonist  37.5 
 
 		 377 aa  56.2  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0493156  normal  0.337885 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1810  anti-sigma-factor antagonist  37.35 
 
 		 252 aa  55.8  0.0000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2484  anti-sigma-factor antagonist  38.27 
 
 		 281 aa  55.8  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.817104  normal  0.435935 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1935  anti-sigma-factor antagonist  33.02 
 
 		 421 aa  55.5  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201597 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0373  anti-sigma-factor antagonist  34.23 
 
 		 365 aa  55.1  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2482  anti-sigma-factor antagonist  38.27 
 
 		 293 aa  55.1  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.700951  normal  0.474316 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2225  putative PAS/PAC sensor protein  44.87 
 
 		 509 aa  55.1  0.0000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00360384  normal  0.281465 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3404  anti-sigma-factor antagonist  37.78 
 
 		 361 aa  54.7  0.0000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0141  anti-sigma-factor antagonist  35.65 
 
 		 298 aa  54.7  0.0000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0116373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2805  anti-sigma-factor antagonist  35.71 
 
 		 275 aa  54.7  0.0000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2566  anti-sigma-factor antagonist  32.61 
 
 		 362 aa  54.3  0.0000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0116  anti-sigma-factor antagonist  38.67 
 
 		 357 aa  54.3  0.0000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00357246  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1270  anti-sigma-factor antagonist  31 
 
 		 325 aa  54.3  0.0000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4058  anti-sigma-factor antagonist  32.11 
 
 		 370 aa  53.9  0.0000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0451  anti-sigma-factor antagonist  36.9 
 
 		 312 aa  53.9  0.0000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0135  anti-sigma-factor antagonist  32.43 
 
 		 371 aa  53.9  0.0000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.167444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2937  anti-sigma-factor antagonist  37.04 
 
 		 271 aa  53.9  0.0000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000434706  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0148  putative PAS/PAC sensor protein  32.1 
 
 		 299 aa  53.1  0.000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2646  anti-sigma-factor antagonist  31.03 
 
 		 261 aa  53.1  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2715  anti-sigma-factor antagonist  30.77 
 
 		 341 aa  53.1  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0903  anti-sigma-factor antagonist  31.82 
 
 		 376 aa  53.1  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000110303  hitchhiker  0.00000527056 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2483  anti-sigma-factor antagonist  35.29 
 
 		 291 aa  52.8  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.872627  normal  0.455884 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2206  anti-sigma-factor antagonist  31.25 
 
 		 367 aa  51.6  0.000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3016  anti-sigma-factor antagonist  37.18 
 
 		 510 aa  51.2  0.000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000586353  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32020  anti-anti-sigma regulatory factor (antagonist of anti-sigma factor)  40 
 
 		 283 aa  51.2  0.000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.16584  normal  0.174453 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1936  anti-sigma-factor antagonist  33.33 
 
 		 314 aa  51.2  0.000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.729747  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3473  anti-sigma-factor antagonist  37.8 
 
 		 422 aa  50.8  0.000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.551903  normal  0.0822697 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1710  anti-sigma-factor antagonist  31.19 
 
 		 324 aa  50.4  0.000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5198  putative PAS/PAC sensor protein  35 
 
 		 694 aa  50.8  0.000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2716  anti-sigma-factor antagonist  35.71 
 
 		 559 aa  50.4  0.000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0179  anti-sigma-factor antagonist  33.02 
 
 		 359 aa  50.4  0.000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.000000362321  hitchhiker  0.00135922 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0350  anti-sigma-factor antagonist  37.5 
 
 		 385 aa  50.4  0.000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.341427 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3857  anti-sigma-factor antagonist  32.04 
 
 		 316 aa  49.7  0.00001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1962  putative PAS/PAC sensor protein  37.18 
 
 		 538 aa  49.7  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.118262  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2986  anti-sigma-factor antagonist  31.96 
 
 		 341 aa  49.7  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0221  anti-sigma-factor antagonist  33.04 
 
 		 366 aa  49.7  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0550  anti-sigma-factor antagonist  35 
 
 		 372 aa  49.3  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2495  anti-sigma-factor antagonist  33.04 
 
 		 568 aa  49.7  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3527  putative PAS/PAC sensor protein  41.77 
 
 		 667 aa  49.3  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3649  anti-sigma-factor antagonist  30.63 
 
 		 361 aa  49.3  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1921  putative PAS/PAC sensor protein  37.04 
 
 		 295 aa  48.5  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.134745  hitchhiker  0.0000024656 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2660  anti-sigma-factor antagonist  34.44 
 
 		 359 aa  48.5  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.627609 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4191  anti-sigma-factor antagonist  29.49 
 
 		 372 aa  48.5  0.00003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1475  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  33.71 
 
 		 272 aa  48.1  0.00004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000603056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2307  anti-sigma-factor antagonist  32.14 
 
 		 439 aa  48.1  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4199  putative PAS/PAC sensor protein  35 
 
 		 562 aa  48.1  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00362058 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1894  anti-sigma-factor antagonist  31.19 
 
 		 344 aa  48.1  0.00004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4193  anti-sigma-factor antagonist  31.37 
 
 		 388 aa  47.8  0.00005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.512657  hitchhiker  0.00496827 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1317  anti-sigma-factor antagonist  32.91 
 
 		 286 aa  47.4  0.00007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4192  anti-sigma-factor antagonist  29.09 
 
 		 380 aa  47.4  0.00007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1645  anti-sigma-factor antagonist  33.75 
 
 		 358 aa  47.4  0.00008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4420  anti-sigma-factor antagonist  36.25 
 
 		 271 aa  47.4  0.00008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2953  putative PAS/PAC sensor protein  37.18 
 
 		 549 aa  47  0.00009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2651  putative PAS/PAC sensor protein  35.16 
 
 		 653 aa  46.2  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3158  anti-sigma-factor antagonist  33.33 
 
 		 445 aa  46.6  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2421  anti-sigma-factor antagonist  30.3 
 
 		 523 aa  46.2  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>